Проблема защиты тех, кто согласился на подданство, встала перед казаками и в Анадырском крае. На объясаченных юкагиров, ходынцев и оноулов периодически совершали набеги чукчи, коряки, да и другие юкагирские племена. Очередное нападение совершил вождь Мекерка, пограбил стойбища и захватил пленных, обратив их в рабство. Ходынцы и оноулы обратились к русским. И был предпринят поход на обидчиков. Их разгромили и разогнали, вернув награбленное и освободив невольников. Но в бою 3 русских были ранены и погиб Мотора. За старшего в Анадырском остроге снова остался Дежнёв. Прикинув, что пушнины и моржовой кости добыто уже много, казаки хотели строить корабль для возвращения на Колыму. Но, расспросив местных жителей, узнали, что тут нет надежных материалов для судовых снастей, а плавания в здешних водах опасны. Тогда сухим путем, налегке, отправили казака Данилу Филиппова с проводниками-юкагирами.

Оставшиеся землепроходцы в 1653 г. предприняли экспедицию по берегам Анадырского залива, открыли большие лежбища моржей, охотились на них. Пришлось и воевать. Юкагиры-чуванцы заключили союз с коряками, нападали на дружественные племена. Первый поход организовали на чуванцев, они сопротивлялись отчаянно, в схватке полегло 5 русских, 3 получили ранения. Но противника одолели и объясачили. Позже ходили и на коряков. В бою был ранен Дежнев, тем не менее снова победили. И как раз в этом столкновении у коряков «отгромили» пленницу, «якутскую бабу» — жену Федота Попова. Единственную уцелевшую из экипажа корабля, унесенного на Камчатку, и поведавшую о судьбе своих спутников.

А посланец Дежнева Филиппов тем временем добрался до Колымы, на попутном коче доехал до Лены и в 1654 г. прибыл в Якутск. Привез пуд моржовой кости в качестве образца и челобитные, в которых описывалось плавание через Берингов пролив, сделанные открытия, рассказывалось о природе Анадырского края, населяющих его народах, прилагались карты. Дежнев докладывал, что казаки обносились, много претерпели в тяжелых трудах, боях и лишениях. Просил выплатить жалованье и прислать на Анадырь нового приказчика ему на смену. Воевода Михаил Лодыженский, назначенный вместо Францбекова, счел полученные сведения крайне важными. И Филиппова, приложив собственное донесение, сразу же отправил в Москву. В столице высоко оценили информацию землепроходцев. Плаванием и открытиями Дежнева заинтересовался сам царь, лично принял, расспрашивал и наградил гонца, а Сибирский приказ послал в Якутск указание развивать дело на Анадыри. Свершения Хабарова в Москве тоже заслужили высокую оценку. Из крестьян он был пожалован в дети боярские.

В исторической литературе можно встретить утверждения, что Москва вела себя нерешительно, слишком долго тянула с решением о принятии Украины. При этом забывается или игнорируется, что шаг-то был нешуточный, и прежде следовало подготовить вооруженные силы. Что же они представляли в середине XVII в.? Русская армия отчасти уже перешла на регулярную основу, а отчасти еще организовывалась по старинке. Дворяне и дети боярские (мелкопоместные дворяне) составляли поместную конницу. Они получали в походах жалованье, наделялись поместьями, но не в вечное владение, как вотчинники-бояре, а только на время службы (после смерти дворянина часть его имения могли оставить вдове и подрастающим детям). По призыву они должны были явиться «конно, людно и оружно» и привести вооруженных слуг — 1 пешего и 1 конного со 100 четвертей пашни. В Москве раз в 2–3 года проводились смотры дворянской конницы и переверстка поместий. Часть дворян разных городов поочередно отряжалась в столицу и жила тут по 3 года, это были «жильцы». Они, как и московские дворяне, пользовались преимуществом перед «городовыми», жалование получали выше, но эти категории составляли «корпус быстрого реагирования», всегда находились под рукой царя для выполнения его распоряжений.

