В августе 1943 года была задумана операция на юге. Владимирский предложил провести высадку десанта силами флота прямо в Новороссийский порт при поддержке артиллерии с суши. После споров замысел приняли, его утвердила Ставка. План операции разрабатывали в обстановке особой секретности. Только 28 августа командующий подписал директиву начальнику высадки контр-адмиралу Г.Н. Холостякову. Предварительно проводили демонстрации у Южной Озерейки и Анапы. Моряки торпедных катеров готовились осуществить задумку Владимирского – атаковать прибрежные доты торпедами. Катерам и другим малым судам предстояло стать основными средствами высадки. Вице-адмирал, которого назначили командовать операцией, не хотел рисковать крупными кораблями и оставил эскадру Н.Е. Басистого в Поти. Операция в ночь на 9 сентября 1943 года прошла в основном по плану, однако сломить сопротивление противника не удавалось. 10 сентября Владимирский предложил высадить второй эшелон на правом фланге плацдарма, что позволило в ночь на 13 сентября прорвать гитлеровскую оборону под Новороссийском. 15 сентября город был взят, и 16 сентября Москва салютовала победителям [231] .

В первые дни октября на Черное море прибыл нарком ВМФ Н.Г. Кузнецов. Он узнал о налаженном взаимодействии фронта и флота, успешных совместных действиях по освобождению Таманского полуострова, Темрюка и планах дальнейших действий на море, в первую очередь против сил противника, эвакуирующих войска с Таманского полуострова. Кроме авиации, планировали и набеги надводными кораблями.

5 октября командующий послал лидер «Харьков», эсминцы «Беспощадный» и «Способный» для обстрела в ночь на 6 сентября портов Феодосии и Ялты, где могли собраться суда, вывозившие немецкие войска с Таманского полуострова. Уже при движении к цели отряд был обнаружен, но командир отряда капитан 2-го ранга Г.П. Негода продолжал действия по плану, ибо и раньше неприятель обнаруживал корабли в море без особых последствий. «Харьков» обстрелял Ялту. Корабли даже не дошли до цели, столкнувшись с отрядом торпедных катеров, затем – с БДБ. Негода не торопился уходить, потратил время, чтобы поднять из воды летчиков сбитого немецкого самолета. Неприятельская авиация неоднократно атаковала отряд. Сначала был поврежден «Харьков». Г.П. Негода, несмотря на приказ командующего флотом затопить «Харьков» и отходить, пытался спасти поврежденный корабль, но потерял и два остальных от ударов авиации.

Рассматривая внимательно этот случай, Владимирский обвинял себя в том, что не послал еще несколько самолетов, и за то, что назначил командиром дивизиона человека, в котором сомневался. Позднее он писал: «Этот тяжелый для нас урок есть прежде всего расплата… за боязнь принять ответственное решение, боязнь быть обвиненным в трусости, если оставлен, если утоплен корабль… Правда, на нашу психологию влияет и «бытие» – авось удастся спасти корабль, у нас их так немного» [232] .

Несмотря на тяжелый случай, адмирал защитил Негоду, который много лет после того служил на флоте. Флагман не имел привычки сваливать вину на подчиненных.

После этого случая Ставка Верховного Главнокомандования потребовала дальнейшие действия направить на обеспечение боевых действий сухопутных войск, а дальние походы кораблей проводить только с ее разрешения.

В октябре началась подготовка к высадке в Крыму. Были запланированы десанты на Еникальском полуострове и у Эльтигена. Владимирский не рассчитывал на внезапность и считал необходимым провести высадки одновременно в северной и южной частях Керченского пролива, что заставило бы противника распылить силы. Он рекомендовал провести десант не у Эльтигена, а в Камыш-Буруне, но командование фронта запланировало иначе. Когда ухудшилась погода, командующий флотом предложил отложить десант, но генерал Петров, уже доложивший в Ставку о начале операции, не решился перенести срок. В результате суда Азовской флотилии, понесшие потери в бурном море, пришлось возвращать позднее. Нарушение первоначального плана повлекло за собой неудачу операции. Удалось лишь создать плацдарм у Эльтигена, названный Огненной Землей, который на время связал значительные германские войска. Не дали успеха и частные десанты 9–10 и 22 января в Крыму [233] .

На последнем этапе эскадра флота занималась в основном перевозкой войск, грузов и артиллерийской поддержкой сухопутных войск.

Ставка была недовольна большими потерями без видимых успехов. Л.A. Владимирский еще успел проводить в освобожденный от немцев Скадовск первый эшелон торпедных катеров и сам шел с ним. На запад перебросили и часть авиации для согласованных с кораблями действий на коммуникациях Крыма с Болгарией и Румынией. Но в марте вице-адмирала вызвали в Москву. Позднее Н.Г. Кузнецов писал: «Ни Генштаб, ни Наркомат ВМФ не вносили предложения о смене командования Приморской армии и Черноморского флота… Для меня до сих пор не ясна причина освобождения от должности Л.A. Владимирского» [234] .

2 марта 1944 года постановлением Государственного Комитета Обороны Владимирского отстранили от командования флотом, 4 марта понизили в звании до контр-адмирала и назначили командующим эскадрой Краснознаменного Балтийского флота [235] . Сам Владимирский писал в начале мая будущей жене Е.С. Добронравовой: «Сознание того, что за время войны мною лично или под моим руководством проведено несколько десятков операций с успехом в большей или меньшей степени, дает мне большую моральную поддержку… Теперь меня ждут иные пути» [236] .

В апреле флагман принимал эскадру Балтийского флота. В первую очередь он побывал на каждом корабле. Большинство командиров сменилось, с осени 1941 года большая часть кораблей почти не плавала. Как только появилась возможность, началась подготовка командного состава на тральщике, затем отдельные эскадренные миноносцы ходили по Морскому каналу и кронштадтским рейдам, готовясь к весенним действиям в море. Со временем все командиры получили допуск на самостоятельное управление.

С 9 июня 1944 года линкор и крейсера от Торговой пристани открыли огонь по неприятелю. На следующий день войска начали наступление, 20 июня освободили Выборг, в сентябре – Эстонию, в ноябре – Моонзундские острова. Но командование решило не переводить флот в Таллин. Пока лед сковывал Финский залив, Владимирский исследовал возможности базирования кораблей в портах Прибалтики и Восточной Пруссии. Параллельно с планами портов он набрасывал в записных книжках наметки состава будущего флота, изучал опыт вражеских флотов и считал необходимым изучать опыт союзников [237] .

Имя Владимирского отмечали в приказах Верховного главнокомандования. В наградном листе контр-адмирала было записано: «Корабли эскадры в течение кампании 1944 года отработали задачи по боевой подготовке. При разгроме немецко-финских войск на Карельском перешейке огнем своей артиллерии способствовали продвижению частей Красной Армии» [238] .

24 апреля 1945 года Владимирского вновь произвели в вице-адмиралы. До конца 1946 года он командовал эскадрой. В декабре 1946 – январе 1947 года флагмана направили в распоряжение кадров ВМС. В январе-мае 1947 года он окончил Академические курсы офицерского состава при Военно-морской академии имени К.Е. Ворошилова. С марта 1947 по март 1948 года моряк состоял адмирал-инспектором инспекции флота Главной инспекции Вооруженных сил. Ему пришлось заниматься освоением боевого опыта и новых мест базирования флота. В 1947 году, когда обсуждалась программа кораблестроения, Владимирский выступал за строительство авианосцев. В марте-сентябре 1948 года он был начальником Военно-морских учебных заведений ВМС, в июне-сентябре также старшим морским начальником в Ленинграде [239] .