Сразу же по завершении своего теологического образования и вопреки протестам отца Дарвин заключил двухгодичный контракт с Королевским ВМФ и отправился в плавание на корабле «Бигль» в качестве помощника капитана Роберта Фиц-Роя. В британском военном флоте тех времен аристократам вроде Фиц-Роя не дозволялось неформальное общение с простолюдинами, составлявшими экипаж. И вот Фиц-Рой предложил Дарвину место помощника на своем судне, — таким образом, ему самому будет не так скучно в плавании, а Чарльз получит возможность увидеть чудеса и красоты природы.

Во время плавания у юного Чарльза возник конфликт с корабельным врачом «Бигля», выполнявшим также функции корабельного натуралиста (то есть он изучал дикую природу по пути следования судна). Врач не нашел иного выхода из сложившейся ситуации, кроме как сбежать с корабля в Южной Америке. И это было очень кстати, поскольку Дарвин официально получил должность натуралиста. А «Бигль» между тем направлялся к Галапагосским островам. Этому путешествию суждено было войти в историю. Двухлетнее плавание растянулось на пять лет, и все это время Дарвин был полностью погружен в изучение природы.

Перед плаванием Дарвин раздобыл экземпляр первого тома «Основ геологии» Чарльза Лайеля — книги, которая представляла собой, вероятно, наиболее важную научную публикацию со времен «Математических начал натуральной философии» Ньютона. Чарльз Лайель считался в то время одним из самых ведающихся и влиятельных ученых в мире, и на то были веские основания. Его «Основы геологии», опубликованные в трех томах с 1830 по 1833 годы, положили начало геологии как науке и поставили под сомнение библейскую историю творения, проповедуемую церковью.

До того времени люди свято верили, что небеса, Земля и жизнь были созданы Богом в точности так, как это описано в Книге Бытия — в ходе удивительного шестидневного представления. Церковь была настолько убеждена в этом, что даже называла точную дату, когда Бог создал землю. На случай, если вам вдруг захочется отправить Гее открытку на день рождения, сообщим, что это произошло в воскресенье, 23 октября 4004 года до н. э. Англиканский епископ Джеймс Ашер вычислил дату, проследив родословную библейских персонажей вплоть до рождения Адама.

Тогда как большинство людей слепо принимали эту дату за день завершения творения, геологи во главе с Лайелем считали, что планета Земля эволюционировала на протяжении целых эпох в ходе постепенных катаклизмов, результатом которых были, говоря языком геологов, деформации и перемещение пластов земной коры. Лайель заключил, что нынешнее физическое состояние континентов, океанов и гор — следствие медленного, но непрерывного действия таких естественных сил, как ветра, дожди, наводнения, землетрясения и извержения вулканов.

В книге Лайеля есть четыре главы, посвященные теории Ламарка о том, что и жизнь тоже развилась путем долгого медленного процесса эволюции на протяжении миллионов лет. При этом некоторые виды животных вымирали — что объясняет наличие ископаемых останков неведомых животных. С точки зрения Лайеля, эволюция биосферы является прекрасным дополнением к эволюции неорганического облика планеты. Благодаря работам Лайеля широкая публика смогла по-новому посмотреть на происхождение, или Творение, мира.

В течение своего пятилетнего путешествия Дарвин глубочайшим образом изучил книгу Лайеля и, в каком-то смысле, стал его фанатом. Он даже завязал переписку с этим светилом науки. Под влиянием передовых идей Лайеля и Ламарка Дарвин понемногу пришел к выводу, что смена форм жизни на протяжении истории Земли должна проходить, как и геологические процессы, под влиянием тех или иных естественных причин.

Дарвин публично признал влияние идей Лайеля на формирование собственной эволюционной теории, когда в 1845 году опубликовал второе издание своего «Дневника исследований». Он посвятил эту книгу Лайелю со следующим пояснением: «Если данный дневник или любые другие работы автора представляют какую-либо научную ценность, это результат изучения знаменитой и восхитительной книги "Основы геологии"».

2 октября 1836 года Дарвин прибыл домой, в Лондон. Там он лично познакомился и крепко сдружился с Лайелем, который всячески поощрял его к дальнейшему развитию эволюционной теории. Вдохновленный беседами с новым другом, Дарвин взялся за работу над первой тетрадью «Трансмутации видов». В названии этой книги он использовал термин, предложенный Ламарком для обозначения эволюции в его книге «Философия зоологии» (1809).

Таким образом, если Ламарк научно обосновал идею биологической эволюции, а Лайель провел параллели между биологической эволюцией и геологической эволюцией планеты, то Дарвин сосредоточил свое внимание на силах и механизмах, двигающих эволюционным процессом. Особенно его занимал вопрос о том, почему вообще возникают новые виды. Без ответа на этот вопрос теория Дарвина застопорилась на годы, но в конце концов он все же сдвинулся с мертвой точки, вдохновленный знакомством с работами Мальтуса.