Для обороны Москвы использовали все возможные силы. Участвовали в ней и моряки. Еще в июне по запросу Генерального штаба Наркомат ВМФ начал формировать Особую артиллерийскую группу ВМФ из двух артиллерийских дивизионов с орудиями калибром 100–152 миллиметров. Они были развернуты под Вязьмой и Ржевом и погибли в октябрьских боях. 23 октября нарком ВМФ приказал образовать в подчинении командующего войсками Московской зоны обороны первый морской отдельный отряд моряков, составленный из батальона охраны Наркомата ВМФ, батальона Московского флотского экипажа, гвардейского флотского дивизиона «катюш» и дивизиона противотанковых орудий. Такие сравнительно небольшие силы имели огромное значение, ибо Г.К. Жуков рассказывал, что для прикрытия опасных направлений набирал бойцов батальонами, ротами и даже десятками [50] .

Вскоре под Москву прибыло несколько морских стрелковых бригад, укомплектованных преимущественно моряками, во главе с командирами, имевшими опыт командования на суше. Кузнецов вспоминал, что, несмотря на то что после боев и пополнения из других родов войск моряков оставалось немного, морские традиции в бригадах сохранялись. Благодаря совместным усилиям удалось остановить наступление немцев на Москву, а 5–6 декабря началось контрнаступление, в котором участвовали и морские бригады. Моряков отличало то, что они в атаке расстегивали ворот гимнастерки, чтобы были видны тельняшки.

Северный флот в 1941 году главным образом помогал сухопутным войскам защитить Мурманск. 29 июня 1941 года 19-й немецкий горнострелковый корпус вторгся с финской территории. Германское командование планировало овладеть Кировской железной дорогой, Мурманском, Полярным и всем бассейном Белого моря до Архангельска включительно, а также Карелией. Для этого были сосредоточены превосходящие силы немецких и финских войск и авиации. Участие кораблей флота в операции не предполагали. Однако 14-я армия при поддержке Северного флота не позволила гитлеровцам осуществить свои намерения [51] .

Северный флот имел 8 эсминцев, 15 подводных лодок и ни одного более крупного корабля. В ходе мобилизации его численность возросла лишь за счет вооруженных мирных судов. Тем не менее роль североморцев в обороне подступов к Мурманску оказалась значительно больше, чем роль германского флота в поддержке наступления. Моряки огнем артиллерии и высадками десантов сорвали замыслы противника.

Советское командование рассчитывало на помощь английского флота в Варангер-фьорде, по которому проходили основные коммуникации германской группировки под Мурманском. 30 июля английская авиация с авианосцев нанесла удар по Киркенесу и Петсамо, на север прибыли две подводные лодки и несколько тральщиков для обеспечения проводки конвоев. Но помощь союзники ограничили преимущественно поставками. Осенью 1941 года, после Московской конференции трех союзных держав, началось движение конвоев по Баренцеву морю в незамерзающий Мурманск. Путь этот пролегал в зоне действий германских подводных лодок и авиации, действовавших с баз в Норвегии. Требовалось организовать обеспечение безопасности перевозок. Потому в октябре 1941 года Кузнецова вызвал Сталин и поручил спешно отправиться на Северный флот, чтобы выяснить, все ли подготовлено для встречи конвоев. Нарком выехал в Архангельск, где с А.Г. Головко обсудил, какие силы выделить для обеспечения проводки конвоев и каков должен быть порядок взаимодействия с англичанами, как в осенне-зимнее время использовать Архангельский порт. В этот период неприятель еще не организовал борьбы с конвоями, и транспорты осенними ночами прибывали к цели почти без потерь.

Если другие флоты только оборонялись, Черноморский флот и Дунайская флотилия в начале войны даже переходили в наступление. Первоначально флот действовал традиционно. Входы в базы прикрыли минными заграждениями. Подводные лодки вышли на патрулирование к неприятельским берегам. Морская авиация наносила удары по объектам в Румынии. Основными целями стали нефтяные месторождения в Плоешти и порт Констанца, через который вывозили нефть в Германию. Обстрел Констанцы осуществили и надводные корабли. Дунайская флотилия, отразив нападение, сама высадила десант на румынский берег. Командование ожидало от неприятеля высадки крупного воздушного десанта в Крыму по образцу захвата Крита. И действительно, Гитлер в приказе от 21 августа объявил одной из важнейших целей наступления на юге захват Крыма с его аэродромами. Однако задачу эту решали силами сухопутных войск.

Первые недели, пока неприятельские войска двигались сравнительно далеко, основными оставались традиционные вопросы. Подрыв на магнитных минах эсминца «Быстрый» и других судов вызвал необходимость изучить устройство этих мин и найти средства для борьбы с ними. Сотрудничество моряков с учеными позволило разработать магнитные тралы, а также ввести систему размагничивания для боевых кораблей.

22 июня 1941 года нарком ВМФ Кузнецов предписал ставить минные заграждения перед черноморскими портами. Это требование вытекало из того, что в Москве опасались появления на Черном море итальянского флота или нападений румынских и германских кораблей с целью выставить мины на подступах к портам. Мины, выставленные за июнь – июль, стали причиной затруднения для отечественного судоходства, на них погибло несколько кораблей и судов.

Сам Кузнецов считал, что потери на своих минных полях происходили из-за плохой организации переходов судов и слабой подготовки лоцманов [52] . В одной из книг своих мемуаров он писал, отвечая тем, кто критиковал минные постановки у черноморских портов при отсутствии опасности от неприятельских флотов:

«Бесспорно одно: минировать нужно продуманно. Следует помнить, что мины – угроза не только противнику, но и своим кораблям, что рано или поздно их придется тралить, что штормы срывают их и тогда они носятся по воле волн.

Я и теперь придерживаюсь мнения, что с оперативной точки зрения постановка оборонительных минных заграждений около своих баз не только на Черном море, но и на Дальнем Востоке была правильной. По идее своей минные поля не могут представлять сколько-нибудь серьезной опасности для плавания и в то же время дают почти полную гарантию командованию от появления в этих местах ночью или в тумане кораблей противника… Постановка минных полей, конечно, требовала ходить строго по фарватерам.

Считать применение такого мощного оборонительного оружия, как мины, неправильным лишь из-за того, что с ним прибавилось забот, – значило бы признавать свое неумение обращаться с ним» [53] .