Обладая редким и тонким знанием языков, он среди массы богословских сочинений западных авторов безошибочно определял те, которые отвечали потребностям русской духовной и общественной жизни. Он — переводчик сочинений Фаррара, составитель «Библейской истории…», редактор ряда академических журналов: с 1892 по 1902 г. Лопухин редактировал «Христианское Чтение» и «Церковный Вестник», а в 1899 г. он взял на себя издательство журнала «Странник», в виде приложения к которому дана «Православная богословская энциклопедия, или богословский энциклопедический словарь» (тома I–V). Много статей помещено Лопухиным в первом издании Словаря Брокгауза и Ефрона.

При этом он стремился популяризировать богословскую науку, в чем, несомненно, его заслуга перед русским обществом и православной церковью.

Особая его страсть — вопрос о соединении христианских церквей; всякое к тому движение рождало в нем надежду, что настанет то время, когда соединятся разветвленные ветви единой Церкви Христовой.

Скончался Александр Павлович Лопухин 22 августа 1904 г.

Римский католицизм в Америке. — СПб., 1881 (магистерская диссертация).

Религии в Америке. — СПб., 1882.

Законодательство Моисея. С приложением трактата: Суд над Иисусом Христом, рассматриваемый с юридической точки зрения. — СПб., 1882 (Рецензии: Церковный вестник, 1888, № 6; Восход, 1889, № 1–2).

Библия и научные открытия на памятниках древнего Египта. — СПб., 1882.

Жизнь за океаном. — СПб., 1882.

Запад в религиозно–нравственном отношении. — СПб.,

1885.

Современный запад в религиозно–нравственном отношении. — СПб., 1885.

Фаррар. Жизнь Иисуса Христа / Пер. А. П. Лопухина. — СПб., 1885.

Заокеанский запад в религиозно–нравственном отношении. — СПб., 1887.

Фаррар. Жизнь и труды апостола Павла / Пер. А. П. Лопухина. — СПб., 1887.

Руководство к библейской истории Ветхого и Нового Завета. — СПб., 1888–1889.

Руководство к библейской истории Нового Завета. — СПб., 1889.

Библейская история при свете новейших исследований и открытий. — СПб., 1889–1895.

Настоящее и будущее православия в Северной Америке. — СПб., 1897.

Фаррар. Власть тьмы в царстве света / Пер. А. П. Лопухина. — СПб., 1897.

Промысел Божий в истории человечества. — СПб., 1898.

Написанные в Евангелии изречения Христа Спасителя и новооткрытые изречения Его. — СПб., 1898.

Несториане или сиро–халдейцы. — СПб., 1898.

Обращение сиро–халдейских несториан в лоно православной церкви. — СПб., 1898.

Вавилонский царь правды Аммураби и его новооткрытое законодательство в сопоставлении с законодательством Моисеевым. — СПб., 1904.