Солдаты Боливара начали умирать от болезней. Предполагавшееся восстание в Картахене в его поддержку так и не состоялось. И у него оставался единственный выход: повернуть свои войска и начать военные действия против испанцев, прекратив распри с Кастильо. Через четырнадцать лет он скажет, что кое-что из того, что хотел, ему все-таки удалось сделать.

Но теперь Новой Гранаде угрожала большая опасность, чем ссора между возможными союзниками. Испанская империя готовилась нанести по восставшим колониям сильный ответный удар. После поражения Франции на испанский трон вернулся реакционно настроенный Фердинанд VII. Это с ним Боливар был дружен в юности. Пятнадцать тысяч испанских солдат, многие из которых имели серьезный опыт войны, были посланы усмирять мятежные колонии. В море вышли сорок два транспортных судна в сопровождении восемнадцати военных кораблей.

Узнав об этом, Боливар поступил весьма прагматично. Понимая, что победить такую армию разобщенными силами Новой Гранады невозможно, он подал в отставку и объявил о своей готовности немедленно отправиться в ссылку. «Если я останусь здесь, Новая Гранада распадется на части и гражданская война никогда не кончится. Моя отставка позволит сохранить единство страны. Так будет лучше». У Боливара не было желания соучаствовать еще в одной катастрофе. Его поступок, возможно, выглядел капитулянтски, но, несомненно, был разумным. После пяти месяцев противостояния Кастильо 9 марта 1815 года на английском корабле он отправился на Ямайку.

В насилии над жителями Венесуэлы были повинны не только испанцы, но и патриоты. Об их бесчинствах капеллан испанской армии Льямоса написал Фердинанду VII, особо напирая на расовую подоплеку деятельности Бовеса: «Он (Бовес) всегда повторял, что богатство белых должно принадлежать черным. Эти аргументы занимают главное место в его военных расчетах и системе управления». В результате военная тактика испанской армии, направлявшейся в Венесуэлу, была изменена: ей было предписано уходить от обострения расовых противоречий.

Командовал испанской армией Пабло Морильо. Ему было тридцать семь лет — всего на пять больше, чем Боливару. Морильо был родом из города Фуэнтесекас-де-Леон и вовсе не знатного происхождения. Его головокружительная карьера началась после битвы при Витории, в которой его роль в самом деле была значительной. После победы при Витории Морильо стал фельдмаршалом. Он был изображен на картине рядом с Веллингтоном. Этот человек питал слабость к громким титулам. Морильо был сильным, крепко сложенным мужчиной среднего роста с черными глазами и пушистыми темными бровями. На лице застыло суровое выражение, а в голосе звучали стальные ноты, да и манеры его нельзя было назвать изящными. Появившись в Карупано, он сразу же выразил свое неприятие бандита Моралеса, который теперь командовал «легионом дьявола». Пять тысяч диких всадников собрались, чтобы поприветствовать Морильо. Фельдмаршал любил военную форму. Большинство же легионеров Моралеса были обнажены по пояс, а на их головах красовались шапки из шкуры ягуара. Меж собой они общались лишь на им понятном языке. Морильо, обратившись к этой орде, заявил, что, если не наладится дисциплина, эта банда будет распущена. Моралес ответил, что ему проще встать на сторону восставших патриотов, чем выполнить такой приказ Морильо.

Первая совместная экспедиция Морильо и Моралеса была на остров Маргарита. Они должны были подавить восстание, поднятое Арисменди. В мирные времена Арисменди был тихим человеком, но после того, как его жена и дети были замучены, сделался лидером повстанцев, причем в жестокости не уступал льянерос. Арисменди сдался без боя: силы были слишком неравными. Морильо помиловал его. Один из англичан оставил описание внешности Арисменди: «…Выражение его лица было особенно свирепым. Улыбка нисколько не смягчала эту свирепость, а смех наводил ужас на окружающих. Смех делал его лицо еще отвратительнее. Его смех можно сравнить только со звуками, которые издает встревоженная гиена, а голос — сдавленный рев тигра. Его глаза горели мстительным огнем. Любому стороннему наблюдателю становилось очевидно, что этот человек способен к зверствам и насилию, они были его естественным состоянием».

Испанский историк Севилья писал, что Моралес, указывая на стоящего на коленях лидера повстанцев, настаивал: «Генерал, не делайте этого. Человек, который стоит перед вами на коленях, не раскаялся. Он жалкий притворщик. Это пресмыкающееся перед вами ничтожество вовсе не человек, а дикий зверь, исчадие ада. Он льет крокодиловы слезы. Его обещания лживы. Этот человек заживо сжег пятьсот мирных испанских торговцев, направлявшихся из Каракаса в Ла-Гуайру. Тех же, кто не погиб в огне, пронзали копьями».

Морильо не обращал внимания на слова Моралеса, а тот мрачно предсказывал неудачу всей экспедиции. Морильо продолжил свой путь в Каракас. Там он объявил о полной амнистии и пообещал креолам, что их собственность на землю будет восстановлена, а с восстаниями негров и индейцев он покончит. Интересы дикарей из льянос, возвративших Испании власть в Венесуэле, таким образом, в расчет не брались.

Началось наступление на Новую Гранаду. Одна армия шла к ней через горы. Другая — под командованием Моралеса — по побережью. Солдаты Морильо плыли на кораблях. Затем последовала осада Картахены. Это героическое сражение длилось 106 дней. Испанцы бомбили Картахену с моря, обстреливали с близлежащих холмов. Неповоротливый и трусливый Кастильо был смещен. На его место назначили Бермудеса, соотечественника Боливара. Почти шесть тысяч человек умерли от голода. Две тысячи выживших 6 декабря 1815 года погрузились на рыбацкие лодки, пытаясь спастись в море. Многие погибли во время прилива, другие были подобраны испанскими кораблями, стоявшими при входе в гавань. Триста человек, оставшихся в Картахене, были казнены. Среди них и Кастильо.

Войско Морильо отправилось вверх по реке Магдалене к Санта-Фе-де-Боготе. Этот поход длился несколько месяцев. По дороге Морильо узнал, что Арисменди поднял на острове Маргарита восстание и вырезал весь небольшой испанский гарнизон. Моралес оказался прав. Морильо чувствовал себя неловко.

Хотя Богота сдалась без боя, Морильо учредил «трибунал усмирения», дабы избавиться от лидеров повстанцев. 30 мая 1816 года жены и дочери знатных горожан в отчаянии пришли к Морильо. Буквально на коленях они умоляли его пощадить их мужчин. Историк Севилья пишет, что генерал ответил им отказом, объяснив, что у солдат, убитых на Маргарите, тоже есть жены и дети. Около шестисот человек были казнены, в том числе Камило Торрес, президент республики и сторонник Боливара. Пламя независимости в Венесуэле и Новой Гранаде было погашено, и мало кто верил, что оно может вспыхнуть с новой силой.