Революция была подавлена, но нерешительность и мягкотелость, проявленные перед угрозой анархии, сильно повредили авторитету Жуана. И если поначалу король пытался отправить своего сына в Лиссабон в качестве проконсула, то теперь Педру отправлял своего отца в Португалию — для восстановления авторитета монархии. Сам же остался в Бразилии, намереваясь держать под контролем революционную активность, угрожавшую охватить страну. 22 апреля 1821 года дружелюбный и праздный король назначил своего сына регентом, а двумя днями позже уехал, к своему великому огорчению, из любимой Бразилии в Лиссабон, чтобы больше никогда не вернуться. Его удаленная жена Карлота отправилась вместе с ним, радуясь возможности уехать. Педру остался со своей бесцветной, педантичной австрийкой-женой и командой любовниц.

С самого начала он проявил энергию и боевой настрой. Он вставал в четыре утра, проверял казармы, инспектировал войска и снаряжение. После быстрого завтрака в девять часов встречался с министрами и в течение пяти часов обсуждал государственные дела. За этим следовали легкая закуска и сиеста. В четыре он обычно катался верхом, а в шесть он предавался музыкальным занятиям вместе с Леопольдиной. Если позволяли официальные приемы и государственные дела, он ложился в девять, но часто выскальзывал позже — навестить какую-нибудь любовницу. Жуан не удрал с золотом своей страны, но все же прихватил из бразильской казны около семисот пятидесяти миллионов фунтов стерлингов (в сегодняшних ценах). Педру решительно взялся за преодоление критической финансовой ситуации. Он отменил налог на соль, чтобы стимулировать животноводство и рыболовство, урезал зарплаты и пенсии гражданским служащим и сократил вдвое собственное содержание. Хотя Педру и прибегал порой к авторитарным жестким методам управления, но был во многих отношениях либералом и просвещенным человеком. Была отменена цензура и провозглашена его поддержка свободы личности. Темницы, принудительный труд, кандалы, телесные наказания были запрещены. «Тюрьмы, — говорил он, — предназначены для содержания заключенных, а не для избиения их или лишения здоровья».

Сильно страдая от недостатка образования, он открыл несколько школ и других образовательных учреждений, обсерваторию, способствовал распространению научных трудов, возможно, под влиянием своей жены, и велел историкам заняться написанием «Истории Португальской империи». Но бунтарские настроения продолжали медленно закипать в радикально настроенных городах Северной Бразилии.

Тем временем в Португалии король Жуан превратился в марионетку, оказавшись неспособным противостоять либеральному большинству в кортесах, которое назначало министров в Лиссабоне. Они решили, что должен быть положен конец квазинезависимости, которую Бразилия получила в 1807 году с приездом королевского двора. Был также принят ряд декретов, отменяющих бразильские торговые привилегии. Португальскому командующему гарнизоном Рио-де-Жанейро, известному как Легион, было приказано стать гарантом португальской власти в колонии.

Эти проявления высокомерия Лиссабона способствовали объединению бразильцев вокруг энергичной фигуры молодого регента. Начало формироваться тайное движение сепаратистов за независимость. Оно основывалось на масонских ложах, разбросанных по всей стране, и объединялось вокруг графа ду Аркуша, премьер-министра Педру, известного своими симпатиями к сторонникам создания собственного бразильского правительства.

Правда состояла в том, что за четырнадцать лет независимости Бразилия выросла в основного партнера Португальской империи и не отдала бы своих достижений без борьбы. Покидая Рио, король наказал сыну: «Если Бразилия решит стать независимой, то пусть это произойдет под твоим руководством, а не под предводительством кого-либо из этих авантюристов, так как ты обязан уважать меня». В своих секретных письмах из Лиссабона теперь Жуан рекомендовал Педру сопротивляться поглощению Португалией, предвидя, что это неминуемо приведет к радикальной революции, подобной тем, волна которых прокатилась по всей Испанской Америке.

5 июня 1821 года Легион захватил власть в Рио-де-Жанейро и в предъявленном Педру ультиматуме потребовал, чтобы Аркуш был смещен и была создана выступающая против независимости хунта, которая явилась бы правительством де-факто. Первым побуждением Педру было поднять на борьбу с Легионом бразильцев, но португальские войска имели превосходство и в численности, и в вооружении. Подчинившись требованиям Легиона, Педру подвергся обструкции своих соратников, обвинивших его в предательстве интересов бразильцев. Два месяца спустя кортесы в Лиссабоне приказали ему вернуться в Европу, «чтобы завершить политическое образование». На самом деле они боялись, что он попытается сам возглавить движение за независимость. В ответ Педру запросил мнение населения. Во все основные города Бразилии были направлены эмиссары с соответствующими вопросами. Ответ был ошеломляющим: он должен остаться. В январе 1827 года вокруг королевского дворца в Рио собралась огромная толпа. И политические лидеры города, опасаясь, что волна анархии захватит страну, попросили его остаться. Он ответил: «Если это пойдет на пользу всем и послужит благоденствию нации, я согласен. Передайте народу, что я остаюсь». «Fico» — «Я остаюсь» — стало одним из лозунгов бразильских борцов за независимость.

