Тогда один из крестьян, поднявши с земли топор, обухом так крепко ударил о. Серафима в голову, что у него изо рта и ушей хлынула кровь. Старец упал на землю и пришёл в беспамятство. Злодеи тащили его к сеням келии, по дороге яростно продолжая бить, как звероловную добычу, кто обухом, кто деревом, кто своими руками и ногами, даже поговаривали о том, не бросить ли старца в реку?.. А как увидели, что он уже был точно мёртвый, то верёвками связали ему руки и ноги и, положив в сенях, сами бросились в келию, воображая найти в ней несметные богатства. В убогом жилище они очень скоро всё перебрали, пересмотрели, разломали печь, пол разобрали, искали-искали и ничего для себя не нашли; видели только у него св. икону, да попалось несколько картофеля. Тогда совесть сильно заговорила у злодеев, в сердце их пробудилось раскаяние, что напрасно, без всякой пользы даже для себя, избили благочестивого человека; какой-то страх напал на них, и они в ужасе убежали.

Между тем, о. Серафим от жестоких смертных ударов едва мог прийти в чувство, кое-как развязал себя, поблагодарил Господа, что сподобился ради Его понести раны безвинно, помолился, чтобы Бог простил убийц и, проведши ночь в келии в страданиях, на другой день с большим трудом, однако же сам, пришёл в обитель во время самой литургии. Вид его был ужасен! Волосы на бороде и голове были смочены кровью, смяты, спутаны, покрыты пылью и сором; лице и руки избиты; вышиблено несколько зубов; уши и уста запеклись кровью; одежда измятая, окровавленная, засохла и по местам пристала к ранам. Братия, увидев его в таком положении, ужаснулась и спрашивала: что с ним такое случилось? Ни слова не отвечая, о. Серафим просил пригласить к себе настоятеля о. Исаию и монастырского духовника, которым в подробности и рассказал всё случившееся. И настоятель, и братия глубоко опечалены были страданиями старца. Таким несчастием о. Серафим вынужден был остаться в монастыре для поправления здоровья. Диавол, воздвигший злодеев, по-видимому, торжествовал теперь победу над старцем, воображая, что навсегда изгнал его из пустыни.

Первые восемь суток были для больного очень тяжки: не принимая ни пищи, ни воды, он не имел и сна от нестерпимой боли. В монастыре не надеялись, чтобы он пережил свои страдания. Настоятель, старец Исаия, на седьмой день болезни, не видя перелома к лучшему, послал в Арзамас за врачами. Освидетельствовавши старца, врачи нашли болезнь его в следующем состоянии: голова у него была проломлена, рёбра перебиты, грудь оттоптана, всё тело по разным местам покрыто смертельными ранами. Удивлялись они, как это старец мог остаться в живых после таких побоев. По старинной методе лечения врачи считали необходимым открыть кровь больному. Настоятель, зная, что больной и без того много потерял её от ран, не соглашался на эту меру, но, по настоятельному убеждению консилиума врачей, решился предложить о том о. Серафиму. Консилиум опять собрался в келии о. Серафима. Он состоял из трёх врачей; с ними было три подлекаря. В ожидании настоятеля, они опять осмотрели больного, долго на латинском языке рассуждали между собою и положили: пустить кровь, обмыть больного, к ранам приложить пластырь, а в некоторых местах употребить спирт. Согласились также насчёт того, что помощь необходимо подать как можно скорее. О. Серафим с глубокою признательностью в сердце примечал их внимательность и попечение о себе.

Когда всё это происходило, кто-то вдруг крикнул: "Отец настоятель идёт, идёт отец настоятель!" В эту минуту о. Серафим уснул; сон его был краткий, тонкий и приятный. Во сне увидел он дивное видение: подходит к нему с правой стороны постели Пресвятая Богородица в царской порфире, окружённая славою. За Нею следовали свв. Апостолы Пётр и Иоанн Богослов. Остановясь у одра, Пресвятая Дева перстом правой руки показала на больного и, обратясь Пречистым Ликом Своим в ту сторону, где стояли врачи, произнесла: "Что вы трудитесь?" Потом опять, обратясь лицом к старцу, сказала: "Сей от рода Нашего" - и кончилось видение, которого присутствующие не подозревали.

