С первых же дней царствования Лжедмитрия I широкие народные массы стали убеждаться в жестоком обмане, в несбыточности обещаний самозванца. Вместо «справедливого царя», правящего «по своему царскому милосердному обычаю», они увидели на русском престоле иноземного ставленника. Чужеземцы, наводнившие Москву, вели себя, как в завоеванном городе.

Зимой 1605/06 года положение Лжедмитрия I, окружившего себя в Кремлевском дворце усиленной охраной из иноземцев, резко ухудшилось. Англичанин Джером Горсей писал о том времени: «Поляки — высокомерная нация, заносчивая в счастье, — стали проявлять свою власть над русским боярством, вмешивались в православную религию, нарушали законы, мучили, угнетали, грабили, опустошали сокровищницы». Не только в Москве, но и по всей стране народ открыто заговорил, что на царском престоле находится беглый монах.

Русское боярство, много натерпевшееся от царской власти во времена Ивана Грозного и Бориса Годунова, лишивших их ряда привилегий, желало видеть в Лжедмитрии I игрушку в своих руках или создать свое боярское правительство. Знать составила против самозванца заговор. Возглавили его князья Шуйские, Мстиславский, Голицыны, бояре Романов, Шереметев, Татищев. Их горячо поддержала православная церковь, обиженная крупными поборами.

Чувствуя непрочность своего положения, Лжедмитрий заигрывал с Боярской думой, стремился всячески привлечь на свою сторону служилых людей. Одной из его вынужденных мер была раздача придворных званий и должностей. В числе других и князь Дмитрий Пожарский был повышен «царским» указом: в 1606 году из стольника он стал дворецким.

8 мая Лжедмитрий I праздновал свою свадьбу с Мариной. Католичка была увенчана царской короной православного государства, и это сильно возмутило народ. Недовольство вызывало и нарушение исконных московских обычаев во время церемонии. Столица бурлила.

Восстание вспыхнуло в ночь на 17 мая. В два часа ударила в набат. Москвичи, вооруженные холодным оружием, пищалями и даже пушками, в разных концах города атаковали отряды польских панов, укрывшихся в каменных столичных дворцах. Толпа заговорщиков (до 200 вооруженных дворян во главе с Василием Шуйским и братьями Голицыными) ворвалась в Кремль. После непродолжительного сопротивления иноземцев-алебардщиков из личной охраны Лжедмитрий был убит. Через несколько дней труп его был сожжен. Московские пушкари, зарядив огромную пушку его пеплом, выстрелили им в те ворота, коими он вступил в Москву, чтобы и праха его не осталось. Только одиннадцать месяцев продержался на московском престоле чужеземный ставленник. Пленные поляки были разосланы по русским городам. Пана Мнишека и Марину отправили в Ярославль.

Спустя три дня после гибели Лжедмитрия I царем был «избран» родовитый боярин князь Василий Иванович Шуйский — организатор заговора против самозванца. Бояре, зная, как их ненавидит народ, не решились на созыв Земского собора для избрания нового царя. Они вывели Шуйского на Лобное место к «выкрикнули» его царем перед собравшимися москвичами. По личным качествам современники характеризуют его как коварного и беспринципного политика.

Таким образом, Российское государство оказалось в руках кучки знатного боярства. Простой люд, сбросивший самозванца, оказался в еще большей кабале, чем при Годунове. Начались массовые розыски крестьян, бежавших от своих бояр и помещиков, тюрьмы заполнялись «крамольниками», замелькали топоры палачей.

Против боярского царя началось широкое народное движение. В первый же месяц своего правления Шуйскому пришлось подавлять несколько попыток выступлений московских городских низов. Летом 1606 года стихийные восстания охватили весь юг страны, который будоражили слухи о «спасении доброго Дмитрия». Центром борьбы против нового царя на Северской Украине стал город Путивль. Здесь восставшие крестьяне и посадские люди избрали «большим воеводой» прибывшего к ним с отрядом запорожцев атамана Ивана Исаевича Болотникова.

Летом 1606 года Болотников во главе 10-тысячного ополчения восставших из района Путивля начал поход на Москву. Были взяты крепости Кроны и Елец, богатые арсеналы которых позволили восставшим хорошо вооружиться. Под этими городами царские войска под командованием воевод князей Воротынского и Трубецкого потерпели поражения. Умело используя ошибки царских воевод, Болотников стремительно продвигался к Москве, пополняя свое войско все новыми и новыми отрядами восставших крестьян. По пути к нему примкнули крупные отряды служилых дворян, выступавших против боярского царя Шуйского. Старший рязанский воевода Прокопий Ляпунов и младший — Григорий Сунбулов привели рязанское ополчение, стрелецкий сотник Истома Пашков — крупный отряд служилых людей.

Повстанцы так и не смогли овладеть осажденной столицей. В решающем сражении под селом Коломенское болотниковцы были разбиты царскими войсками, чему немало способствовала измена дворянских отрядов, перешедших на сторону царя Василия.

Отряды восставших собрались в Туле под защиту каменного кремля. В мае 1607 года Василий Шуйский объявил «всенародное ополчение» и собрал огромную рать, которую лично повел к Туле. Четыре месяца повстанцы успешно обороняли город. Осаждавшие не смогли взять город-крепость силой. Тогда они построили запруду на реке Упа и затопили осажденный город. Положение болотниковцев стало отчаянным.

Болотников, поверив клятвенному обещанию Шуйского не причинять вреда сдавшимся тульским сидельцам, сдал город. Однако царь не сдержал своего слова и жестоко расправился с восставшими. Ивана Болотникова отправили в ссылку в город Каргополь. Там царь Василий повелел его сначала ослепить, а затем утопить…

Дмитрий Пожарский не принимал участия в сражениях против Ивана Болотникова. Оставаясь верным Шуйскому и будучи служилым человеком, Пожарский боролся против остатков тех войск, которые пришла в столицу вместе с первым самозванцем. В те годы они еще в немалом количестве бродили в разных районах страны, занимаясь грабежами.