Неподчинение Педру решению лиссабонского правительства взбудоражило толпу, но ответ Легиона не заставил себя ждать: Педру должен быть арестован и препровожден в Лиссабон силой. В январе генерал ди Авилеш расположил свои войска на господствующих высотах центра города, окружив Кампу-де-Сантану, где Педру собрал свои многочисленные, но разношерстные силы, в которые входили как верные ему воинские подразделения, так и народное ополчение, вооруженное мушкетонами, пистолетами, дубинами и ножами. Возникло напряженное противостояние. Португальская конница была готова напасть на повстанцев и взять ситуацию под контроль. Но Авилеш колебался. Он не мог отдать приказ напасть на наследника трона своей страны. Плохо организованная армия тем временем начала передвижение и стала окружать войска на высотах. Ди Авилеш отдал приказ войскам отойти обратно в Прайа-Гранди, на другой стороне залива. Из-за нерешительности ди Авилеша португальцы потеряли инициативу. Войска Педру отрезали португальский гарнизон от суши, он приказал кораблям для транспортировки войск стоять наготове в заливе и сообщил ди Авилешу, что они должны отплыть в Португалию. Ди Авилеш, твердо решивший остаться на безопасных позициях, ждал подкрепления из-за моря. Педру вызвал дополнительно войска из провинций Минас-Жерайс и Сан-Паулу и расположил их в глубине от прибрежной полосы Рио, подтянул пушки и занял форты Санта-Круш и Пику, стремясь запугать португальцев. Даже тогда португальцы почти наверняка могли выстоять. Они занимали очень выгодную позицию, были дисциплинированны, хорошо обучены по сравнению с войском Педру, которое хоть и превосходило их численно, но являлось просто сборищем случайных людей, в основном дилетантов. Тем не менее Педру предъявил ультиматум: либо португальские солдаты грузятся на корабли, либо их перебьют. Возможно, он блефовал. Трудно себе представить, что ему было неизвестно о недостатках его «армии», которую нельзя было даже сравнивать с хорошо обученными солдатами Легиона. Как бы там ни было, но 15 февраля португальцы согласились погрузиться на корабли, которые им предоставил Педру. Он выиграл первый раунд.

Разрыв еще не носил официального характера, и португальское правительство пробовало заманить Педру обратно уже другими способами. Когда в апреле представители греческого движения за независимость обратились к Жуану с просьбой дать согласие на то, чтобы призвать Педру на свой трон, отказ Педру был мгновенным. Вместо этого он решительно приступил к подготовке независимости Бразилии.

Вслед за заявлением, что он остается в Бразилии, Педру сформировал министерство под руководством Жозе Бонифасиу ди Андрада-и-Силва, энергичного и волевого человека, преподавателя, бывшего профессора Металлургического университета Коимбры. Один французский дипломат описывал его как обладателя «вулканической головы с белыми волосами». Бывший советник короля Жуана, поэт и философ, но и металлург, он был явным сторонником консерватизма, а потому стремился уговорить Педру оградить страну от либерального влияния, особенно из Португалии. Он был также активным франкмасоном — именно члены этих лож взрастили так много движений за независимость в Южной Америке. Номинально он возглавлял Великую восточную ложу, учрежденную в мае 1822 года в Рио. Но ее подмял под себя главный надзиратель Гонсалвиш Леду — человек менее консервативный, он отдавал предпочтение ограниченной монархии. Вскоре он инспирировал замену Бонифасиу на посту Великого мастера доном Педру под масонским именем Гуатимозин.

В июне 1821 года, назвав себя вечным защитником Бразилии, Педру образовал государственный совет, который должен был управлять страной и созвать конституционное собрание. Заявив также о верности отцу, он написал ему письмо, преисполненное презрения к кортесам, фактически управлявшим Португалией: «Я, принц-регент Бразилии, ее вечный защитник, заявляю этой кровожадной банде, что объявляю ничтожными и недействительными все декреты этих коварных и опасных смутьянов и что эти декреты выполняться не будут… Если это честное заявление не понравится тем лузитанским испанцам, пусть они отправят против нас армию, и мы покажем им, что такое бразильское мужество».