В 1939 году сербы и хорваты, кое-как договорились, и Хорватия получила автономию. В её состав вошли все территории боснийских мусульман, и некоторые земли с сербским населением, но набравшее силу движение усташей и его политическое крыло — Хорватская партия права, требовали полной независимости и присоединения новых сербских территорий. Из проживающих там сербов в количестве почти 2 миллионов, предполагалось треть уничтожить, треть изгнать, а треть перекрестить в католичество и переделать в хорватов.

Когда германские, итальянские и венгерские войска 6 апреля 1941 года вторглись в Югославию, давно сотрудничавшие с Гитлером и Муссолини хорваты немедленно выступили в их поддержку. Перед началом вторжения лидер правящей в Хорватской автономии Крестьянской партии, первый заместитель премьер-министра Югославии Владко Мачек, обратился к германским представителям с предложением о сотрудничестве.

Одновременно более 50 % хорватских резервистов уклонилось от мобилизации, причём их примеру приблизительно в той же пропорции последовали боснийские мусульмане, словенцы и македонцы. Многие хорватские солдаты сдавались или переходили на сторону противника, предварительно перебив сербских однополчан. Почти без боёв развалилась, укомплектованная главным образом хорватами 4-я югославская армия, причём два её полка, атаковав армейский штаб в Биеловаре, полностью дезорганизовали её управление. Выступления хорватов способствовали завершению операции уже к 17 апреля, причём немцы потеряли всего 166 человек убитыми, а итальянцы и венгры менее тысячи.

Наспех объединённая из нескольких осколков Австро-Венгрии, Сербского и Черногорского королевств, а также ранее входивших в состав Османской империи Македонии и Косово, Югославия оказалась мертворождённой. Часть её территории отошла Германии, Италии, Венгрии и Болгарии, а большая часть хорватских и боснийских земель были объявлены Независимым Государством Хорватия. Формально его возглавлял король Томислав II, он же итальянский князь Аймоне ди Торино, но реально вся власть была в руках у премьер-министра Павелича.

Чехословакия стала единственной восточноевропейской страной, избежавшей установления диктатуры, но страну трясли межнациональные конфликты между чехами, словаками, немцами, венграми и поляками, причём трём последним этническим группам щедро помогали соотечественники за границей, и их выступления порой приходилось подавлять с помощью танков.

После того как, Чехословакия капитулировала перед Германией, Венгрией и Польшей, население присоединённой к Германии Судетской области служило в вермахте, СС и полиции Рейха. Военнообязанные жители, включённых в состав Венгрии Южной Словакии и Закарпатья, призывались в её вооружённые силы.

Власти оккупированной немцами Чехии, переименованной в Протекторат Богемии и Моравии, располагали собственными силовыми структурами. Через их ряды прошло около 30 тысяч человек, в составе жандармерии, 12-ти охранных батальонов и ряда более мелких подразделений. Предназначалось это воинство, главным образом, для борьбы с чешскими партизанами, однако в связи с отсутствием таковых откровенно бездельничало. Понятно, что экономные гитлеровцы возмущались зрелищем тысяч занятых в основном пропиванием протекторатного бюджета дармоедов. Посему они стали отправлять чешское воинство в другие регионы, где работёнки было побольше. Например, в августе 1944 года 11 батальонов протектората прибыли в Италию отлавливать тамошних антифашистов. Однако к тому времени исход войны был уже ясен, а потому 800 человек перешли к партизанам, после чего немцы разоружили остальных и использовали на строительстве укреплений.

Ещё несколько тысяч чехов, наряду с местными фольксдойче вступили в СС, главным образом в 31-ю пехотную дивизию «Богемия и Моравия» и кавалерийскую дивизию СС «Лютцов». Некоторые из них, весьма отличились, а сын министра образования протектората Эммануэля Моравца даже получил Железный крест.

Словакия, наряду с полицией и военизированными подразделениями правящей фашистской партии, к началу войны имела действующую армию, в составе 3 пехотных дивизий. Гитлер помог словакам отделиться от чехов и не допустил их полного поглощения Венгрией, а такие услуги стоили дорого. Поэтому в 1941 году две словацкие пехотные дивизии и одна моторизованная бригада приняли участие во вторжении СССР, после чего были переформированы в моторизованную и охранную дивизии. Мотодивизия вместе с 17-й германской армией и румынским кавалерийским корпусом наступала на Туапсе, а охранная, как и полагалось, гонялась за партизанами. Одновременно против СССР действовали и четыре словацких авиаэскадрильи.

После Сталинграда боевой дух словаков сильно упал, а количество дезертиров и перебежчиков, напротив, изрядно выросло. После этого словацкие войска были отведены в тыл, причём одну дивизию наряду с чехами использовали для антипартизанских операций в Италии. В августе 1944 года, когда поражение Германии стало делом ближайшего времени, 17 тысяч словацких военнослужащих приняли участие в восстании, однако их роль оказалась куда меньше, чем предполагалось. Из-за неповоротливости командования немцам предварительно удалось разоружить большинство готовящихся восстать частей.

Всё это заставляет считать чехов и словаков не слишком надёжными партнёрами фюрера, но виноваты тут не идейные соображения, а своеобразные национальные традиции. Чехословацкая армия — единственная в мире ухитрившаяся в течение тридцати лет дважды (в 1938–1939 и 1968 гг.) сдать свою страну без боя, а ещё раньше совершить самое знаменитое предательство Гражданской войны в России. После поражения белых в Сибири, именно командование Чехословацкого корпуса выдало противнику их вождя Александра Колчака в обмен на право удрать домой с награбленным барахлом.