Результаты полетов трех прототипов Ju-86P полностью удовлетворили техническое управление рейхсминистерства авиации. Поэтому еще до завершения всей программы испытаний оно выдало фирме «Юнкере» заказ на переоборудование сорока Ju-86D. Одновременно один из прототипов летом 1940 г. был передан в группу Ровеля для войсковых испытаний. Он выполнил несколько разведывательных полетов над Англией на высотах 12 500– 14 020 м, и при этом англичане даже не обнаружили его.

Переделка самолетов велась в двух вариантах: Ju-86P-1 мог нести небольшую бомбовую нагрузку и использоваться как высотный бомбардировщик, a Ju-86P-2 имел три автоматические фотокамеры Rb 50/30 и был разведчиком. Соответственно их максимальный взлетный вес составлял 10 400 кг и 9500 кг.

Первые восемь машин были готовы к началу декабря 1940 г. Несколько Ju-86P-1 и Р-2 были направлены во 2-ю и 4-ю эскадрильи Aufkl.Gr.Ob.d.L. Взлетая с аэродромов в Северной Германии и Франции, они выполняли разведывательные полеты над Британскими островами, а затем в начале 1941 г. с аэродромов Будапешта и Кракова вели разведку территории Советского Союза.

Характеристики нового высотного самолета, получившего обозначение Ju-86R, вполне устраивали рейхсминистерство авиации. Однако, не желая сильно отвлекать производственные мощности фирмы «Юнкере» от выпуска основной продукции – самолетов Ju-88, оно дало согласие на переделку лишь небольшого числа самолетов. Работы начались в ноябре 1941 г., при этом Ju-86P-1 переоборудовались в Ju-86R-2, a Ju-86P-2 – в Ju-86R-1. Несколько самолетов были переданы в так называемую опытную станцию высотных полетов (VfH), которая размещалась на аэродроме Ораниенбург, и в ходе испытаний Ju-86R-1 достиг высоты 14 400 м.

Разведчики Ju-86P активно использовались и для разведки территории Советского Союза. Еще в начале 1941 г. 4-я эскадрилья Aufkl.Gr.Ob.d.L., в составе которой имелись пять высотных «Юнкерсов», выполняла такие полеты, взлетая с аэродромов Бухареста и Кракова. Советская противовоздушная оборона ничего не могла поделать с ними, так как не имела перехватчиков, способных подниматься на высоту их полета. Оставалось лишь бессильно наблюдать за безмятежно плывущими высоко в небе разведчиками и надеяться на некое благоприятное стечение обстоятельств. И вот 15 апреля судьба все же сделала подарок…

В тот день с аэродрома Кракова взлетел Ju-86R, имевший гражданский бортовой код D-APEW. Его экипаж – пилот унтер-офицер Шнец и штурман унтер-офицер Вальтер – имел задание провести аэрофотосъемку объектов в районе украинского города Житомир. Все шло как обычно. Набрав высоту, разведчик пересек советскую границу и спокойно направился на восток, к своей цели. Однако затем правый двигатель «Юнкерса» неожиданно отказал. Самолет больше не мог держаться на большой высоте, и Шнец был вынужден снизиться. Надо было срочно возвращаться обратно.

Тем временем в воздух по тревоге поднялись советские истребители, которые перехватили немецкий разведчик в районе Ровно. Теперь он летел на доступной для них высоте, и они атаковали его. Советские пилоты вывели из строя левый – единственный рабочий – двигатель «Юнкерса». Шнец совершил вынужденную посадку на брюхо, и оба летчика выбрались из самолета. На случай подобных ситуаций на каждом Ju-86P имелись заряды взрывчатки для уничтожения секретного оборудования гермокабины и фотокамер, и, перед тем как покинуть кабину, Вальтер включил их часовые механизмы. Вскоре появились сотрудники НКВД, которые арестовали немцев и сразу же увезли с места посадки. Поэтому затем ни Шнец, ни Вальтер не могли четко утверждать, произошло ли самоуничтожение самолета.

После первого беглого допроса обоих летчиков перевезли в Ровно, где в местном управлении НКВД стали «работать» с ними более обстоятельно. Первоначально немцы придерживались заранее составленной легенды – они курсанты школы летчиков-испытателей в Кракове и оказались в советском воздушном пространстве случайно, из-за неисправности приборов. Однако затем Шнец и Вальтер неожиданно поняли, что допрашивавшие их сотрудники НКВД считают, что они летели на Ju-88 и что, помимо них, на борту были еще люди, поскольку экипаж этого самолета действительно состоял из четырех человек. И это, кстати, подтверждает, что механизмы самоуничтожения разведчика все же сработали. В итоге летчики немного изменили показания и заявили, что у них в самолете были еще двое – русский и украинец, которые ранее выпрыгнули на парашютах. При этом Шнец утверждал, что один из них – русский – якобы даже прошел обучение в школе слепых полетов в Кракове.

Оба немца пробыли в тюрьме в Ровно вплоть до нападения Германии на Советский Союз. Их должны были перевезти в другую тюрьму в глубине страны, но из-за общего беспорядка, возникшего в ходе быстрого отступления советских войск, охрана попросту бросила их. Оставшись без присмотра, Шнец и Вальтер уже вскоре встретились с одной из наступающих пехотных частей вермахта. Они вернулись в свою эскадрилью и затем в Варшаве имели беседу с командиром группы оберст-лейтенантом Ровелем, пожелавшим лично узнать подробности их пребывания в СССР.

Вскоре после начала войны на Восточном фронте 4-я эскадрилья Aufkl.Gr.Ob.d.L. была отозвана в Германию и вернулась на аэродром Рангсдорф, расположенный в 20 км южнее Берлина. Снова высотные Ju-86P/R появились над советской территорией лишь год спустя.

Ровель знал, что экипаж сообщил по радио о вынужденной посадке на советской территории, но не знал, смогли ли летчики уничтожить самолет. В ожидании серьезного скандала он задумался о перспективе дальнейших полетов над СССР. Однако ответом советского руководства стал жалкий протест, заявленный германскому правительству по дипломатическим каналам. В итоге полеты не только не прекратились, а продолжились с новой силой.