По словам Хафиз-и Таныша, во время правления Убайдуллы, в пору его верховной власти Мавераннахр, в особенности Бухарский вилайет, обрел красоту и блеск. Именно при нем и его преемниках политическое первенство постепенно перешло от бывшей столицы Тимура и Шейбани-хана, Самарканда, к Бухаре.

Вскоре после смерти Убайдуллы в 1539 г. государство Шибанидов в Мавераннахре распалось. Абдулла I, сын Кучкунджи-хана, правил всего шесть месяцев в 1539–1540 гг., и наступило время двоевластия: в Бухаре воцарился сын Убайдуллы — Абд ал-Азиз (1540–1550), а в Самарканде, столице Шибанидов, с правами старшего хана узбеков стал править Абд ал-Латиф (1540–1551), третий сын Кучкунджи-хана. Начались длительные междоусобные войны между шибанидскими удельными правителями.

В 1560 г. в Бухаре побывал английский купец и дипломат Антоний Дженкинсон, и вот что он пишет в своем отчете: «Бухарская страна была когда-то под властью персов, и теперь еще в ней говорят на персидском языке; однако теперь Бухара — независимое королевство, которое ведет жесточайшие религиозные войны с персами, хотя все они магометане. Одним из поводов войн между ними служит то, что персы не стригут волос на верхней губе, как это делают бухарцы и прочие татары, которые считают это поведение персов великим грехом. Поэтому они зовут персов кафарами, т. е. неверными, как они называют христиан. Бухарский король не имеет ни большого могущества, ни богатства; его доходы очень невелики; содержится он главным образом на счет города: он взимает десятую деньгу со всех предметов, продаваемых как ремесленниками, так и купцами, что ведет к обеднению всего народа, который он держит в большом подчинении, а когда у него не хватает денег, он посылает своих чиновников по купеческим лавкам забирать товары для уплаты своих долгов и насильно требует, чтобы ему оказывали кредит. Так именно он и поступил, чтобы заплатить мне некоторые деньги, которые он был мне должен за 19 кусков каразеи. Деньги у них серебряные и медные, золота вовсе нет в обращении. У них одна только серебряная монета, стоящая 12 английских пенсов; медная монета называется пуль, и 120 таких монет равны стоимости сказанных 12 пенсов; она чаще, чем серебро, служит для платежей. Цену же серебра король поднимает и снижает для своей прибыли каждый месяц, а иногда даже два раза в месяц; он не печалится об угнетении народа, так как не рассчитывает царствовать более двух или трех лет, когда его или убьют или изгонят. И все это сильно разоряет страну и купцов» ( Дженкинсон, с. 183).

Создавшейся политической ситуацией в стране выгодно воспользовался молодой энергичный и честолюбивый Абдулла II (Абдаллах), сын Искандер-султана, владетеля Кермине и Шахрисябза. В 1557 г. он захватил Бухару и там в 968/1560–1561 г. при содействии Ходжи Ислама провозгласил своего отца ханом всех узбеков Мавераннахра, чтобы править страной от его имени. В 1583 г., после смерти своего отца, Абдулла занимает ханский престол, остававшийся за ним до самой его смерти в начале 1598 г.

Все правление Абдулла-хана II прошло в борьбе за объединение отдельных уделов Шибанидов и за усиление в стране центральной власти. Особой непокорностью отличались сыновья Шибанида Барак-хана, Баба-султан и Дервиш-султан, властвовавшие более двух десятилетий в Ташкенте и степных пространствах вилайета Туркестан (Ясы). Но все же Абдулла-хану удалось объединить под своей властью владения Шибанидов в Мавераннахре, в Хорезме и Хорасане.

Ни один из последующих ханов Бухары не объединял под своей властью такого числа областей, как Абдулла II. Но сильная ханская власть и эти победы были достигнуты «морем» крови: физически истреблялись не только соперники из ханского рода, представители враждебных кочевых родов, до грудных младенцев включительно, но и население областей.

Абдулла II одновременно вел активную внешнюю политику: он поддерживал, например, сибирского хана Кучума и старался наладить дружеские отношения с правителями Османской империи. В османских источниках, в частности в «Тарих-и Саланики» Мустафы Саланики (ум. 1599), рассказывается о нескольких посольствах Абдулла-хана II к турецкому султану, подробно перечисляются подарки хана султану, описывается церемония приема послов, а также передается краткое содержание послания хана к султану ( Тарих-и Саланики, л. 163а-164а, 329а). Посольство, прибывшее в январе 1594 г. из Бухары в Стамбул, ко двору Мурада III (1574–1595), известило султана и его окружение, что Абдулла-хан захватил Хорезм, а хивинский хан Хаджжим-султан, спасая свою душу, с несколькими приближенными подался к шаху кызылбашей Аббасу (правил в Иране в 1587–1629 гг.) и нашел убежище в Казвине ( Тарих-и Саланики, л. 1636).

Последним шибанидским правителем Мавераннахра среднеазиатские источники обычно называют сына и преемника Абдуллы II, Абд ал-Мумина, который погиб в результате заговора эмиров в конце лета 1598 г. после шести месяцев правления. Этим именем заканчивают правление Шибанидов в Мавераннахре и многие современные ученые. Между тем в «Тарих-и аламара-йи Аббаси» Искандара Мунши в качестве преемника Абд ал-Мумина назван еще Пир-Мухаммад-султан, «родственник Абдуллы и царевич из рода Джанибека». Однако и его правление было недолгим; Пир-Мухаммад был побежден Баки-Мухаммадом, потомком Тукай-Тимура, сына Джучи, захвачен в плен и убит в конце 1007/июнь-июль 1599 г. Вследствие этого в известных справочниках Стэнли Лэн-Пуля и К. Э. Босворта раздел по истории Шибанидов в Мавераннахре заканчивается не на имени Абд ал-Мумина (1598 г.), а на имени Пир-Мухаммада, т. е. 1599 годом.

Вопросу о смене династии в Мавераннахре в конце XVI в. посвящена значительная литература на разных языках (В. В. Вельяминов-Зернов, Б. А. Ахмедов, A. Burton и др.). Согласно утверждению А. К. Алексеева, автора новейшего исследования, посвященного истории государства Аштарханидов, переход власти от Шибанидов к Аштарханидам имел место в 1601 г., а первым ханом новой династии стал Дин-Мухаммад-хан (правил в Бухаре в 1601–1603 гг.) [170] .

Во владениях Шибанидов Мавераннахра в основу государственной жизни были положены степные традиции, согласно которым государство считалось собственностью всей царствующей фамилии, представители которой назывались султанамии одного из своей среды как главу рода провозглашали ханом. Государство было разделено на уделы, которые находились в управлении и владении султанов и отдельных знатных беков. Самарканд считался столичным городом. Но провозглашенный государем всех узбеков Мавераннахра султан не всегда переезжал в Самарканд, а продолжал жить в своем уделе, например, в Ташкенте (Барак-хан, правил в 1551–1556 гг.) и в особенности в Бухаре (Убайдулла-хан, Абдулла-хан II).