Боливар, однако, отложил свой отъезд всего на несколько дней. 4 сентября его корабль покинул берега Лимы. На прощание Боливар значительно произнес: «Берегитесь всадников анархии».

Проблемы Великой Колумбии заключались в неудавшейся попытке объединить два абсолютно не похожих друг на друга государства. В Новой Гранаде преобладало белое население. Образованный и процветающий средний класс занимал в этой стране крепкие позиции. Венесуэла была тропической страной с преобладанием цветного населения, где царило беззаконие. Новой Гранадой руководил педантичный Сантандер, во всем следовавший букве закона. Венесуэлой управляли бывшие военачальники Боливара: Мариньо, Арисменди, Бермудес и Урданета. Паэс был первым среди равных. Основой экономики этой страны являлись феодальные поместья. В Новой Гранаде бурлила политическая жизнь и действовал конгресс. В Венесуэле все решали военачальники. Обе стороны, венесуэльская и гранадская, вели себя весьма нервозно и агрессивно.

Как вице-президент, Сантандер во время отсутствия Боливара формально отвечал за оба региона, но его попытки установить свою власть в Венесуэле нельзя назвать удачными. Одним из его первых шагов на этом поприще стал смертный приговор, вынесенный им чернокожему венесуэльскому полковнику Леонардо Инфанте. Казнь была задумана как акт публичного устрашения. Сантандер лично присутствовал на казни. Это возмутило венесуэльских лидеров. Сантандер выпустил приказ о военной мобилизации всех мужчин от шестнадцати до пятидесяти лет, но мало кто из венесуэльцев подчинился ему.

Паэс насильно рекрутировал тысячи человек. Его люди врывались в дома обывателей. Поведение Паэса привело Сантандера в ужас. Он приказал ему явиться в Санта-Фе-де-Боготу и ответить за свои действия.

Паэс написал Боливару, умоляя его вернуться и спасти страну от развала, а заодно и от неумелого правления Сантандера. Боливар был настроен решительно. Во время путешествия на север, которое проходило через Анды, его с энтузиазмом встречали в Кито и даже в Пасто. Боливар написал Сантандеру, угрожая отвернуться от него, если тот не согласится на пересмотр конституции Великой Колумбии. Это позволило бы установить жесткое правление в стране.

Сантандер уступил, потому что без поддержки Боливара был не в состоянии противостоять Паэсу. Капризные конституционалисты Санта-Фе-де-Боготы ненавидели Боливара, но не имели сил бороться с ним.

Боливар приближался к Боготе. Сантандер верхом на лошади выехал ему навстречу в город Токайма. Требование Боливара о пересмотре конституции страны было удовлетворено. Взамен Сантандер потребовал, чтобы Боливар отказался стать диктатором Великой Колумбии (об этом просил его и Паэс), приструнил неукротимых льянерос и снял Сукре с должности вице-президента Великой Колумбии.

Боливар необдуманно согласился на условия Сантандера. Впоследствии это привело к тому, что он потерял двоих своих самых главных союзников — Паэса и Сукре, в то время как Сантандер по-прежнему оставался его противником.

Сантандер возвратился в Боготу. Там он стал распространять слухи, будто Освободитель направляется в столицу, чтобы захватить власть. Вместо триумфальных арок и обычных приветствий к приезду Боливара приготовили лозунг «Да здравствует конституция!».

Узнав об этом, разгневанный Боливар тотчас же поскакал в Боготу, несмотря на проливной дождь и глубокую ночь. Пять лет Боливар не был в столице. Вместо радостных толп народа он увидел спешно собранные Сантандером небольшие группы людей, скандировавших: «Да здравствует конституция!» С трудом сдерживая гнев, Боливар поднялся на стременах и выкрикнул в ответ: «Да здравствует Республика! Да здравствует наш выдающийся вице-президент (Сантандер)! Да здравствует конституция!»

За несколько дней Боливару удалось перетянуть на свою сторону ведущих политиков города. Сантандер вновь вынужден был подчиниться решению Боливара о создании конфедерации Великой Колумбии, Перу и Боливии.

Когда об этом узнал Паэс, которого поддерживал вечно мятежный Мариньо, то поднял знамя восстания — и не против Сантандера, а против Боливара. В Пуэрто-Кабельо, Кумане и Валенсии вспыхнули бунты. Старый разбойник Паэс снял свою генеральскую форму и вновь облачился в одежду льянерос. Верхом на лошади он скакал из Каракаса в льянос, раздувая огонь ковбойской смуты.

Именно Паэс первым когда-то сказал, что Боливар должен превзойти Наполеона. Теперь же он обвинял своего бывшего командира в стремлении стать единоличным властителем в Латинской Америке. Земля, за освобождение которой пролилось так много крови за последние пятнадцать лет, вновь подвергалась опасности быть ввергнутой в гражданскую войну. Прибыв в Каракас, Боливар заявил Паэсу: «Вы столько приобрели рядом со мной. Я разделил с вами славу и удачу. Для вас нет ничего невозможного, пока мы вместе. Вспомните генерала Лабати. Он пошел против меня и проиграл. А генерал Кастильо, генерал Пиар, генерал Морильо, генерал Рива Агуэро, генерал Торре Тагле? Все они проиграли, начав борьбу со мной. Господь обрекает всех моих врагов на гибель, не важно, кто они — испанцы или американцы. А теперь вспомните, какие посты занимают генералы Сукре, Сантандер и Санта-Крус…»

Из Каракаса Боливар направился к озеру Маракайбо. В дороге он написал Сантандеру: «Медлить нельзя, иначе мы потеряем все. Война на западе будет очень жестокой. И продлится не меньше трех-четырех лет. Война может быть такой же непредсказуемой, как с испанцами. Сегодня мы разобьем их, а завтра они вернутся с еще большими силами».

В этом письме Сантандеру Боливар пишет о Паэсе как о «самом амбициозном и тщеславном человеке в мире… и самом опасном человеке в Колумбии». Но тем не менее он хотел уладить дело мирным путем и потому согласился принять участие в новой конституционной ассамблее.