Когда вошёл настоятель, больной опять пришёл в сознание. Отец Исаия с чувством глубокой любви и участия предложил ему воспользоваться советами и помощью врачей. Но больной, после стольких забот о нём, при отчаянном состоянии здоровья своего, к удивлению всех, отвечал, что он не желает теперь пособия от людей, прося отца настоятеля предоставить жизнь его Богу и Пресвятой Богородице, Истинным и Верным Врачам душ и телес. Нечего было делать, оставили старца в покое, уважая его терпение и удивляясь силе и крепости веры. Он же от дивного посещения исполнился неизречённой радости, и сия радость небесная продолжалась часа четыре. Потом старец успокоился, вошёл в обыкновенное состояние, почувствовав облегчение от болезни; сила и крепость стали возвращаться к нему; встал он с постели, начал немного ходить по келии и вечером, в девятом часу, подкрепился пищею, вкусил немного хлеба и белой квашеной капусты. С того же дня он опять стал понемногу предаваться духовным подвигам.

Ещё в прежнее время о. Серафим, занимаясь однажды работами в лесу, при порубе дерева был придавлен им и от этого обстоятельства потерял свою природную прямоту и стройность, сделался согбенным. После нападения разбойников от побоев, ран и болезни согбенность ещё больше увеличилась. С этого времени он начал ходить, подкрепляясь топориком, мотыкою или палкою. Так, эта согбенность, это уязвление в пяту, служили всю жизнь венцом победы великого подвижника над диаволом.

Со дня болезни старец Серафим провёл в монастыре, не видя своей пустыни, около пяти месяцев. Когда здоровье возвратилось к нему, когда он почувствовал себя опять крепким к прохождению пустыннической жизни, то просил настоятеля Исаию снова отпустить его из монастыря в пустынь. Настоятель же, по внушению братии и сам, искренне жалея старца, упрашивал было его остаться навсегда в монастыре, представляя возможным повторение подобных крайне несчастных случаев. Отец Серафим отвечал, что ни во что вменяет такие нападения и готов, подражая свв. мученикам, страдавшим за имя Господне, даже до смерти перенести всякие оскорбления, какие бы ни случились. Уступая христианской неустрашимости духа и любви к пустынножительству, о. Исаия благословил желание старца, и старец Серафим снова возвратился в свою пустынную келию.

С новым поселением старца в пустыне диавол претерпел совершеннейшее поражение. Крестьяне, избившие старца, были найдены; они оказались крепостными людьми помещика Татищева, Ардатовского уезда, из села Кременок. Но о. Серафим не только простил их самих, но и упрашивал настоятеля обители не взыскивать с них, а затем такую же просьбу написал помещику. Все были до такой степени возмущены поступком этих крестьян, что казалось невозможным простить их, а о. Серафим настаивал на своём: "В противном случае, - говорил старец, - я оставлю Саровскую обитель и удалюсь в другое место". Строителю же, о. Исаии, своему духовнику, он говорил, что лучше его удалили бы из обители, нежели нанесли крестьянам какое-либо наказание. О. Серафим представил отомщение Господу Богу. Гнев Божий действительно настиг этих крестьян: в непродолжительном времени пожар истребил жилища их. Тогда они пришли сами просить у о. Серафима, со слезами раскаяния, прощения и святых его молитв.

Старец о. Исаия очень почитал и любил о. Серафима, а также дорожил его беседами; поэтому он, когда был свеж, бодр и наслаждался здоровьем, нередко сам ходил в пустынь к о. Серафиму. В 1806 году Исаия, по старости лет и от трудов, понесённых для спасения себя и братии, сделался особенно слаб здоровьем и, по собственному прошению, уволился от обязанности и звания настоятеля. Жребий занять его место в обители, по общему желанию братии, пал на о. Серафима. Вот уже второй раз старец избирается на начальственные должности по монастырям, но и на этот раз, по своему смирению и из крайней любви к пустыне, он отказался от предлагаемой почести. Тогда голосом всей братии настоятелем избран был старец Нифонт, исполнявший до того времени послушание казначея.