Тем не менее, поступив на первый курс Боннского университета, Йозеф выбрал не теологический, а философский факультет.

Во время учебы в Бонне Геббельс вступил в «Юнитас фербанд» — студенческую католическую организацию, члены которой должны были регулярно посещать церковные службы и вести примерную жизнь. Но строгие моральные принципы этой организации, видимо, показались молодому Геббельсу слишком обременительными, особенно после исключения из ее рядов его друга, осмелившегося выразить несогласие с ограничениями его личной свободы, и Геббельс покинул этот союз, вскоре после окончания войны. После этого он надолго разочаровался в католической вере, вызвав этим испуг и смятение у своего отца, обратившегося к Йозефу с письмом, полным горячих увещеваний. На некоторое время Геббельса увлекли идеи религиозного идеализма, довольно туманного учения, по-разному толковавшегося его сторонниками. В духе его концепций написан автобиографический роман Геббельса «Михаэль» — запутанное и неясное произведение, к которому, однако, сам автор относился с душевным трепетом. Там говорилось: «Человек без религии — то же, что живое существо, не способное дышать». Герой романа, Михаэль — не кто иной как Фауст 20-го века; он пишет пьесу об Иисусе и Нагорной проповеди, которую называет «величайшим откровением, преподанным человечеству». (Книга называлась «Михаэль, или жизнь молодого германца, рассказанная в его дневниках» и была издана в Мюнхене в 1929 году; она была написана в 1921 году, вскоре после окончания Геббельсом учебы в университете. Он предлагал ее нескольким издательствам, в том числе и еврейской фирме «Ульштейн и Моссе», но безуспешно, и только позднее ее опубликовало нацистское издательство «Франц Эгер»).

Подобно другу Геббельса Ричарду Флисгесу, познакомившему его с трудами Маркса, Энгельса и Вальтера Ратенау, Михаэль, герой романа, погибает от несчастного случая, произошедшего в шахте. После гибели среди его вещей нашли книги: Библию, «Фауста» Гёте и сочинение Ницше о Заратустре. Михаэль (а с ним и сам Геббельс) противопоставлял Маркса Иисусу Христу: по его мнению, если Христос был воплощением любви, то Маркс стал воплощением ненависти. «Борьба, которую мы должны вести до победы (во всяком случае — до конца) — это борьба, в самом глубоком смысле, между учениями Христа и Маркса», — писал молодой Геббельс в дневнике.

Вскоре место Христа в философии Геббельса занял Фюрер. Постепенно Геббельс стал убежденным национал-социалистом; но хотя он верил в «высокое предназначение нации» не менее рьяно, чем Гитлер и Гиммлер, он никогда не смог отказаться от склонности к католицизму или хотя бы от принципов поведения, внушенных католическим воспитанием. Не являясь ревностным католиком и не совершая обрядов, он сознавал тем не менее привлекательность и силу этой религии, причем никогда не испытывал симпатии ни к протестантам, ни к либералам.

Антилиберальные взгляды Геббельса тоже нашли выражение в романе «Михаэль», герой которого заявляет: «Либерализм — это вера в деньги, а социализм — это вера в труд!» Подобно Ницше, Геббельс верил в диктатуру Силы и Решительности: «Всегда будет править меньшинство, оставляя толпе только один выбор: жить под властью диктатуры смелых или вырождаться при демократии трусов». До знакомства с Гитлером и до вступления в нацистскую партию Геббельс склонялся к авторитарному коллективизму, т. е. к той же диктатуре, но в более мягкой форме. Гитлер стал для него сверхчеловеком, открыто провозгласившим необходимость беспрекословного подчинения власти. Геббельс поверил его призывам и был готов принести на алтарь новой власти «жертву интеллекта». Как заметил один из его подчиненных, «он был готов слепо выполнять пожелания фюрера, повинуясь ему так же, как монах повинуется своим религиозным наставникам».

В беседах со своими ближайшими помощниками Геббельс не раз с восхищением отзывался о продуманной иерархической структуре католической церкви. Он говорил также, что «людям нужно внушать веру, объясняя им, во что они должны верить». Он высоко ценил единообразие церкви, с восторгом говоря о том, что «во всем мире, в один и тот же день и даже час все католические священники произносят одну и ту же молитву, читая ее по одинаковым требникам и на одном и том же латинском языке»; это производило на Геббельса неотразимое впечатление. Ему нравилось, что у католиков «порядок церковной службы строго одинаков и установлен раз и навсегда». Неудивительно поэтому, что церковные ритуалы, праздники и процессии Геббельс рассматривал потом как модель либо как пример того, как должны быть оформлены партийные мероприятия, укрепляющие веру в нацистские доктрины. В одном из выступлений он похвалил четки, назвав их «великолепным средством агитации», а профессия священника, как и профессия офицера, всегда вызывала у него восхищение как одна из самых древних и почетных. Он с одобрением относился к обрядам, ритуалам и организации церкви, в обычаях которой был воспитан, хотя и утратил со временем подлинно религиозную веру.

Существовали определенные политические и практические причины того, что этот неверующий так никогда формально и не расстался с церковью. Все его дети прошли обряд крещения. Он был противником «новой германской веры», изобретенной профессором Хауэром и насаждавшейся Альфредом Розенбергом и Мартином Борманом в качестве «нордической религии», основанной на языческих культах древних германцев. Кроме того, будучи умелым тактиком, Геббельс полагал, что время полного отказа от христианской религии и объявления ей бойкота еще не пришло, и сказал по этому поводу своим чиновникам: «Нужно подождать удобного момента. Не стоит создавать пока новую церковную администрацию. Уж если так необходимо иметь главой церкви папу, то пусть это будет римский папа, а не госпожа Матильда Людендорф» (глава придуманной новой германской нехристианской религии).

Геббельс был реалистом и хвалил поэтому католическую церковь за близость к массам. Он знал, что в сельской местности священники так и остались реальной властью. Он, конечно, верил, что со временем нацистская партия займет место церкви, но понимал, что это время наступит еще не скоро. Он заявлял, что партия только тогда сможет постоянно пользоваться привязанностью простого народа, когда она будет иметь в каждой деревне таких же хорошо обученных и умелых функционеров, каких имеет католическая церковь.

Когда началась война, Геббельс в разговорах с приближенными пренебрежительно отзывался о жертве, принесенной Христом ради человечества: «Кто станет слушать об этом сегодня, когда сотни тысяч людей переносят гораздо более страшные страдания из-за своих политических взглядов или из-за национальности. В наше время миф о распятии утратил и свое значение, и свою убедительность». Тем не менее следы былой привязанности, воспоминания о своей католической юности еще долго находили себе место в дневниках Геббельса. Так, в апреле 1943 года, заболев и попав на лечение в католическую больницу, он пришел в восхищение от самоотверженности католических медсестер и их преданности своему делу, назвав их «истинными благодетельницами страдающего человечества».