По приезде в Москву он узнал, что особенным доверием митрополита Филарета пользуется жена известного русского литератора Наталья Петровна Киреевская, рожденная Арбенева, и поспешил явиться к ней за советом, как лучше и где представиться ему Владыке, дабы доложить произошедшее в Дивееве. Оказалось, что Наталья Петровна хорошо знала в молодости батюшку Серафима, дважды была в Сарове, старец исцелил ее от серьезной болезни, и она всею душою ужаснулась сообщению его о беззаконных действиях Нижегородского архиерея. Действительно, в ожидании приезда в Москву Государя Императора митрополит никого не принимал, но Наталья Петровна посоветовала Мотовилову все-таки лично доложить дело Владыке, в той же форме и с той же откровенностью, и обещала испросить ему аудиенцию. Но митрополит Филарет, оказалось, переехал в Троице-Сергиеву лавру. Когда Николай Александрович собрался ехать в лавру, там пребывали уже Государь Император, Государыня Императрица и Великая княгиня Мария Николаевна. С запиской, заготовленной для митрополита, Мотовилов явился к наместнику лавры архимандриту Антонию, которого так любил о. Серафим и благословил на принятие назначения в Троицкую лавру. Архимандрит Антоний тут же вспомнил, что при прощании с о. Серафимом последний поклонился ему в землю со слезами и сказал: «Не оставь моих сирот Дивеевских!» Тогда он не понял этих слов, но теперь неожиданно пришло время исполнения их. Горячо любивший батюшку Серафима, о. Антоний как бы лично оскорбился за Серафимовых сирот и в тот же день выбрал час, чтобы доложить записку Н. А. Мотовилова митрополиту Филарету.

Господь помог и митрополиту Филарету доложить Его Величеству столь небывалое дело, которое он положительно затруднялся высказать, в особенности о нанесенном оскорблении ударом по лицу преосвященному Нектарию. На другой день после обедни Их Величества кушали чай в митрополичьих покоях. За главным столом сидела Царская Семья и митрополит, а в нескольких шагах, за другим столом, свита и фрейлина Ее Величества, через которую и действовали покровители лжеученика Серафимова — о. Иоасафа. Была минута, когда все замолчали за царским столом и ясно раздалась беседа свиты о батюшке о. Серафиме и Дивеевской обители. Вот к этому неожиданному слову и решился митрополит доложить Государю Императору положение дел в Дивееве и действия преосвященного Нектария.

«И Я сомневался в истине слов о. Иоасафа, — сказал Государь Император, — когда Императрица просила за него».

Его Величество выразил желание, чтобы было произведено самое строжайшее следствие.

Так Господь разрушил все вражьи замыслы в один миг, когда пришло время облегчить страдания Серафимовых сирот и восторжествовать истине.

Митрополит Филарет писал обер-прокурору Св. Синода графу А. П. Толстому из Гефсиманского скита 7 июня 1861 г. (с. 98):

«Когда Их Величества посетили меня, случилось, что упомянуты были имена блаженного старца Серафима и Дивеевского общежития, и я пред Их Величествами изъявил сожаление, что в Дивеевском общежитии есть несогласие, по случаю особенной приверженности некоторых сестер к наставлениям иеромонаха Иоасафа, тогда как большая часть полагают себя следующими первоначальным наставлениям старца Серафима, и что недавно, когда епархиальным преосвященным предложена была в начальницы общежития одна из учениц Иоасафа, тогда 40 сестер пожелали иметь ее, а 400 просили оставить им начальствующую у них доныне. Государь изволил заметить: неужели 400? Я отвечал, что всех сестер почти до 500. Есть сведение, что назначаемая в начальницы Лукерья еще не пострижена, следовательно, преосвященный должен представить о пострижении ее Святейшему Синоду, и тогда только она может быть игуменьей. Итак, вот рубеж, на котором дело может быть остановлено, чтобы рассмотреть, утвердить ли желание 40 или 400. Но чтобы не было нужды направить дело официально, думаю, ваше сиятельство могли бы с пользой и успехом предложить преосвященному Нижегородскому, что более надежды мира и благоустройства для общежития, если 40 должны будут уступить мнению 400, нежели когда было бы нужно преломлять мысли и волю 400 пред мыслями и волею 40. Благоговение к памяти старца Серафима и желание мира присным душам побудили меня написать сие вашему сиятельству. Господь да покажет вам путь умиротворения и да устроит все ко благу душ, ищущих Его верою и любовию».

Еще три года назад, а именно 12 марта 1858 года, писал митрополит графу Толстому о иеромонахе Иоасафе следующее (Мнения и отзывы митр. Филарета, т. IV, с. зо7):

«На добром основании созданное Дивеевское общежитие колеблется. Преосвященный Иеремия устранил от него известного иеромонаха Иоасафа. И преемнику его говорил я, что Иоасаф, пользуясь доверием, слишком расширил произвол своего действия и едва ли может быть далее полезен обители. Но Иоасаф подкрался к нему и получил влияние на общежитие. Против воли настоятельницы берет сестер и посылает за сбором или учиться живописи. В обители разделение: а в разделении может ли быть польза? Кажется, настоятельница, стесненная, помышляет уже о том, чтобы удалиться от своего места, чтобы не приобщаться чужим грехам. Мне представляется вопрос: не хорошо ли было бы оторвать Иоасафа от сего эксцентрического действования назначением его в другую епархию, где он, может быть, и пользу принесет? Вы, может быть, ближе к решению сего вопроса, нежели я».

