Партизаны Гемеса дошли до Куско, города, который находился на другой стороне горного хребта. Гемес руководил партизанскими действиями семь лет. В 1821 году испанцы убили его. Партизаны сконцентрировались на замаскированных аванпостах. Оттуда они нападали на маленькие испанские отряды, разрушали линии коммуникаций и грабили склады боеприпасов. Они были плохо вооружены. Один из лейтенантов написал после боя, что они имели только «дубинки и самодельные копья, когда атаковали испанцев при Саусе-Редондо. Тираны были очень удивлены, когда увидели всего лишь тридцать человек с мушкетами. Их поддерживали безоружные всадники. Они шли прямо на шквальный огонь, чтобы победить армию, которая сильнее их. Но если бы тираны поняли, что люди, идущие на них в атаку, хотят быть свободными, у них не осталось бы повода для удивления». Гемес, понимавший, что такую идейную убежденность порождает недостаток оружия, как-то сказал: «Они жертвовали всем, что у них было, каждый не пожалел даже своей единственной лошади». Испанский генерал Гарсиа Камба писал о них: «Это были великолепные всадники. Они владели всеми видами оружия, были исключительно храбры. Они могли рассеяться, а затем опять начать атаку с тем же напором и хладнокровием, которые вызывали восхищение европейцев. Они так же хорошо управляли лошадьми, как казаки или мамлюки, а может быть, даже лучше. И верхом, и спешившись, они были способны поддерживать такой же огонь, как хорошие пехотинцы».

Сан-Мартин недолго прослужил командующим на севере после того, как укрепил линию обороны против испанцев. Он не доверял правительству Буэнос-Айреса, находившемуся теперь под влиянием темпераментного Альвеара. Он также был убежден, что любое наступление с севера на Перу обречено на провал. Это было ясно из уже процитированного ранее отрывка из письма Сан-Мартина Родригесу Пенье. В другом письме Пенье Сан-Мартин делился с ним своими безрадостными мыслями и сообщил, что принял следующее решение:

Он не мог предложить ничего другого, кроме перехода через высочайшие вершины Анд — для захвата Сантьяго в Чили. Затем посадить армию на корабли и морем добраться до Тихоокеанского побережья и до Лимы. Прежде только крестьяне и их навьюченные мулы могли преодолеть вершины Южных Анд, где есть самые неприступные вершины в мире. Эти места практически непроходимы. Казалось, что Чили вот-вот перейдет в руки испанцев. К тому же в распоряжении Сан-Мартина не было флота. Вот почему то, что он предложил, могло показаться абсолютным безумием; такое было особенно удивительно для человека, который всегда отличался здравым смыслом и рационализмом.

Сан-Мартин, выигрывая время для проработки деталей необычного плана, объявил себя больным. В Испании он страдал от астмы и ревматизма. Теперь жаловался на боли в желудке, диспепсию и бессонницу. В июне 1814 года он отбыл лечиться в Кордову, которая расположена всего в трехстах милях к югу. Свои обязанности он передал довольно посредственному генералу Рондо. Альвеар, которого Сан-Мартин хотел бы видеть на этом месте, увлекся политическими играми в Буэнос-Айресе. После победы испанцев в Монтевидео этот блестящий молодой человек двадцати пяти лет от роду был назначен верховным правителем Объединенных провинций Буэнос-Айреса, сменив на этом посту своего дядю Посадаса. Через три месяца Сан-Мартин получил то, что хотел, — губернаторское кресло в Куйо, одной из самых отдаленных провинций, где едва насчитывалось сорок тысяч жителей. Население бедствовало, люди в основном питались тем, что росло на склонах гор.

Постороннему наблюдателю могло показаться, что карьера Сан-Мартина, храброго испанского воина и патриота, подходит к концу. Он получил должность в провинции Аргентины, примерно такую занимал его отец, губернатор Япейу. Альвеар сердечно, но не без иронии писал ему: «Судьба благосклонна ко мне при всех моих начинаниях. Я желаю, чтобы она была так же благосклонна к Вам». Альвеар был рад, что Сан-Мартин удалился в этот тихий уголок. Он не знал, что в действительности за этим стоит.

Столицей провинции Куйо была Мендоса, чудесный колониальный город, расположенный на высоте около двух тысяч двухсот футов над уровнем моря, с пальмовыми деревьями и виноградниками. Однако дожди там шли несколько чаще, чем требовалось. Над ним, от зеленых подножий холмов до оголенных склонов, возвышались Анды. Их белоснежные вершины мерцали вдалеке.

Сан-Мартин взялся за дело с энтузиазмом. Сначала он вызвал из Буэнос-Айреса молодую жену. Вместе с родственницей, чернокожей рабыней Хесусой и тремя слугами она на дилижансе проехала семьсот миль по пыльным дорогам до Мендосы, по пути останавливаясь в дешевых гостиницах. Прелестная восемнадцатилетняя донья Ремедиос, или Ремедитос, как называл ее Сан-Мартин, быстро вошла в жизнь города. Она хорошо справлялась с обязанностями хозяйки дома и принимала у себя местное высшее общество. В августе 1816 года она родила дочь Мерседес Томасу. Город подарил малышке двести гектаров земли. Ее отец получил пятьдесят. Сан-Мартин все больше привязывался к городу, ему нравились окрестности. Об этом свидетельствует одно из его писем: «Провинция Куйо — одно из тех мест, которые я буду помнить всегда. Здесь живут добрые люди. В этом уголке я смогу с удовольствием посвятить себя работе на земле».

Сан-Мартин оказался энергичным и терпеливым администратором. Каждый вопрос он изучал до мельчайших подробностей, проводя разумную финансовую политику в своей провинции. Она была основана на налогообложении богатых людей и, разумеется, не нравилась им. Налогами облагались деятельность церкви, виноделие и любые доходы. Собственность землевладельцев, живущих за пределами страны, подлежала конфискации.

Сан-Мартин творил справедливость в духе Соломона. Например, крестьянку, плохо отзывавшуюся о своей стране, заставили из ее урожая выделить сто двадцать тыкв для армейской кухни. Один армейский офицер накопил большой карточный долг и признался в этом Сан-Мартину «как джентльмену». Ему дали денег, чтобы он смог расплатиться, но при этом сказали: «Никому не говори, кто дал их. Если генерал Сан-Мартин узнает, тебе несдобровать».