Здесь же, при Морском офицерском собрании, в 1859 году открылось Общество морских врачей, первым председателем которого стал Иван Яковлевич Ланг. Врачи готовили научные доклады и проводили симпозиумы. Степан Гумилёв любил бывать на заседаниях общества.

Жизнь молодой образованной москвички в небольшом морском городке протекала удивительно однообразно. Степан Яковлевич целыми днями дежурил в госпитале, Анночка же музицировала, читала «Кронштадтский вестник», на который подписался муж, и… скучала. Настроение у нее менялось, как на море погода. Перемена климата не пошла ей на пользу, к тому же Кронштадт ей не понравился. А вскоре она начала кашлять.

Тем временем мужу наскучила госпитальная работа, и Степана Гумилёва потянуло в море. Он написал рапорт, который вскоре удовлетворили, и весной 1862 года Степана Яковлевича перевели младшим врачом на корабль «Император Николай I».

С мая по август 1862 года корабль находился в плавании по внутренним водам. По возвращении из похода на кронштадтском рейде, как положено, был проведен смотр корабля, который осуществил вице-адмирал Новосильский с группой старших офицеров и начальником артиллерийской части генерал-майором Мещеряковым. Вице-адмирал остался доволен прежде всего «весьма здоровой и бодрой» командой, в чем усмотрел заслугу корабельных врачей.

Служба шла своим чередом. После ряда переводов в апреле 1864 года Степан Яковлевич наконец оказался на борту фрегата «Пересвет», а в августе того же года Высочайшим приказом по Морскому ведомству о чинах гражданских за № 492 молодому корабельному врачу присвоили чин титулярного советника.

И хотя служба на «Пересвете» складывалась удачно, в душе у молодого титулярного советника покоя не было. Всякий раз, уходя в плавание, Степан Яковлевич тревожился о своей слабой здоровьем и болезненно впечатлительной жене. Оставаясь одна, она всегда находила поводы для волнений, не спала ночами, мучительно кашляла. А потому чем дальше Гумилёв уходил от родного берега, тем чаше его мысли возвращались в Кронштадт.

26 августа 1865 года фрегат «Пересвет» прибыл на портсумский рейд, где встретился с русской броненосной эскадрой. Капитан отдал салюты нации адмиральскому флагу и получил ответ с флагманского корабля. Когда с формальностями было покончено, все офицеры получили приглашение на время стоянки стать почетными членами яхт-клуба «Виктория», которое те с удовольствием приняли. Но корабельным врачам повеселиться в те дни не довелось: на судне обнаружили тиф, тяжелую, быстро передающуюся болезнь, которая могла вызвать на корабле эпидемию. В Копенгагене Гумилёв отправил на берег пятерых заболевших матросов. Одного, Лаврентия Будилова, спасти не удалось.

2 сентября фрегат «Пересвет» снялся с якоря и взял курс к французскому порту Брест. Попутный ветер позволял судну развить скорость до десяти узлов, идя под всеми парусами. Однако ночью сгустился туман и ветер стих. Капитан приказал развести пары, и в шесть часов утра 4 сентября фрегат наконец кинул якорь в Брестском порту.

Меры, принятые Гумилёвым, позволили приостановить быстрое распространение инфекции, но тиф продолжал гулять по кораблю и косить людей. Врачи были вынуждены сдать в береговой госпиталь еще десять человек. Во фрегатском лазарете осталось трое выздоравливающих. Еще трое матросов лежали с простудной лихорадкой, а двое — с воспалением мочевого канала.

На третий день стоянки на корабль пришло уведомление от российского вице-консула в Портсуме Г. Бэкера о том, что гардемарин Кардо-Сысоев, которого они оставили на берегу в тяжелом состоянии, скончался. А вскоре пришло тревожное известие о распространяющейся в Средиземном море холере. На фрегат прибыл адмирал Гольсбор, начальник эскадры США в европейских водах, и поделился с Копытовым своими опасениями, предложив отложить выход в Средиземное море. Корабельные врачи Аркадий Облочинский и Степан Гумилёв занялись профилактическими мероприятиями. Корабль густо пересыпали хлоркой.

Правда, среди тревожных на корабль пришла и радостная весть. 13 сентября Высочайшим приказом по Морскому ведомству о чинах гражданских за № 494 С. Я. Гумилёва произвели в коллежские асессоры. Степан Яковлевич отметил это событие с друзьями и послал сообщение жене в Кронштадт. Время, проведенное в Бресте, медики использовали для укрепления здоровья членов команды. Капитан, довольный их работой, сообщал в рапорте в Санкт-Петербург 14 сентября: «…Вообще за все время плавания из Кронштадта до сих пор никогда не было и половины больных, бывших в Кронштадте, там на работу не выходило от 40 до 60 человек. Во время же плавания больных, со всеми легкими ушибами и нарывами, не было и двадцати». Правда, вынужденное бездействие кое для кого обернулось бедой. Матрос Николай Иванов, сильно выпивший во время увольнения, возвращаясь на корабль, упал с пристани и сильно ушибся. Осмотрев рану головы, корабельный врач обнаружил, что ушиб сопровождался переломом костей черепа. Пострадавшего пришлось госпитализировать.

После отправки новой партии тифозных больных в госпиталь фрегат полностью проветрили. И наконец тиф отступил.

24 сентября, когда «Пересвет» пришел на кадинский рейд, у форштевня, в нижней шкиперской каюте неожиданно обнаружили струю воды. Водолазы доложили капитану, что толстая медь на форштевне внизу оборвана. Для ремонта судно следовало поставить в док, но два имевшихся дока были слишком малы, а третий, большой, был занят новым испанским фрегатом, который предполагали ремонтировать до конца октября.