Процесс эсеров завершился 7 августа, а в ночь с 16 на 17 августа ГПУ произвело первые массовые аресты в городах России и Украины. Помимо Москвы и Петрограда, операцией были затронуты Харьков, Киев, Казань, Нижний Новгород, Одесса, Ялта. Центральным мероприятием акции стали два т. н. «философских парохода», которые в сентябре и ноябре 1922 года перевезли из Петрограда в Штеттин наиболее крупные партии высланных. Но высылались не только философы, здесь можно было составить полноценную Академию наук. В 1922―23 годах подобным образом за границей оказались представители практически всех отраслей знания: философы, историки, социологи, правоведы, экономисты, литераторы, медики, агрономы, кооператоры, профессора технических и естественных наук. Всего, вместе с членами семей — около 200 человек.

Как-то стало правилом патетически изображать эту высылку русской интеллигенции в качестве одного из самых одиозных мероприятий советского режима. Однако, как раз в этом случае следует сделать исключение, поскольку ясно, что только благодаря подобному обороту дела не были потеряны десятки талантов и обязано своим рождением не одно научное явление. «Философские пароходы» — это акт гуманизма со стороны Ленина, хотя в контексте периода высылка стала весьма символичным и закономерным событием в создании целостной системы нэпа, где подобное «усекновение главы» глупой либеральной интеллигенции имело важное значение.

Высланные за границу стали жить другими заботами, а для оставшихся в советских пределах продолжали сказываться последствия июльских решений Политбюро. Обострения в отношениях власти и интеллигенции обычно было связано с началом нового учебного года, когда после летних каникул приходила в движение академическая жизнь. В ноябре 1922 года секретарь екатеринославского горкома сообщал в ЦК о том, что «громадная» часть профессуры горного института и медакадемии ведет работу за автономию высшей школы. «Реакционная часть студенчества» (не из пролетариев) за последнее время «сбросила с себя маску лояльности к советской власти и открыто поддерживает контрреволюционную профессуру» [298] . С другого края советского континента секретарь новониколаевского губкома тогда же подтверждал: «Буржуазный элемент, главным образом "ученый мир", принял новую линию, весьма опасную, борьбы идеологической через посредство литературы, что в условиях нэпа может иметь некоторые успехи» [299] .

«Пришибленные революцией» — такое выражение по адресу интеллигенции звучит в письме на Воздвиженку секретаря екатеринославского губкома Симонова в октябре 1922 года [300] . Высшая школа оказалась почти не затронутой революцией и пронесла через годы гражданской войны академические традиции, сохранила старые уставы и старых профессоров. Профессура почти поголовно отрицательно отнеслась к реформам, которые пытался проводить советский Главпрофобр. Большевики, отвлеченные военными и хозяйственными фронтами, до поры не имели возможности полноценно заняться вопросами, связанными с высшей школой. После войны вузы начали свою работу по-старому, тем более что и состав студентов в 1920/21 учебном году не мог быть новым. Рабочие были не готовы к университетским аудиториям, а коммунистам, погруженным в политические дискуссии и организационные проблемы своей партии, было не до занятий.

Студенчество, выброшенное из аудиторий Октябрьской революцией, оказалось разбитым на две непримиримые партии: большинство пошло с белыми, незначительное меньшинство пошло на сотрудничество с новой властью. После победы красных студенты вернулись в университетские стены, но соотношение почти не изменилось — громадное большинство, «старые студенты», остались активными или пассивными противниками Советской власти и компартии, с другой стороны, имелись малочисленные комячейки и фактически изолированные от вузов рабфаки.

Сложилась уникальная ситуация. Одержало верх враждебное отношение нового, «красного студенчества» ко всей той среде, в которой они оказались и куда пришли за знаниями, что привело к неестественному порядку, который стал называться «диктатурой ячейки» и к ее фактическому управлению вузом. Это вызвало обострение борьбы между комячейкой и рабфаком, с одной стороны, и профессурой и студенчеством — с другой. Новый 1921/22 учебный год ознаменовался вливанием в студенческие ряды «пролетариев», окончивших рабфаки, следовательно, усилением комячеек и позиций Главпрофобра в системе высшего образования. В изменившихся условиях партия повела наступление на старые кадры. Была поставлена задача революционизирования высшей школы, нейтрализации и «перевоспитания» студенчества из буржуазной среды, «превращения их в действительно преданных Советской власти высококвалифицированных работников», как говорилось в резолюции одного совещания комячеек вузов [301] . Естественно, все попытки деликатного революционизирования были не более чем утопия. Рано или поздно во внутривузовские отношения должны были вмешаться чекисты.

Оживление интеллигенции вызывало ответную реакцию органов. 23 ноября ГПУ издало циркуляр своим органам по работе в вузах с тем, чтобы на каждого профессора и политически активного студента составлялась личная картотека, формуляр, куда бы систематически заносился осведомительский материал. Далее предписывалось усиление наличной или создание новой осведомительской сети (из беспартийных) в литературно-издательской среде. При заведении дел литературно-издательский мир следовало разбить на ряд групп: беллетристов, публицистов, экономистов, которые в свою очередь необходимо разбить на подгруппы. Особое внимание предлагалось уделить врачам, агрономам, юристам, союзу учителей. Осведомители должны были внедряться в верхушки обществ и союзов, пробираясь на съезды, выборные должности и т. п.

Слежка за инакомыслящей интеллигенцией дело, конечно, нужное и полезное, но окончательно овладеть высшей школой можно было только заменив старых специалистов новыми прокоммунистическими кадрами. Любой полиции здесь не справиться. Этой важной задаче была посвящена подготовка парторганов к 1923/24 учебному году. В мае 1923 года всем губкомам и областкомам поступило указание ЦК, где напоминалось о необходимости создания нового преподавательского кадра вузов, способного на деле осуществить полную реорганизацию высшей школы, согласно духу и потребностям советской республики. В этом отношении первым шагом является подбор в младшую группу научных сотрудников вузов наибольшего числа коммунистов, а также беспартийных, способных активно сотрудничать с коммунистами по преобразованию высшей школы [302] . В инструкции к циркуляру парткомам предписывалось образовать специальные комиссии для подбора и проведения подходящих кандидатур в научные сотрудники. Отсюда же ведет свое начало практика советских времен по составлению характеристик на научных работников не только с академической, но и с общественно-политической точки зрения [303] .