В 1652 году колония получила право самоуправления. 2 февраля 1653 года Новый Амстердам официально обрел статус города и был наделен муниципальными правами. В июне 1665 года этот статус, уже под новым названием, был подтвержден, что делает Нью-Йорк самым старым городом США.

В 1653 году Стайвесант для защиты от индейцев, колонистов Новой Англии и «европейских» англичан оградил северную границу Нового Амстердама мощной стеной. При ее строительстве использовался и труд африканских рабов. Созданная из дерева и земли четырехметровая стена была укреплена частоколом.

Карта Нового Амстердама, созданная в 1660 году (север справа)

Уже в английский период, в 1685 году, здесь была проложена ставшая впоследствии всемирно известной Уолл-стрит. Сама стена была разобрана в 1699 году. Считается, что Уолл-стрит получила название благодаря стене (англ.wall), хотя ряд специалистов полагают, что оно было дано в честь валлонов (англ.Walloons) – этноса исторической Голландии и современной Бельгии, представители которого внесли выдающийся вклад в создание и развитие Нового Амстердама.

22 августа 1654 года в городе появилась группа первых еврейских переселенцев – ашкенази из Амстердама, которые имели выданные Вест-Индской компанией паспорта. Вслед за ней в сентябре прибыла группа евреев-сефардов, которые бежали из Бразилии после отвоевания тамошних голландских владений португальцами. Сефарды паспортов не имели, что грозило им серьезными неприятностями. Однако общественность Нового Амстердама в этот момент наиболее ярко проявила свою религиозно-этническую толерантность. Несмотря на возражения ряда влиятельных лиц, включая губернатора Стайвесанта, сефардам в 1655 году под нажимом зарождающегося гражданского общества было предоставлено право на постоянное проживание на основании принципов «разума и справедливости». Кроме того, на протяжении XVII века в городе поселилось много испанцев, а также африканцев (причем не только рабов, но и свободных людей).

В северной части Манхаттана голландские поселенцы, которых возглавлял Хендрик де Форест, впервые обосновались в 1637 году.

Однако затем под натиском индейцев большинство их вынуждено было покинуть эти места. И лишь в 1658 году тут под руководством Петера Стайвесанта было создано постоянное поселение, которое получило название Новый Гарлем (Харлем)в честь одноименного голландского города. По инициативе Вест-Индской компании одиннадцать чернокожих работников восстановили индейскую тропу, которая вела к здешним роскошным низинным лугам; позже она превратилась в Бостонский почтовый тракт.

На территории Бронксапервое европейское поселение создал в 1639 году проживавший в Нидерландах швед, морской капитан Йонас Бронк.Он с женой и небольшой группой слуг – немцев, голландцев и датчан – обосновался на ферме на берегу Гарлем-Ривер. Другие голландские и английские поселенцы позже именовали эту местность Землей Бронка, откуда и пошло название городского района Нью-Йорка.

В 1642 году за освоение других частей территории Бронкса взялись англичане, прибывавшие сюда из соседнего Род-Айленда. Джон Трок-мортонвозглавил группу поселенцев, которая обосновалась на получившем в его честь название полуострове Трогс-Нек. Одновременно Энн Хатчинсонпоселилась на берегу реки, которой позже было дано имя женщины-первопроходца. Однако вспыхнуло восстание индейцев. Трокмортон и его спутники спаслись бегством, а Энн Хатчинсон была убита.

В 1654 году восточную часть нынешней территории Бронкса купил Томас Пеллиз Коннектикута. По его инициативе в том месте, где начинался судоходный отрезок речки Уэстчестер, шестнадцать семей переселенцев основали первую в крае деревню Уэстчестер.А в 1663 году, опять-таки по инициативе Пелла, десять семей создали поселение Истчестерна северо-востоке Бронкса.

Территорию Куинса, хотя она также входила в состав Новых Нидерландов, с самого начала, наряду с голландцами, заселяли главным образом англичане, прибывавшие сюда из Новой Англии. Первые европейские поселения в этом районе появились в 1635 году. В 1642 году возникли колонии Маспети Ньютаун(нынешний Элмхерст), в 1643-м – Флиссинген(Флашинг), в 1644 году – Фар-Рокавей(ставшая позднее частью Хэмпстеда), в 1656 году – здешняя Ямайка(Джамайка).

Территорию Бруклина, напротив, начинали осваивать преимущественно выходцы из Нидерландов. Первое голландское поселение, основанное в 1634 году, называлось Мидваут(в дальнейшем – Мидвуд). Также в 1630-е годы голландцы выкупили у ирокезов-могауков земли, на которых расположены сегодняшние Гованус, Ред-Хук, Бруклин Нейвиярд и Бушвик. Деревня Брекеленв 1646 году получила муниципальные права от голландской Вест-Инд-ской компании и таким образом стала первым поселением на территории современного штата Нью-Йорк, которое обрело статус муниципалитета, на семь лет опередив Новый Амстердам (получивший эти права третьим, после поселения-предшественника Олбани, нынешней столицы штата).

Бурной была история европейской колонизации Статен-Айленда.Первая попытка создать европейское поселение была предпринята в самом начале 1639 года. 5 января капитан Давид Питерсен Де Фриз(который впоследствии, кстати, стал одним из наиболее влиятельных общественных деятелей Нового Амстердама) сделал в судовом журнале запись о том, что им на остров Статен были посланы несколько спутников с целью основать колонию и начать строительство. Однако к 1641 году европейцы покинули эту колонию из-за цепочки конфликтов с индейцами, которая получила название «свиной войны».