В обширнейшей литературе о покушении в Сараеве четко выделяются три версии о подготовке заговора.

Первая. Сын убитого эрцгерцога Максимилиан Гогенберг в интервью газете «Пари суар диманш» от 16 июня 1936 года выдвинул гипотезу о том, что его отца ликвидировала германская секретная служба: наследник венского престола мешал осуществлению великодержавных планов Вильгельма П. Эта версия давно опровергнута в литературе, хотя и имеет под собой известное основание: Франц Фердинанд был убит при полном попустительстве охраны.

Вторая версия. Австрийская и германская пропаганда настаивала на участии в убийстве эрцгерцога сербской тайной офицерской организации «Объединение или смерть», известной также под названием «Черная рука». При этом сербское правительство и русский генеральный штаб будто бы покровительствовали этому заговору. Эта версия получила широкое распространение.

Одним из основных источников в исследовании сараевского убийства стали документы судебного процесса над «Черной рукой», состоявшегося в Салониках в марте — июне 1917 года. Организуя суд, сербское правительство преследовало три цели: разгромить оппозицию в лице тайного, но могущественного офицерского союза, оздоровить обстановку в армии и заодно возложить ответственность за сараевское убийство на «Черную руку», чтобы открыть себе путь к мирным переговорам с Австро-Венгрией, которые намечались в 1917 году.

Судебный процесс велся с грубыми нарушениями законности, при закрытых дверях, подсудимые не имели защитников, военным трибуналом широко использовались лжесвидетели. После суда правительство опубликовало сборник «Тайная заговорщическая организация», включив в него только материалы обвинения, что придало изданию односторонний характер.

Главный документ судебного разбирательства — рапорт руководителя «Черной руки» полковника Димитрия Димитриевича по прозвищу Апис («священный бык») верховному командующему сербской армией принцу-регенту Александру — по распоряжению последнего был изъят из этого сборника и стал известен только в тридцатые годы. Испрашивая помилования, Димитриевич опротестовал все необоснованные обвинения военного трибунала в государственной измене и в непосредственной организации сараевского заговора. Подсудимый категорически отклонил и версию о том, что в сараевском убийстве был замешан военный агент (атташе) полковник В.А. Артамонов. Сам Артамонов доказал свое полное алиби. Во время покушения в Сараеве его вообще не было в Сербии, так как он два месяца находился на излечении в Швейцарии.

Важную роль в опровержении материалов салоникского процесса сыграли свидетельства современников, в частности очевидца судебного дела революционера Мустафы Голубича и одного из функционеров «Черной руки» Чедоми-ра Поповича Последний вспоминал, что Димитриевич, узнав о заговоре, хотел предотвратить его. «Полковник Апис» опасался, что убийство Франца Фердинанда может быть использовано правящими кругами дунайской империи как предлог к нападению на Сербию, предотвратить события ему, однако, не удалось.

Окончательную точку во всей этой истории поставил новый судебный процесс над «Черной рукой», состоявшийся в Югославии в 1953 году. Он кассировал приговор салоникского военного трибунала (Димитриевич и многие его соратники были расстреляны) и полностью снял все обвинения с названной организации.

Наконец, третья концепция исходит из того, что сараевское покушение — дело рук национальной революционной организации «Млада Босна» («Молодая Босния»), ответная акция террористов на насильственное присоединение в 1908 году к Австро-Венгрии Боснии и Герцеговины. В настоящее время именно этой версии придерживаются многие исследователи.

Тайное общество боснийской молодежи «Млада Босна» было создано в 1910 году, вскоре после аннексии Боснии и Герцеговины — бывших турецких провинций, в которых проживало сербское население, не захотевшее мириться с чужеземным гнетом. Французская газета «Аксьон» писала: «Покоряя огнем и мечом Боснию и Герцеговину, граф Эренталь [министр иностранных дел Австро-Венгрии], прежде чем сойти в могилу, вложил оружие в руки террористов и подготовил убийство военного шефа Австрийской империи. Покушение 1914 года — только трагический рефлекс удара 1908 года. Когда угнетен целый народ, нужно ожидать народного взрыва». Член «Млады Босны» Гаврила Принцип показал на суде: «Главным мотивом, который руководил мною, было стремление отомстить за сербский народ».

В организацию «Млада Босна» помимо сербов входили хорваты и мусульмане. Она была создана по примеру «Молодой Италии» и носила заговорщический характер.

В Сараеве излюбленным местом для встречи членов организации было городское кладбище: здесь они собирались по ночам у могилы молодого террориста Богдана Жераича, погибшего в 1910 году, во время покушения на австрийского наместника в Боснии М. Варешанина Гаврила Принцип заявил впоследствии, что его решение посвятить свою жизнь борьбе созрело именно в этот период «еще будучи в Сараеве, я решил совершить покушение. Я часто приходил на могилу Жераича, просиживал там целую ночь и думал о наших делах, о тяжелом положении нашего народа и тогда принял решение».

Принцип был впечатлительным молодым человеком, ощущавшим на себе влияние русских народовольцев-террористов, а также идеолога движения — герцеговинского поэта Владимира Гачиновича, который призывал к индивидуальному террору против высших государственных сановников Австро-Венгрии.

Из газет стало известно, что эрцгерцог Франц Фердинанд намерен отправиться 28 июня 1914 года на военные маневры австро-венгерских войск в Боснию, а затем посетить Сараево. Этим и решили воспользоваться члены организации, чтобы осуществить свой замысел.