Земская рать понесла большие потери при штурме. Но из провинции постоянно прибывали пополнения. В июле под Москву прибыла наконец казанская рать. Используя ее поддержку, Заруцкий после кровопролитного приступа занял Новодевичий монастырь, располагавший мощной крепостью. Отныне вражеский гарнизон оказался запертым во внутренних крепостях, как в мышеловке.

Однако в начале августа в окрестности Москвы вернулись Сапега и Ромодановский. Зная, что казаки понесли тяжелейшие потери при штурме Китай-города, а потом Новодевичьего монастыря, они решили нанести внезапный удар по казачьему острожку за Яузой.

Казаки Заруцкого хорошо знали сапежинцев по службе в тушинском лагере и нисколько не боялись их. Сапега и Ромодановский потерпели неудачу при первой же атаке.

Покинув восточные предместья столицы, Сапега скрытно обошел город и занял исходные позиции на западных подступах к Москве. По договоренности с Гонсевским и боярами он решил атаковать земские отряды в районе Арбата.

Упорный бой кипел всю ночь и продолжался на другой день. В решающий момент роты Гонсевского нанесли русским удар с тыла. Оказавшись между двух огней, отряды ополчения отступили, оставив в руках противника Арбатские и Никитские ворота. Прорыв осадного кольца улучшил положение вражеского гарнизона в Москве.

В то время как земское ополчение, истекая кровью, вело бои под Москвой, ухудшилось военное положение на северо-западных рубежах в районе Новгорода Великого.

Новгород издавна был самым крупным после Москвы городом страны. На новгородском посаде жило многочисленное и богатое торгово-ремесленное население. Новгородское поместное ополчение насчитывало несколько тысяч дворян. Москва поневоле должна была считаться с тем, что происходило в самой обширной из русских земель.

Новгород с крайним неодобрением отнесся к соглашению, заключенному боярским правительством с Жолкевским. Боярам пришлось направить Ивана Салтыкова с ратными людьми, чтобы добиться от строптивых новгородцев послушания. Новгород поначалу отказался открыть ворота перед приспешником Сигизмунда III. Лишь после долгих уговоров Салтыков упросил жителей впустить его в город. Патриоты взяли с боярина клятву, что он не «подведет» в Новгород литовских людей. Но Салтыков и не думал следовать взятым на себя обязательствам. В глубокой тайне он подготовлял почву для сдачи крепости врагу. Изменник прекрасно понимал, с какой стороны встретят отпор иноземные завоеватели, которым он служил. И он действовал с чудовищной жестокостью. Когда Шуйский разгромил войско Болотникова, он прислал в Новгород несколько сот пленных повстанцев. Они пробыли там более двух лет. Явившись в Новгород, Салтыков отдал приказ о казни всех болотниковцев. Их оглушали палицами и топили в Волхове.

В конце концов жители Новгорода и Торопца принесли присягу Владиславу. Некоторое время спустя отряды Сигизмунда III прибыли в окрестности Торопца. Солдаты жгли деревни, захватывали жителей и уводили их в плен. Завоевательная война шла полным ходом. Торопчане дали знать новгородцам о своих злоключениях. Тем временем двухтысячный литовский отряд занял Старую Руссу и в марте 1611 года «изгоном» подступил к стенам Новгорода. Новгородцы отбили нападение. Боярину Салтыкову не удалось осуществить предательские планы, и он тайно бежал из города. По всей новгородской земле нарастало возмущение против тех, кто усердно служил захватчикам. Салтыков не смог добраться до Москвы. Его опознали и под конвоем вернули в Новгород. Патриоты требовали строгого расследования. Розыск не оставил сомнения в том, что посланец Семибоярщины сам пригласил «литву» к Новгороду. Салтыкова сначала заключили в тюрьму, а затем посадили на кол. Что удалось Михаилу Салтыкову в Москве, не сошло с рук его сыну в Новгороде.

Весть о разрыве новгородцев с Семибоярщиной произвела на страну сильное впечатление. Отныне Новгород открыто примкнул к освободительному движению. Его жители известили Ляпунова, что немедленно отправляют под Москву воевод с ратными людьми и артиллерией.

Но им не суждено было осуществить свои планы из-за шведского вмешательства.

Шведская помощь не спасла царя Василия. Мятеж королевских наемников под Клушином оказался гибельным для него. Невзирая на это, шведы упрямо требовали выполнения обязательств Шуйского об уступке им Карелы. Притязания их не ограничивались одной Карелой.

Нетерпеливый Карл IX торопил своих полководцев с завоеванием Новгорода. Но те должны были сообразовать свои действия с наличными силами и поначалу ставили более скромные цели в необъявленной войне с Россией. Из-под Клушина Делагарди увел остатки шведской армии к Новгороду. По пути солдаты грабили деревни, забирали в плен жителей. 15 августа 1610 года наемники захватили и разграбили древнюю Ладогу.

Собрав силы, Делагарди напал на Орешек, а затем осадил Карелу. Воевода Иван Михайлович Пушкин был прислан в Карелу царем Василием. Он имел предписание передать город шведам, а население вывести во внутренние уезды. По пути он узнал о падении Шуйского и оборонял Карелу до последней крайности.

Воздвигнутая на гранитной скале посреди быстрых вод, Карела располагала неприступными естественными укреплениями. Ее крепостные валы опускались почти отвесно в воду. Над валом возвышались деревянные крепостные стены. Скрытый под водой частокол мешал вражеским судам приблизиться к острову.

Крепость Карелу обороняло около двух тысяч человек. Большую помощь гарнизону оказывали отряды русских и карельских крестьян, действовавшие по всему Карельскому уезду. В течение полугода шведская армия безуспешно осаждала крохотную крепость. Героические защитники Карелы отбили все нападения врага. Они несли потери, голодали, болели цингой. Но никто не помышлял о сдаче.

К февралю 1611 года из двух тысяч ратников в живых осталось около ста человек. Чтобы сохранить население города и остатки гарнизона от полного уничтожения, воевода Пушкин вступил в переговоры с Делагарди. Шведы отвергли предложенные им условия сдачи. Тогда защитники Карелы пригрозили, что взорвут крепость. Они добились почетных условий капитуляции. 2 марта воевода с уцелевшими людьми покинул крепость и ушел в Орешек. Население захватило с собой имущество. Пушкин увез в обозе воеводский архив.