Академические выборы состоялись после ноябрьского заседания РХО, поэтому у коллег Менделеева было достаточно времени, чтобы к следующему заседанию общества подготовить настоящее чествование Дмитрия Ивановича. Он был избран почетным членом общества, и ему был преподнесен адрес, в котором, между прочим, говорилось: «Настоящее приветствие и предложение Вас в почетные члены получило лишь внешний толчок от общего волнения, вызванного известным событием 11-го ноября, но каждый из нас уже давно чувствовал нравственную обязанность признать и венчать пророка и в отечестве своем».

Возбуждение, внесенное академическими выборами 1880 года в жизнь русского общества, оказалось столь сильным, что не могло уже быть удержанным в рамках ученой корпорации и научных учреждении. Поэтому последствия, забаллотирования Менделеева оказались гораздо серьезнее, чем мог даже предполагать Веселовский, затевая свою интригу. Так, воспользовавшись тем, что имя Менделеева было у всех на устах, газета «Голос» открыла подписку на премию имени Менделеева. Подписка прошла успешно, и уже в феврале 1881 года редакция передала химическому обществу 3505 рублей. Но Дмитрий Иванович просил при его жизни премий его имени не присуждать, поэтому пожертвованный капитал приращивался процентами и к 1907 году составил около 15 тысяч рублей. Премии имени Менделеева начали присуждаться с 1910 года, и в числе ученых, награжденных ею, мы встречаем имена Д. Коновалова, Н. Курнакова, А. Думанского, В. Хлопина и других.

Из всех химиков, к которым обратился Меншуткин, отказался подписать протест один лишь Бейльштейн. И это обстоятельство наряду с тем, что он отчасти противопоставлялся Менделееву как кандидат, дало повод некоторым газетам причислить его к так называемой «немецкой партии».

С другой стороны, и некоторые из академиков нерусского происхождения позволили себе высказывания, которые лучше было бы оставить при себе. Один из них подлил масла в огонь, простодушно удивляясь поднявшейся полемике: «Да ведь Академия вовсе не русская; она — Императорская Академия!» Другой имел неосторожность публично заявить Бутлерову, что академическое большинство верит не ему, русскому академику, а верит боннскому профессору Кекуле; и что, вообще-то говоря, академия неподсудна русским ученым… Случилось то, чего опасался Бутлеров. Вместо разговора о реакционности академии, о ее оторванности от живого развития русской науки, о ее самоизоляции получился разговоре борьбе «русской» и «немецкой» партии, о немецком засилье и так далее. Тогда выходило: Менделеев не был избран потому, что был русским, а не потому, что его неукротимая энергия и передовые по тому времени общественные взгляды угрожали тлетворному духу, насаждавшемуся в академии Веселовским. Тогда выходило: Бейльштейн устраивал Веселовского только потому, что происходил из немцев, а не потому, что он обладал тихим, покладистым характером и никогда бы не вступил в конфликт с академическим начальством.

Сейчас, когда злоба дня отлетела от этих давно минувших событий, мы с гордостью можем отметить, что лучшие представители отечественной науки не унизились до такого националистического толкования академического конфликта 1880 года. Сам Бутлеров, центральная фигура конфликта, не уставал повторять: «В своем научном развитии я многим обязан западноевропейской науке и привык относиться, к ней с должным уважением. С другой стороны, с прошедшим пашей Академии связаны столь блестящие имена, чужие по звуку, но родные нам по великим заслугам пред Россией, что нельзя не преклониться пред ними с полным уважением. Я был поэтому весьма далек от каких-либо скороспелых выводов, основанных на внешности…» Александр Михайлович не допустил также и нападок на Бейльштейна только за то, что тот был нерусского происхождения. Он все время подчеркивал, что Бейльштейн заслуженный трудолюбивый ученый, но, «отводя в нашей науке г-ну Бейльштейну почетное место, вполне им заслуженное, нет надобности принижать для этого других ученых, стоящих выше его…».

Нужно отдать должное и поведению самих профессоров, которые волею судеб оказались в положении соперников. Дмитрий Иванович продолжал высоко ценить Бейльштейна, а тот, в свою очередь, не раз говорил: «У нас в России больше нет талантов таких же могучих, как Менделеев».

Дмитрий Иванович воспринял забаллотирование довольно спокойно, но поднявшаяся газетная шумиха и письма с выражением соболезнования доставили ему немало неприятных минут.

«Выбора в академию я не желал, им оставался бы недоволен, — объяснял он свое состояние одному из друзей, — потому что там не надо, что я могу дать, а мне перестраивать себя уже не хочется. Ни важности заморской, ни солидной устойчивости в объекте занятий, ни напускного священнодействия в храме науки — ничего этого во мне быть не может, коли не было. И пришлось бы мне сталкиваться, а теперь противно мне это, пропала былая охотка. Оттого и рад был.

Тяжело же стало тогда, когда посыпались телеграммы вроде Вашей… Тяжесть облегчилась по добром размышлении, когда пришла верная догадка — ведь я лишь повод, подходящий случай, чтобы выразилась на мне охота ветхое заменить чем-то новеньким, да своим. Просветлело на душе, и я… готов хоть сам себе кадить… чтобы основы академии преобразовать во что-нибудь новое, русское, свое, годное для всех вообще и, в частности, для научного движения в России».

Оглядываясь на события 1880 года, Дмитрий Иванович с удовлетворением мог остановить свои взгляд лишь на одном из них — поездке на Кавказ. И возможно, именно поэтому в автобиографических заметках, составленных буквально за несколько месяцев до смерти, под цифрой 1880 он записывает всего одно событие этого года: «4 нюня командирован на 3 месяца… Ездил с Володей (была и Анна Ивановна) по Волге».

Еще во время пребывания в Америке, осматривая с любезным Гетчем нефтеносные провинции Пенсильвании, Дмитрий Иванович задумался о происхождении нефти. Хотя Гетч не был геологом и хотя ему не хватало широты знании, он оказался для Менделеева настоящей находкой, ибо держал в голове сотни цифр, фактов и наблюдений, касающихся практики нефтяного дела. Поэтому Дмитрий Иванович смог очень быстро проверять и уточнять возникающие в его голове гипотезы. Для этого ему надо было лишь выводить из своих построений всевозможные следствия, а Гетч тут же говорил ему, наблюдается что-нибудь подобное в действительности или нет. И постепенно соображения и наблюдения Дмитрия Ивановича начали складываться в стройную гипотезу, совершенно по-новому объясняющую происхождение нефти.

В то время считалось, что, будучи смесью органических веществ — углеводородов, нефть могла произойти только из органических остатков некогда живших на земле животных или растении. Но во время своих поездок с Гетчем Дмитрий Иванович обратил внимание на то, что нефть добывается из таких древних геологических образований, что в них не могли встречаться в больших количествах живые организмы. Попасть же на такую глубину с поверхности они тоже не могли, ибо нефть, более легкая, чем вода, может перемещаться лишь из глубоких пластов в верхние слои, но никак не может опускаться вниз.