Мать Павла Флоренского Ольга Павловна Сапарова (Саламия Сапарьян), происходила из древнего армянского рода маликов и росла в доме, где восточные обычаи сочетались с европейской роскошью благодаря сношениям семьи с Персией, Индией, Францией. Но, став женой русского инженера путей сообщения Александра Ивановича Флоренского, она обрекла себя на кочевую жизнь, и ко времени рождения первенца — Павла — молодая семья ютилась в товарном вагоне около будущей станции Евлах Елисаветпольской губернии (ныне Азербайджан).

Семья Флоренских и после переезда в Тифлис (1882) продолжает жить уединенной жизнью. Мир семьи, пронизанный теплотой и порядочностью, располагал взрослых и детей к занятиям серьезными науками и искусством. Будущий ученый воспитывался в атмосфере Бетховена и Гёте; «музыку любил неистово»; романс Глинки на стихи Пушкина «Я помню чудное мгновенье» считал воплощением изящества — «уплотненным фокусом культуры… замкнувшим целый век расцвета русского искусства» [3] . Флоренский страстно любил природу: его волновала сдержанная мощь природных форм. Отсюда и пошел тот восторг и интерес к бытию «до самозабвения», который был характерен для Флоренского всю его жизнь.

От тифлисской гимназии, где он учился с 1893 по 1899 год, по его словам, ничего не ждал; все, что приобрел в интеллектуальном отношении, получил, главным образом, благодаря общению с отцом и усиленной самостоятельной работе. Постоянными спутниками его жизни были серьезные научные труды по физике, химии, геологии, астрономии и энциклопедические словари на всех языках. Страсть к знанию поглощала все его внимание и время, к 15 годам его научное мировоззрение «сложилось и окрепло в непоколебимую систему» [4] . Но в конце гимназического курса, законченного с золотой медалью, 17-летний юноша, убедившись в ограниченности физического знания, переживает духовный кризис. Два равносильных убеждения раздирали его душу: «истина недоступна» и «невозможно жить без истины». С чувством того, что истина есть, но путей к ней он пока не знает, Флоренский начал новый период своей жизни, когда в 1900 году стал студентом физико-математического факультета Московского университета.

С тех пор начинается стремительный рост и расширение его научных знаний. Одной из самых близких Флоренскому идей была идея прерывности. Помимо занятий математикой, он посещает лекции на историко-филологическом факультете, самостоятельно изучает историю искусств. Окончив университет с дипломом 1 степени, Флоренский отклонил предложение Н. Е. Жуковского остаться на кафедре математики и в том же 1904-м поступил в Московскую духовную академию.

Что же побудило молодого ученого так резко и неожиданно для родных изменить свой жизненный путь? Действительно, рос он в обстановке индифферентного отношения к религии и был поглощен серьезными научными опытами, а уроки Закона Божия у него вызывали насмешку и даже вражду, однако в глубине души он чувствовал, что есть особая, таинственная область жизни, — и вдруг со всею страстью потянулся к ней. Кризис научного мировоззрения завершился обретением веры в Бога как абсолютную и целостную Истину, на которой должна строиться вся жизнь.

Мысль о познании духовности во всех ее ипостасях вынашивалась им долгие годы — даже в то время, когда он усиленно занимался математикой и физикой. Именно эти науки и привели молодого ученого к признанию формальной возможности теоретических основ общечеловеческого религиозного миросозерцания. Изучая философию и историю, он убеждается: нет множества религий, «а есть одна религия, которая принадлежит всему человечеству, но лишь меняет „свой вид“. Главное в бесчисленных формах религии — „человечность — единственный лозунг, который может быть общим всем людям, который даёт правильное разумение нравственным заповедям и…не ведет к ожесточению и нетерпимости. Вот что должно быть воспитываемо в людях“ [5] , — писал богослов. Одну из ближайших целей практической деятельности Флоренский сформулировал так: „Произвести синтез церковности и светской науки, воспринять все положительные учения Церкви и научно-философское мировоззрение вместе с искусством…“ [6] .

Однако Московская духовная академия во многом не удовлетворяла Флоренского, и он упорно продолжает самостоятельные занятия символической логикой, историей философии, археологией, изучает еврейский язык; организует философский кружок, где читает доклады. За проповедь „Вопль крови“, произнесенную в марте 1906-го против смертного приговора П. П. Шмидту, он был заключен в Таганскую тюрьму. Далее трагические события следуют одно за другим: умер отец, так много сделавший для всестороннего развития своего сына; скончался духовник Павла — иеромонах Исидор, „печальник за мир, соль земли“; погиб самый близкий друг Флоренского С. С. Троицкий. Сам Флоренский находился в состоянии „тихого бунта“. Его „Воспоминания“ открывают возможность подойти к пониманию той эпохи: „В том, что случилось со мною, был пережит разрыв мировой истории. Мне вдруг стало ясно, что „время вышло из пазов своих“ и что… кончилось нечто весьма важное не только для меня, но и для истории. Это было ощущение и смертельной тоски, и жгучей боли, и невыносимого сознания, что разрушается то, что строилось величайшими усилиями…“ [7] . И все же переходность исторического времени Флоренский ощущает как неизбежную смену типов мировоззрений, „начало освобождения“ и всеобщего „воскресения“ к новой жизни.

В период учебы в духовной академии его не перестает волновать вопрос о „законности“ занятий наукой и философией, который он решает, пройдя через собственный духовный опыт: „Философия каждого народа, до глубочайшей своей сущности, есть раскрытие веры народа… Если возможна русская философия, то только — как философия православная, как философия веры православной“ [8] . Эту мысль Флоренский развивает и позже — в лекционных курсах и выступлениях. По его мнению, „философия высока и ценна не сама в себе, а как указующий перст на Христа и для жизни во Христе“ [9] .

Значительным событием в жизни Флоренского стало блестящее окончание в 1908 году Московской духовной академии. Его кандидатское сочинение „О религиозной Истине“ легло в основу магистерской диссертации (1912) и книги „Столп и утверждение истины“ (1914). Главная мысль этого огромного труда выражена предельно лаконично: „Живой религиозный опыт как единственный законный способ познания догматов“ [10] . Магистерский диспут и выход книги вызвали громадный интерес и обширную полемику не только в духовных кругах, но и среди общественности. Мнения высказывались самые различные: это не было удивительно в годы идейного размежевания интеллигенции. Е. Н. Трубецкой в докладе „Свет Фаворский и приобретение ума“, посвященном анализу „Столпа…“, назвал книгу выдающимся явлением в новейшей русской богословской литературе: „Давно я не помню, чтобы какая-либо книга мне доставляла такую большую, из глубины сердца идущую радость… Это яркое и красноречивое свидетельство того, что не иссякла в нас жизнь духовная и что под покрывалом мертвечины, окутавшим нашу Церковь, таится живая сила“ [11] . Главным недостатком книги Трубецкой считает антиномизм, с чем не мог согласиться Н. А. Бердяев, которому как раз импонировала идея антиномии как отражения противоречий действительности. Но при этом в статье „Стилизованное православие“ Бердяев, не стесняясь, пишет о „Столпе…“ как об „удушливой книге“, при чтении которой „хочется вырваться на свежий воздух, в ширь, на свободу, к творчеству свободного духа человеческого“ [12] .