Сбор и определение всех остатков животных из отложений палеолитических памятников в бассейне Ануя проводится с первых этапов их изучения [ Ивлева1990; Оводов, Ивлева 1990; Деревянко, Маркин 1992; Жермонпре 1993; Деревянко, Молодин 1994; Васильев, Гребнев 1994; Агаджанян 1998; 1999; Агаджанян и др. 1999; Агаджанян, Шуньков 1999; 2001; Деревянко и др. 1998; 1999 \Шуньков, Агаджанян 2000]. Весь грунт, извлекаемый при раскопках, после перебора его руками и предварительной мацерации в воде промывался на ситах с размером ячеи 1 х 1 мм. Общее количество определенных костей мелких млекопитающих составляет десятки тысяч экземпляров.

Бассейн Ануя в настоящее время представляет собой природную территорию, хорошо освоенную человеком. Вне хозяйственного использования находятся практически лишь гольцовые участки хребтов. Однако в силу специфики жизненного уклада населения Горного Алтая, эксплуатация природных ресурсов еще не привело к серьезным нарушениям биоценотической структуры региона. Это обуславливает экологическую гармонию человека и природы и сохраняет почти в первозданном виде многие природные комплексы. Район, таким образом, является идеальным полигоном для выявления индикаторных сообществ мелких млекопитающих и моделирования природной обстановки прошлого.

Животное население крупных млекопитающих представлено здесь только домашним скотом — овцами и лошадьми, а также преимущественно молочными породами коров. Склоны гор, занятые разнотравьем, эксплуатируются как пастбища, а в пологой их части — как сенокосные угодья. Умеренная эксплуатация угодий обеспечивает сохранение пастбищ, растительный покров которых мало отличается от естественных лугов. По-видимому, общий облик современной биоты открытых склонов можно считать близким к раннеголоценовому, когда основное население крупных млекопитающих составляли: лошадь Equus caballus,марал Cervus elaphus moral, первобытный зубр Bison priscus,и мелкие полорогие Ovis & Capra.

Наиболее своеобразно состояние таежного комплекса животных в бассейне Ануя. В Солонешенском районе Алтайского края РФ, на территории которого находится Денисова пещера, и в соседнем Усть-Канском районе Республики Алтай, как и по всему Северо-Западному и Центральному Алтаю, одна из ведущих отраслей сельского хозяйства — пантовое мараловодство. Сотни квадратных километров таежных склонов изъяты из обычного землепользования и находятся в ведении мараловодческих хозяйств. На этих площадях поддерживается очень строгий режим охраны животных. И хотя эти территории находятся формально в хозяйственном обороте, фактически их растительность и животное население очень близко естественным природным комплексам таежной зоны Горного Алтая. Преобладает здесь, как и на протяжении всего позднего плейстоцена и голоцена, марал Cervus elaphus maral. В настоящее время это — самый крупный и самый массовый вид травоядных алтайской тайги от долины Чарыша на западе до Абакана на востоке. Второй обычный вид бассейна Ануя — косуля Capreolus pygaigus. Он отмечен нами на склонах в лиственнично-березовых лесах у Денисовой пещеры и по долине р. Шинок, в подобных биотопах у Каминной пещеры и в лиственничных лесах по долине р. Тюмечин. Эго характерный элемент таежной зоны Горного Алтая. Третий представитель травоядных — кабарга Moschus moschiferus. Места ее обитания приурочены к выходам горных пород к скалам и каменным навесам. Из диких полорогих в современной фауне Ануя встречается лишь сибирский козел Capra sibirica. Правда в районе Денисовой пещеры и по р. Каракол он достаточно редок. Места обитания этого вида — выходы горных пород на открытых остепненных склонах, подвершинные части хребтов.

Из крупных хищников самым обычным в бассейне Ануя является волк Canis lupus.Типичный представитель таежной фауны Горного Алтая медведь Ursus arctosв бассейне Ануя достаточно редок. На территории менее освоенной в хозяйственном отношении, например, в районе Телецкого озера, этот вид в настоящее время очень обычен. Повсеместно на облесенной территории обитает барсук Meles meles.Из мелких куньих самыми обычными являются соболь Martes (Martes) zibelinaL и куница Martes (Martes) martesL. В поймах рек и на каменных россыпях живут горностай Mustela ermineaL. и ласка Mustela nivalisL. Ocтепненные участки террас с поселениями сусликов занимает хорь Mustela (Putorius) eversmanniLessoa Обычным является колонок Mustela( Kolonocus) sibiricusPallas, который был пойман нами в подземном ходе цокора.

Проведенные исследования современной фауны позволили получить картину приуроченности населения мелких млекопитающих бассейна Ануя к различным типам растительных ассоциаций. В районе работ выделяются несколько типов ассоциаций: пойменно-луговые, лугово-степные, лиственнично-березовые леса, березово-сосновые леса, кедровые леса, мохово-кустарничковые субальпийские, горно-степные петрофильные, нивальные осоково-злаковые. Их территориальное распределение связано с абсолютной высотой над уровнем моря, с положением в рельефе, склоновой экспозицией, почвенным покровом и другими факторами. Каждое из перечисленных растительных сообществ обладает некоторой внутренней структурой и единством. Кроме того, каждое из них отличается только для него характерным населением мелких млекопитающих. Выделены следующие индикаторные типы населения мелких млекопитающих:

1) сообщество полевки экономки — красной (рыжей) полевки для пойменнолуговых биотопов;

2) сообщество полевой мыши — обыкновенной полевки для лугово-степных биотопов;

3) сообщество темной полевки — красной полевки для лиственничноберезовых лесов;

4) сообщество лесной мыши — красной полевки для березово-сосновых лесов;

5) сообщество красной полевки для кедровых лесов;

6) сообщество узкочерепной полевки — красной для мохово-кустарничковых субальпийских ассоциаций;

7) сообщество скальной плоскочерепной полевки для петрофитных горностепных биотопов;

8) сообщество узкочерепной полевки для осоково-злаковых растительных ассоциаций высокогорий.

Названные сообщества отличают определенный состав и численное соотношение видов мелких млекопитающих.

Наиболее многочисленной группой в современной фауне региона являются красные (или рыжие) полевки рода Clethrionomys.Так, в окрестностях Денисовой пещеры и на прилежащих территориях бассейна Ануя доминируют рыжая (красная сибирская) полевка С. rutilusPallas. Они преобладают абсолютно, составляя 39 % пойманных зверьков, и относительно, образуя основную часть населения мелких млекопитающих в большинстве биотопов. На влажных склонах, поросших лесом, и в кедрачах эта полевка составляет до 80 % в отловах. Но даже на сухих склонах, лишенных леса, в приречных биотопах и на лугах относительное количество рыжих полевок достигает 20–30 %.