Пока оба творца поодиночке трудились над подготовительными картонами для фресковой росписи, Рафаэль вспомнил об обещании, данном когда-то Аталанте Бальони, и принялся работать над рисунками для задуманного произведения, соревнуясь с самим собой и с другими авторами картин на избранную им тему. Вскоре он вновь оказался в Перудже, где друзья помогли найти свободное помещение под мастерскую. Началась работа над большой картиной «Положение во гроб» (Рим, галерея Боргезе). С Перуджей у него так много было связано хорошего, а всё дурное он постарался вычеркнуть и забыть. Его феноменальная память обладала удивительным свойством предавать забвению любые болевые моменты и грустные воспоминания, кроме утраты матери. Память о ней никогда в нём не угасала.

На сей раз он объявился в Перудже совсем другим человеком, обладающим более широким кругозором и распрощавшимся с прежним багажом под воздействием взбудоражившей его Флоренции, её искусства и культуры, а главное, живописи Мазаччо, Леонардо, Микеланджело и других мастеров. Отныне его занимали проблемы выразительной пластики фигур в их движении, о чём красноречиво свидетельствует большая подготовительная работа, связанная с заказом Аталанты Бальони — единственного произведения, идею которого Рафаэль, всегда столь спорый в работе, непривычно долго вынашивал, меняя сам замысел и композицию в рисунке ради достижения наибольшей выразительности и динамики.

Для него это был своеобразный рубеж, который надлежало непременно преодолеть во имя достижения новых высот. Например, на одном его оксфордском рисунке тело Христа, снятое с креста, лежит на земле в окружении скорбящих учеников и рыдающих женщин. Сходную композицию Рафаэль мог видеть на картинах «Оплакивание Христа» Боттичелли в церкви Санта-Мария Маджоре и Перуджино в монастыре Санта-Кьяра. У них обоих все персонажи сгрудились в застывших позах вокруг тела Христа. Видимо, нечто подобное хотела увидеть и заказчица, оплакивающая гибель своих близких. Проникшийся сочувствием к горю Аталанты Бальони, Рафаэль первоначально хотел сделать повествовательно скорбную композицию со стоящими неподвижно персонажами.

Но после знакомства с искусством Микеланджело, с его могучими формами, страстью и драматизмом подобная статичность композиции уже не устраивала Рафаэля и он её изменил коренным образом, решительно перейдя от фигур, застывших в горестном созерцании снятого с креста тела Христа, к их движению и введению резких контрастов. Судя по результатам радиографического анализа, в процессе работы над самой картиной Рафаэль то и дело вносил правку в размещение фигур на плоскости, чтобы добиться большей их компактности и выразительности. Поэтому он отказался от прямоугольной вытянутости по вертикали, как у Боттичелли, или по горизонтали, как у Перуджино. У него получился почти квадрат, в котором композиция обретает характер одновременности происходящего и центростремительности движения. Здесь налицо все признаки классического стиля. Но выбор формата не представляется удачным, поскольку ни одно из направлений не выглядит первостепенным и внимание зрителя раздваивается.

Впервые обратившись к трагической теме, Рафаэль не изменил своей натуре ни на йоту. Действие на картине развёртывается в знойный летний день, никак не располагающий настроиться на грустный лад. В прозрачных далях на фоне синеющих гор проступают стены и башни замка Антоньола, принадлежавшего семейству Бальоне, и дорога, ведущая из Перуджи в городок Умбертиде, а справа возвышается залитая солнцем гора Голгофа с тремя высокими крестами казни, прислонённой лестницей к одному из них, что посредине, и двумя одинокими фигурами.

Главное для художника — запечатлеть на картине движение людей, несущих на белой погребальной простыне только что снятое с креста безжизненное тело Христа с запрокинутой головой и висящими, как плети, руками. С его мертвенно-бледным телом резко контрастируют яркие одежды остальных персонажей в красных, синих, зелёных и жёлтых тонах, столь непривычных для дня похорон, что вносит некий диссонанс в композицию.

Тело несут трое мужчин, напрягшись под тяжестью. Один из них, держащий ношу в головах, неуверенно пятится спиной, осторожно нащупывая ногой ступеньки перед входом в пещеру. На него приходится основная тяжесть, что видно по напряжению самой фигуры. Чтобы уступить место двум другим лицам на картине, он повернул голову под тем же углом, что и повернута голова Христа.

Усиливая контраст между жизнью и смертью, художник придал физиономии человека, несущего безжизненное тело, черты, схожие с чертами мёртвого Христа. Оба лица обращены к небу, взывая к состраданию. Первому, несущему тело, помогает не оступиться мужчина средних лет и крепкого телосложения. Возможно, это Иосиф Аримафейский, на чьей земле находилась пещера с гробницей. По другим версиям, им мог быть неожиданно помолодевший Никодим, автор апокрифического Евангелия. Из-за его плеча выглядывает любимый ученик юный Иоанн Богослов, устремивший взгляд на бездыханное тело Учителя. Подбежавшая к ним рыдающая Магдалина удерживает свисающую руку Спасителя.

Вопреки иконографическим канонам замыкает шествие молодой атлетического сложения широкоплечий человек, с трудом держа на весу нижнюю часть тела. Он несколько откинулся назад под тяжестью ноши, чем лишний раз подчёркивается материальность переносимого тела. По замыслу это должен быть сын заказчицы Грифонетто Бальони, один из участников недавней кровавой резни, ставший её жертвой. Хотя картина была заказана в память о нём, художник, оказавшийся очевидцем той трагедии, не проявил к жертве сострадания. Отразив порывистость натуры молодого Бальони, он придал его лицу в профиль с развевающимися на ветру волосами отталкивающе надменное выражение.