В советское время памятник не охранялся и к началу 70-х годов XX столетия пришел в ветхость. Бронзовые доски с именами погибших моряков исчезли, были сорваны бронзовые украшения. Утрачена и икона Святителя Николая Чудотворца.

В 1973 году памятник отремонтировали и воссоздали утраченные тексты. И все же его сегодняшний вид во многом отличается от первоначального, авторского варианта.

Е. И. Исакова и М. В. Шкаровский в исторической монографии, посвященной флотским храмам, справедливо полагают, что императрица Елизавета Петровна, отдавая распоряжение о строительстве в Морской слободе собора, вряд ли предполагала, что он станет памятником славы отечественного флота. Отнюдь, ему в то время предназначалась обычная роль местной приходской церкви для работных людей адмиралтейских заводов и жителей Коломны. Авторы труда по истории Никольского собора и других церквей при Адмиралтействе отмечали, что «на особое положение этого собора обратила внимание Екатерина Великая. К началу ее царствования практически завершили его строительство и уже освятили нижнюю церковь. Новый храм по своему великолепию и размерам уступал в то время только Петропавловскому собору. На освящении верхней церкви в честь Богоявления и нижнего левого придела во имя Святителя Дмитрия Ростовского, состоявшемся 20 июля 1762 года, изволила присутствовать сама императрица. В тот же день Екатерина II „изустно повелела“ новоосвященную церковь именовать Морским собором».

Собственно, именно это царское повеление определило дальнейшую судьбу храма и его место в истории российского военно-морского флота. С этого времени и поныне все знаменательные события и «виктории» русских моряков отмечаются в Никольском Морском соборе. Известия о победах отечественного флота всегда праздновались с особой торжественностью. В эти дни всем чинам Адмиралтейств-коллегии, флагманам и экспедиторам объявлялось о высочайшем повелении прибыть в церковь Святителя Николая вместе с младшими офицерами и нижними чинами корабельного и галерного флота. Перед приездом монарха устанавливались караулы и «фрунты» – четкие шеренги моряков вдоль шествия императора или императрицы. С тех же далеких времен была учреждена традиция – выстраивать в парадном строю кадет и гардемарин Морского кадетского корпуса «как с ружьем, так и без ружья».

После торжественных молебнов в Морском соборе, начиная с 1777 года, по высочайшему повелению, по окончании текста царского многолетия обязательно возглашалась вечная память Петру I, с добавлением фразы: «Основателю российского флота и виновнику морских побед».

1 августа 1914 года началась кровопролитная война с Германией, унесшая тысячи и тысячи жизней. Она перекорежила и исковеркала судьбы людей, разрушила и разбросала по всему свету семьи. По всей Европе мобилизовали огромные армии, каких ранее не видывал мир. Четыре миллиона русских бросили в мясорубку войны.

В соборе служили молебны перед отправлением офицеров и матросов в пекло жестоких сражений, а затем в жизнь старинного морского храма вторглись не менее трагические революционные события.

Декретом советской власти упразднили институт военного духовенства. Приказом по флоту и Морскому ведомству с 23 января 1918 года прекратили выплату жалованья Морскому духовенству – причт и собор вновь перешли в епархиальное ведение, в разряд приходских храмов.

Изъятие ценностей Никольского Морского собора прошло относительно спокойно. В 1922 году никто из членов причта еще не был арестован или осужден. В Николо-Богоявленском соборе за долгое время его существования собрались редкие и чрезвычайно ценные вещи, многие из которых представляли собой предметы огромной художественной и исторической значимости. Прихожане выкупали святыни, внося в районную конфискационную комиссию равное по весу количество серебра.

Николо-Богоявленский кафедральный Морской собор всегда был объектом постоянной заботы и внимания моряков-прихожан. Созданный вначале для духовных потребностей адмиралтейских служащих, в трактовке архитектора С. И. Чевакинского он становится не только шедевром зодчества высокого барокко, но и символом выхода России к берегам Балтики. Балтийские моряки и корабелы считали свой храм, с его редкой работы иконостасом и замечательным звоном колоколов, одной из лучших церквей Санкт-Петербурга. Императоры, адмиралы, офицеры, матросы и простой люд поддерживали его состояние, делая всевозможные дары и вклады. Из реликвий Никольского собора до нашего времени сохранилась частица мощей Святителя и чудотворца Николая (покровителя моряков), подаренная императрицей Александрой Федоровной. Греческими моряками храму поднесена 350-летняя икона Св. Николая Чудотворца. Императрица Екатерина II в память десяти побед русского флота пожаловала храму десять живописных образов в золотых ризах, размещенных в двух крестах, с двумя золотыми лампадами.

15 мая 1908 года вдовствующая императрица Мария Федоровна для памятника морякам броненосца «Император Александр III», погибшим в Цусимском сражении, преподнесла гвардейским морякам образ Св. Николая Чудотворца с дарственной надписью: «Вечная память героям дорогого мне Гвардейского экипажа, доблестно погибшим в боях минувшей войны на эскадренных броненосцах „Император Александр III“, „Петропавловск“, крейсерах „Адмирал Нахимов“ и „Урал“».

В середине XIX века Морское министерство возглавил великий князь Константин Николаевич. С детских лет он был связан с морской службой и воспитывался под патронажем известного мореплавателя адмирала Ф. П. Литке. Особое предпочтение Константин Николаевич отдавал Никольскому Морскому собору. В 1851 году по случаю рождения своего первенца, названного Николаем, великий князь и его супруга пожертвовали собору большой серебряный подсвечник с хрустальными лампадами.

Генерал-адмирал великий князь Константин Николаевич. Последняя четверть XIX в.

Интересна также история небольшой иконы Св. Николая в золоченой серебряной ризе. Она была вывезена из России французами в начале Отечественной войны 1812 года. В 1835 году икона появилась у золотых дел мастера Борнегофа, уроженца Курляндии и прусского поданного, который и вернул ее царю Николаю I. По определению Комиссии прошений икону препроводили через епархиальное начальство в Никольский Морской собор. Прихожане храма в знак уважения к этой святыне сделали специально для нее красивый золоченый киот. На серебряной табличке под иконой изложена ее необычная история.

Дары и вклады в храм не были единичными. Таких примеров можно привести множество. В Никольском Морском соборе хранилось немало икон, пожертвованных морскими служителями, прихожанами, экипажами и командами военных кораблей Балтийского флота.

Даже во времена советской власти не прекратился поток приношений от верующих. В декабре 1925 года прихожане передали в храм частицу мощей Святителя Дмитрия Ростовского. Их вложили в ризу на иконе Святого Дмитрия. Всего при проверке церковного инвентаря в сентябре 1927 года зарегистрировано более тридцати уникальных образов, пожертвованных за последние годы.