27 марта 1861 года владыка Филарет, осведомленный о кознях о. Иоасафа, также писал графу А. П. Толстому (с. 41, т. 5 Мнений и отзывов митр. Филарета):

«Вы имеете попечение об общежительных монастырях, особенно имеющих доброе духовное устроение от добрых старцев. Примите слово, тем же попечением вынуждаемое.

Иеромонах Иоасаф, управлявший Дивеевским общежитием, но устраненный от сего Св. Синодом, принят в особенную доверенность преосвященного Нижегородского и вновь распоряжается Дивеевским общежитием и приготовленный на построение церкви материал обращает на восстановление скита, в котором он прежде поселил было своих родственников и который потом был упразднен. Но не это важнейший предмет заботы, а слух, по-видимому, неосновательный, что Иоасаф сделал проект перечислить Саровскую пустынь в Нижегородскую епархию и сделаться настоятелем ее. Он надеется найти для сего сильное покровительство. Но если бы сие по несчастью сделалось, то было бы сколько несправедливо, столько же и вредно. Саровская пустынь и Дивеевское общежитие находятся в расстоянии немногих верст одна от другой. Хорошо, что они в разных епархиях, у разных начальств, из которых каждый охраняет свою сторону от неправильного и могущего подвергнуться нареканиям сближения с другою. Это дело не моего ведомства; но оно касается благоустройства или нестроения монашества и епархий; и потому нужно, чтобы вы благовременно знали возникающий замысел и могли остановить его, прежде нежели он поднялся высоко, прежде нежели нашло добрые подпоры недоброе начинание».

Началось знаменитое следствие по Дивеевскому делу, которое можно назвать лишь «многострадальным временем» для обители. Блаженный старец о. Серафим перед кончиной много говорил сестрам о будущем суде, который приедет в общину, и Акулине Ивановне Малышевой, комически представляя этих судей.

«Вот, Марьюшка, — говорил старец, — ты не доживешь, а Акулинушка-то у нас и до судов доживет! Ничего, ничего не убойтесь, матушки! До судов доживешь, Акулинушка! Приедут суды к нам, станут судить, а чего судить? Ха, ха, ха! Нет ничего! Вот, Акулинушка, ты тогда мою заповедь себе и запомни, так и скажи: я глупа, я глуха, я слепа!»

Преосвященный Нектарий, видя, что из несправедливого его поступка возникает целое серьезное дело, задался целью найти обвинения против Елисаветы Алексеевны Ушаковой и для этого отправил в Дивеево протоиерея Розова для производства дознания. Такое появление благочинного о. Розова еще более возбудило страсти ослепленных духовно Иоасафовых сестер, и, разумеется, малообразованные и неразвитые эти послушницы в своих вымышленных показаниях перешли границу приличия, здравомыслия и возможности. Что должна была переиспытать дивная начальница их Елисавета Алексеевна, избранная Самой Богоматерью, предсказанная батюшкой о. Серафимом и горячо любимая всеми, кто разумел правду и держался истины, это покажут нам письма митрополита Московского Филарета к обер-прокурору Святейшего Синода графу А. П. Толстому, митрополиту Петербургскому Исидору, наместнику Троице-Сергиевой лавры архимандриту Антонию и указы Св. Синода. Не будь уже отпечатаны эти документы, долг уважения и приличия заставлял бы умолчать, до какой злобы дошли ученицы Иоасафа в своих ложных вымыслах на Елисавету Алексеевну Ушакову, но теперь летопись обязана включить и показания обвиненной, но допрошенной Иоасафовой стороны ввиду того, что письма митрополита Филарета обнародованы. Требовались ум достопамятного святителя Московского, его сердце, а главное душа, просвещенная Духом Святым, чтобы заглазно обсудить дело, прочувствовать и познать духом истину и властно положить предел козням врага человечества в месте, освященном стопами Самой Богоматери.

Владыка Филарет, митрополит Московский, писал последовательно графу А. П. Толстому и архимандриту Антонию (Мнения и отзывы митр. Филарета, т. 5, ч. 1; письма митр. Филарета арх. Антонию, ч. IV):

1) Графу Толстому om 3 июня 1861 г. (с. 75)

О происходившем в Дивееве и в Алексеевском общежитии ко мне приходят новые сведения, так же как прежние, неожиданные, которым желательно было бы не верить, но трудно не верить по достоверности источников. В Алексеевском преосвященный убеждал старших по начальнице сестер подать голос о преобразовании общежития в монастырь, внушая им, что они имеют на это право. Но они отвечали: наш голос у матушки начальницы. Убеждая их к монашеству, указывал, как вставить клин в рукава нынешней их одежды, чтобы была ряса; хвалил благолепие мантии и проч. Идучи осматривать огороды, велел 500 или 600 сестрам идти вслед за ним, говоря: зачем вам запрещают? Вот и здесь эмансипация и свобода.