Во время одной из бесед с Львом Толстым он и его расспрашивал о почвах. «Однажды, — рассказывает Докучаев, — Лев Николаевич в разговоре указал мне на существование у итальянцев переносной почвы, то есть такой, которую они переносят вместе с собой при перемене местожительства».

Он собирает все новые и новые материалы для борьбы за утверждение закона зональности. «Обратимся за разъяснением к самой природе», — любил говорить Докучаев, и снова он обращался к ней. О.н спешит. Он торопится наверстать потерянное. Он не считается с тем, что силы его уже подорваны, и работает с неменьшим напряжением, чем до болезни. Ему еще слишком много нужно успеть сделать. Он пишет Измаильскому: «Как-то, дорогой Александр Алексеевич, еще обидно записываться в дряхлые старики, все еще тянусь к работе, на простор». Этим «простором» в последние годы его деятельности был по преимуществу Кавказ.

За 1898–1900 годы Докучаев три раза путешествовал по Кавказу, производя детальные исследования почв. В это же время он посетил Бессарабию, которая была еще совершенно не изучена в почвенном отношении, провел там ряд исследований и опубликовал большую статью, в которой пришел к выводу, что «едва ли можно указать в Европейской России местность более интересную в почвенном отношении (и естественно-историческом вообще), чем Бессарабская губерния». Он пересекает Каспийское море, посещает Туркестан, Закаспийскую низменность, изучает Репетекские гипсы неподалеку от. Чарджоу — в районе, совершенно в те времена не исследованном.

Его первый маршрут 1898 года был очень интересным. Докучаев знакомится с Кавказом и Закавказьем, пересекает Каспийское море и едет в Среднюю Азию. Отсюда в Петербург были отправлены образцы почв и горных пород из окрестностей Чарджоу. Домой Докучаев возвращается Каспийским морем и Волгой. Окрепнувший и отдохнувший, ученый пишет об этой поездке Измаильскому 24 октября 1898 года: «Кавказ и Закаспийский край, с их чудной и в высшей степени оригинальной, крайне разнообразной и величественной природой, действительно резко встряхнули все мое существо и заставили отдать свое внимание и думы природе и ее тайнам». Удовлетворение работой сквозит в его словах: «Волею судеб мне удалось приподнять хотя бы ничтожный уголок завесы, скрывающей эти тайны».

Одной поездки на Кавказ Докучаеву, конечно, было мало. Нужно было ехать снова, но не одному, а с экспедицией. Необычайное разнообразие и слабая изученность природы Кавказа, а также его неисчерпаемые народнохозяйственные возможности требовали детального и всестороннего комплексного естественно-исторического изучения. Эта работа должна была стать более крупной по масштабам, чем работа нижегородской и полтавской экспедиций. Докучаев снова принялся хлопотать и ходить по инстанциям, и ему удалось добиться некоторого внимания к делу огромной научной важности: правительственные органы предложили ему составить план и смету намечаемых работ. Тщательно все взвесив, посоветовавшись с друзьями, Докучаев составил подробный план и определил стоимость всех работ, рассчитанных на ряд лет, в 200 тысяч рублей. С планом Докучаева правительственные органы согласились, но… решили выделить 2 тысячи рублей, то есть в сто раз меньше того, что требовалось по плану и смете. Это было оскорбительным пренебрежением к науке, и Докучаев с возмущением писал по этому поводу Измаильскому: «Когда-то у нас в России будет конец таким порядкам?» Изучение Кавказа Докучаев продолжал на свой страх и риск. Материальное положение Докучаева было в это время тяжелым. Выручал Докучаева Измаильский. Щепетильный в денежных делах, Докучаев при первой же возможности возвращал те небольшие суммы, которые одалживал ему Измаильский. Дружба их в эти годы еще более окрепла. Докучаев ежегодно посещал Измаильского и хоть недолгий срок, но отдыхал у него, опекаемый заботами хозяина и его жены.

Докучаев исключительно высоко ценил Измаильского, считал его крупнейшим ученым и немало содействовал присуждению Измаильскому Макарьевской премии за книгу «Влажность почвы и грунтовая вода». Измаильский скромно считал такую высокую оценку чрезмерной; он преклонялся перед научным авторитетом творца почвоведения и писал ему в одном из писем, что не смеет и просить загруженного делами Докучаева о подробной рецензии на эту книгу, «но и два слова, Вамисказанные в печати о моей работе, для этой последней будут немаловажным событием».

Докучаев с новой настойчивостью начинает бороться за создание Государственного почвенного института. Он посещает влиятельных лиц, добивается поддержки министра Ермолова, академика Карпинского и ряда других, но попрежнему не достигает цели.

Снова Докучаев пытается опереться на общественные силы. То, что удавалось обнародовать в «Трудах» и «Записках» этих обществ, отражало лишь небольшую часть выполненных исследований и разработанных проблем. Почвоведение должно было найти возможность широко популяризировать свои достижения. Если не было специального института, то нужно было завоевать, по крайней мере, трибуну, с которой можно пропагандировать новую науку, и нужно было иметь свой печатный орган. Докучаев писал докладные записки, прошения и, наконец, добился: в 1899 году вышел первый номер научного журнала «Почвоведение». Специальных научных журналов в то время было чрезвычайно мало. Даже давно завоевавшая признание ботаника не имела в России своего печатного органа. Журнал, созданный Докучаевым, был первым в мире органом почвоведов. В 1910 году на второй международной конференции почвоведов этот журнал был признан международным органом почвоведения.

Но журнал «Почвоведение» был рассчитан, в первую очередь, на специалистов, на сравнительно небольшую аудиторию. А Докучаева не оставляла мысль о необходимости пропаганды новой науки и распространения естественно-исторического образования среди широких слоев народа. Его реформаторская деятельность в Новой Александрии принесла значительную пользу, но этого было мало. Если правительство отказывает и в открытии университетских кафедр почвоведения и в расширении сельскохозяйственного образования вообще, Докучаев решил действовать самостоятельно и через голову царского правительства обратиться к обществу, к народу.

Докучаев начал кампанию за создание в Петербурге частных публичных курсов по сельскому хозяйству.

В январе 1898 года в Петербургском сельскохозяйственном музее начались лекции. Цикл из пятнадцати лекций носил название: «Основы сельского хозяйства и средства борьбы с современными сельскохозяйственными невзгодами». В этих лекциях с особой силой проявился патриотизм Докучаева и его борьба за приоритет и развитие отечественной науки. Изложив основы почвоведения и агрономии, а также последние достижения русских ученых в этих отраслях знания, Докучаев призывал своих слушателей к борьбе за овладение природой на основе изучения законов ее развития.