Собственно говоря, единственным виновником поражения, не имевшего, впрочем, никаких дальнейших последствий, был капудан-паша Али. Улуг и другие советовали ему не давать сражения, так как Кипр был уже завоеван, подходила зима, и неприятельский флот уже не мог начать крупных операций, а должен был вскоре разойтись по домам; поэтому особого смысла рисковать всем флотом не было. При данных обстоятельствах и при отсутствии уверенности в победе нельзя не признать такой совет очень хорошим. Али не послушался его и заплатил за это собственной жизнью и почти всем флотом. Но в ходе войны и истории победа при Лепанто почти ничего не изменила, так как Селим вовсе не был таким человеком, чтобы отказаться от принятого однажды решения. Он употребил все усилия на то, чтобы создать в течение зимы новый флот, что и выполнил с необыкновенной энергией. Он назначил капуданом Улуга, который весной 1572 года вышел в море с флотом, состоявшим более чем из 200 галер, чтобы снова возвратить себе господство в турецких водах.

Тем временем в течение всей зимы с 1571 на 1572 год вся Европа совещалась, как быть дальше. Разногласия при этом все множились. Римский папа Пий V вместе с Дон Жуаном желали захвата Константинополя, чтобы раз и навсегда покончить с мусульманством в Средиземноморье. Однако захват Константинополя требовал огромных сил и затрат, а это не входило в планы остальных.

Первого мая 1572 года в возрасте 68 лет внезапно умирает папа Пий V. «Священная лига», к несчастью, лишается своего главного вдохновителя. И хотя новый понтифик Григорий XIII был намерен продолжать начатое святое дело, постоянно ссорившиеся союзники не имели в его лице того беспристрастного арбитра, каким являлся предшественник папы. Положение усугублялось и поведением Филиппа II, весьма обеспокоенного волнениями во Фландрии и не желавшего ввязывать войска в новую военную кампанию.

Предводители союзнической лиги в течение зимы много совещались относительно плана войны, но по-прежнему не могли прийти к соглашению. Григорий XIII, вместе с Дон Жуаном, хотели завоевать Константинополь и сделать Дон Жуана королем Морей; венецианцы хотели завоевать Морею для себя; испанцы хотели действовать против Алжира. Намерение Дон Жуана завоевать для себя королевство сделало Филиппа II еще более подозрительным, вследствие чего он приказал ему оставаться в Сицилии, между тем как Колонна, в качестве командующего венецианским и папским флотами, состоявшими из 139 галер и 6 галеасов, в начале августа отправился в греческие воды отыскивать турок. Сервантес был на борту одного из его судов.

Известный британский историк Генри Кеймен в своем труде «Испания: дорога к империи» пишет: «Венецианцы и другие итальянцы всегда считали эту победу итальянской. Их историки даже позволяли себе критиковать Испанию за неудачу при Лепанто; под неудачей они имели в виду, что испанцы не воспользовались обеспеченной итальянцами победой, чтобы вернуть Грецию. Пусть и многократно отпразднованная как самый знаменательный военный подвиг Испании, битва при Лепанто более, чем какая-либо другая победа империи, продемонстрировала, что на войне, как и в мирное время, мощь Испании очень сильно зависит от ее союзников. Историки пытались тщательно разобраться, кто именно заплатил за эту крупную военно-морскую экспедицию, но всеобщее убеждение, что самый большой вклад внесла Испания, так и не было поколеблено. В действительности же Испания не смогла выплатить свою долю, и итальянцы пришли к ней на выручку. Итальянские государства внесли основной вклад в поставки вооружения и продовольствия. Также они из собственных ресурсов оплатили содержание кораблей и людей, которых предоставили. Папская область разрешила Филиппу II взимать особый церковный сбор, чтобы оплатить кампанию. Общая сумма, которая пришлась на долю кастильской казны, исчислялась пятью тысячами дукатов серебром. Остальное было выплачено генуэзскими банкирами. Они предоставили кредит (в форме векселей), рассчитывая позже возместить эти деньги с соответствующими процентами.

Так как военный и финансовый вклад в битву при Лепанто разделили между собой союзники, то победа принадлежала всем.

В Риме, как сообщает кардинал, „все обезумели от радости, и больше всех сам папа, который, как мы всерьез опасались, умрет от счастья, так как старик глаз не сомкнул эти две ночи“. В порыве восхищения папа Пий V предложил лично короновать Филиппа II как императора Востока, если тот вернет Константинополь. Значительный успех испанской монархии на политической арене сосредоточил внимание Запада на Испании. Лихорадочное возбуждение тех дней отражено в поздравительных посланиях, полученных в те дни испанским двором, доном Хуаном Австрийским и другими главными виновниками торжества. Когда в довершение ко всему королева Испании вскоре произвела на свет принца Фердинанда, то сложилось впечатление, что само небо нарочно соединило эти радостные события. Филипп II в беседе с папским нунцием выразил надежду на то, что его сын будет новым защитником христианского мира. Рождение принца укрепило мистические надежды, уже давно существовавшие в Кастилии, на появление освободителя по имени Фердинанд. На великолепном полотне Тициана, написанном вскоре, два события объединены воедино. Но мессианский энтузиазм, охвативший всех, порождал порою замыслы непомерно смелые. В Португалии иезуиты поощряли молодого короля Себастьяна в его планах перенести войну против ислама в самое сердце Африки. Получив несколько искаженную версию новости о победе при Лепанто, иезуит в Кохинхине, например, решил, что дон Хуан освободил Святую Землю. Победа христиан, казалось тогда многим, должна была привести к полному разгрому ислама в Средиземноморье».

Вскоре после Лепанто Колонна два раза встретился с турками у берегов Мореи, но оба раза Улуг уклонился от боя, а так как он не был связан тихоходными галеасами, то мог решать по своему усмотрению вопрос, принимать или не принимать бой.

Разногласия между союзниками сильно задержали начало кампании 1572 года. Только в конце июля Колонна, потеряв всякое терпение, вышел с папской эскадрой из Мессины, перешел на Корфу, где соединился с венецианской эскадрой и направился к острову Цериго, чтобы принудить Улуг-Али к решительному бою.

Папско-венецианский флот насчитывал 140 галер и 6 галеасов. Однако опытный Улуг-Али вызова не принял, а, избегая решительного столкновения, утомлял союзников своими маневрами.

— Великий и всемогущий падишах требует ответа, почему ты не нападаешь? — спросили у Улуг-Али посланцы Селима.

— Передайте потрясателю Вселенной, что я буду защищать Эгейское море, как волк защищает свою нору, и обхитрю гяуров, как мудрая лиса, дождавшись, пока они не перессорятся между собой! — велел он передать ответ султану.

В конце концов, утомленный Колонна вернулся на Корфу, куда к этому времени подошел с оставшимся флотом вырвавшийся из-под братской опеки Дон Жуан.

2 августа Дон Жуан Австрийский получил наконец от своего сводного брата Филиппа II, успокоенного действиями герцога Альбы во Фландрии, разрешение снова возглавить войска и вышел в море с 65 галерами.

1 сентября после долгих мытарств обе эскадры объединились и взяли курс на Модон. План Дона Жуана состоял в том, чтобы, высадившись в заливе Наварино и окружив турок, заставить их сдаться.