«Старые» виды пехоты составляли стрельцы и служилые казаки. Московские стрельцы были отборными воинами, гвардией царя. Они объединялись в приказы — воинские части по 500 чел., командиром был стрелецкий голова. Приказы подразделялись на сотни, полусотни и десятки под командованием сотников, пятидесятников и десятников. От казны они получали красочную яркую форму — долгополые кафтаны, шапки, сапоги. Цвет формы у разных приказов отличался: у одних зеленая, у других малиновая, у третьих кирпичная, желтая, голубая. Стрельцы обучались передовой для того времени линейной тактике боя, вооружались мушкетами, саблями и бердышами (которые использовались и в качестве подставки при стрельбе). В походах им выделялись лошади, слуги для заботы о бытовых удобствах и по 1 телеге на 10 бойцов. Городовые стрельцы несли службу в важнейших крепостях, форма и жалованье у них были поскромнее, чем у московских. Служилые казаки, как уже отмечалось, были иррегулярной пехотой, вербуемой из вольных людей. Командный состав у них не выбирался, а назначался — атаманы (командиры отряда в 500 человек), сотники, пятидесятники. Стрельцы и казаки получали землю для личного хозяйства, в свободное время могли заниматься ремеслами, торговлей, освобождаясь от налогов и получая ряд других льгот.

Полки «нового строя» были солдатскими, рейтарскими и драгунскими. Солдатский и драгунский полки состояли из 1600 бойцов, делились на 8 рот. 2/3 солдат были мушкетерами, а 1/3 — пикинерами, длинными пиками защищали стрелков от атак вражеской конницы. Драгуны являлись легкой кавалерией, могли вести бой в пешем строю, носили облегченные кирасы и вооружались карабином, пистолетами и палашом. Рейтары были тяжелой конницей, их вооружение составляли латы, карабин, 2 пистолета и палаш или шпага. Полк насчитывал 2 тыс. всадников и делился на 12 рот. Но казарменной системы еще не было. Полки «нового строя» размещались на границах, солдатские на шведской, кавалерийские — на татарской, получали землю и жили на правах военных поселенцев, деревнями и слободами. Не платили податей, получали жалованье и одновременно с крестьянским трудом проходили военное обучение и несли пограничную службу. Уже существовали звания — полковники, полуполковники, майоры, ротмистры, капитаны, поручики, прапорщики. И служили они не с поместий, а на жалованье — так, оклад капитана солдатских полков составлял 8 руб. в месяц, поручика — 5, кроме того каждому полагались перед началом кампании подъемные и по полтине «на шубу».

В походы привлекались отряды донских казаков, татар, башкир, ногаев. А на большую войну призывались посошные и даточные люди, по столько-то крестьян с определенного количества дворов. Даточных призывали в строй, посошных использовали в обозах, при постройке укреплений, после войны тех и других распускали по домам. (Между прочим, только служилые, от солдата до боярина, при обращении к царю употребляли форму «мы, холопи твои», что вовсе не было самоуничижением, а выражало реальные отношения сторон, ведь служилые действительно находились в зависимости от царя, принесли ему присягу и были людьми «подневольными». Но другие сословия так не обращались. Священники и монахи писали «мы, богомольцы твои», а крестьяне, посадские, купцы — «мы, сироты твои»).

Термин «полк» был неоднозначным. Он обозначал и корпуса. Передовой полк был авангардом, сторожевой — арьергардом. Во главе полков назначались воеводы и их «товарищи» (заместители). А воевода Большого полка являлся главнокомандующим. При нем формировался штаб, включавший «у большого знамени воеводу», судью, «посыльных воевод» (адъютантов), «у ертаула воеводу» (начальника разведки), «у большого полкового наряда и зелейной и свинцовой казны воеводу» (начальника артиллерии и обоза), а также штабных работников — «завоеводчиков», «есаулов», «сторожеставцев», «обозных», «заимщиков», нескольких дьяков, подьячих, толмачей-переводчиков. Аптекарский приказ прикомандировывал к штабу «дохтура», нескольких «лекарей» и «костоправов». Уже создавались и первые военные округа на границах, там, где было расквартировано значительное количество войск. И эти округа тоже назывались «полками» (или «разрядами») — Белгородский, Новгородский, Псковский.