20 ноября 1794 года, в годовщину своего прибытия в Саровскую обитель, преподобный испрашивает благословения на новый подвиг — пустынножительство и поселяется в глухом лесу в нескольких километрах от монастыря. По благочестивому обычаю он дает разным местам вокруг своей деревянной избушки названия в память о событиях земной жизни Спасителя: Вифлеемская пещера, град Иерусалим, река Иордан, поток Кедрон, Голгофа…

В «дальней пустыньке», как любил называть свое уединенное жилище святой старец, он ежедневно совершал молитвенное правило по строгому уставу древних пустынножительных обителей, а также по чинопоследованию, им самим составленному и известному как «келейное правило отца Серафима», нередко полагая при этом до 1000 поклонов.

Кроме молитв нужно было заботиться о хлебе насущном. Старец рубил дрова в лесу, заготавливал на болоте мох, работал на пчельнике и возделывал огород, устроенный близ кельи, наизусть воспевая церковные песнопения.

Одеждой преподобному служил один и тот же белый полотняный балахон; носил он также старую камилавку и лапти, а в ненастную погоду — подрясник из черного толстого сукна да кожаные полумантию и чулки-бахилы. Образ жизни старца был до крайности суров, даже в сильные морозы его келья не отапливалась. Спал он на полу, прислонившись спиной к стене либо положив под голову камень или поленья, и делал это «ради умерщвления страстей».

Сам добывая себе пропитание, преподобный соблюдал очень строгий пост, питаясь один раз в сутки преимущественно овощами да черствым хлебом, небольшими запасами которого он делился с птицами и дикими животными. Не раз видели, как старец из рук кормил огромного медведя, служившего ему. Он не принимал пищу в среду и пятницу, часто во время поста голодал. Со временем Серафим отказался от помощи со стороны обители, усилил воздержание и пост, питаясь около трех лет лишь травой снытью, которую сам сушил, заготавливая на зиму.

Стремясь к безмолвию, старец оградил себя от посетителей, однако иноков, желавших уединения, принимал ласково, не отказывая в наставлениях, но благословение на такой подвиг старался не давать, зная, что такая аскетическая жизнь не под силу многим. Его же духовная сила прибывала благодаря строгости и молитвам.

Подвижник взял на себя особый подвиг — столпничество. Каждый вечер на закате преподобный поднимался на большой гранитный камень, лежавший в лесу на полпути от обители к его келье, и до рассвета с воздетыми к небу руками молился. С наступлением утра он возвращался в келью и в ней, чтобы уровнять ночные подвиги с дневными, вставал на другой, малый, камень, принесенный из леса, и оставлял молитву лишь для краткого отдыха и подкрепления тела скудной пищей.

Тысячу дней и ночей, несмотря на мороз, дождь, зной и стужу, продолжал он это молитвенное стояние. Однажды на его келью набрели разбойники, которые, угрожая расправой, стали требовать у него денег. По их разумению, к старцу ехали люди, часто богатые, и у него должны были быть деньги. Не встретив сопротивления, они жестоко избили подвижника, проломили ему голову и сломали несколько ребер, а затем, все сокрушив в келье и ничего не найдя, кроме иконы и нескольких картофелин, бежали, устыдившись своего злодеяния.

Утром преподобный с трудом добрел до обители. Восемь суток страдал он от нестерпимой боли, отказавшись от помощи врачей, вызванных настоятелем, предоставив свою жизнь воле Господа и Пречистой Его Матери. И когда надежда на выздоровление, казалось, исчезла, Пресвятая Богородица явилась старцу в тонком сне в сопровождении апостолов Петра и Иоанна Богослова и даровала ему исцеление. В тот же день преподобный встал с постели и еще пять месяцев пробыл в монастыре до полного выздоровления. Старец остался навсегда согбенным и ходил, опираясь на топорик или на посох, однако обидчиков простил и просил не наказывать.

Возвратившись в «дальнюю пустыньку», преподобный Серафим не изменил прежнего уклада жизни. По смерти настоятеля и своего духовного руководителя иеромонаха Исайи он принял обет молчания, сравнивая его с крестом, «на котором человек должен распять себя со всеми страстями и похотями». Жизнь его становится еще более сокрытой для окружающих: безмолвствует не только пустынь, но молчат и уста старца, отрешившегося от всех житейских помыслов.

«Паче всего должно украшать себя молчанием, — любил он впоследствии повторять наставления отцов Церкви, — ибо молчанием многих видел я спасающихся, многоглаголанием же ни единого… Молчание есть таинство будущего века… ибо приближает человека к Богу и делает его как бы земным ангелом… словеса же — орудия суть мира сего».

Преподобный Серафим не выходил более к посетителям и, если встречал кого в лесу, падал ниц и не вставал, пока прохожий не удалялся. По причине болезни ног он уже не мог посещать обитель, и пищу ему один раз в неделю приносил послушник, которого старец встречал со сложенными крестообразно на груди руками и отпускал, не взглянув на него и не произнеся ни слова. Только иногда клал на лоточек частицу хлеба или немного капусты, давая тем самым знать, что следует принести в следующее воскресенье. В безмолвии преподобный провел около трех лет.