19 июня 1992 года в Москве Абрамович был заключен под стражу по подозрению в совершении хищения с помощью подложных документов 55 вагонов с дизельным топливом с Ухтинского нефтеперерабатывающего завода на сумму 3,8 млн рублей. Как сообщала ухтинская газета «НЭС+С», «в феврале 1992 года из Ухты в Москву прибыл железнодорожный состав с 55 цистернами (3,5 тыс. тонн дизельного топлива). Через несколько дней состав двинулся в Калининградскую область, но по пути бесследно исчез. Как позже выяснилось, он отправился в Латвию. Горючее было отправлено с Ухтинского НПЗ, а получателем вместо сыктывкарской фирмы “АВЭКС-Коми” оказалось московское предприятие “АВК”, генеральным директором которого был Роман Абрамович.

Когда расследование было уже фактически закончено, неожиданно возник директор совместного латвийско-американского предприятия Чиковани. Это предприятие проплатило Ухтинскому НПЗ 3 млн 800 тыс. рублей за 55 цистерн с горючим. Оказалось, что у фирмы “АВЭКС-Коми” существовал с латвийским предприятием договор на поставку нефтепродуктов, причем срок оплаты был определен до 31 декабря 1992 года, хотя первоначально “АВЭКС-Коми” вообще не хотело признавать договор с НПЗ. Таким образом, никакого ущерба государству нет, а значит, нет и виновных: 1 декабря 1992 года уголовное дело было закрыто за отсутствием состава преступления, и подозреваемый вышел на волю».

В 1993 году бизнесмен продолжил коммерческую деятельность теперь уже своей новой фирмы «Меконг». Он, в частности, занимался продажей нефти из сибирского Ноябрьска. Затем Роман учреждал многие фирмы-однодневки для «прихватизации» предприятий металлургии и нефтепереработки, скупая их за бесценок.

На паях с Борисом Березовским Романом Абрамовичем были созданы офшорная фирма Runicom Ltd, зарегистрированная в Гибралтаре, и пять ее дочерних предприятий в Западной Европе. В 1993–1996 годах Роман Аркадьевич возглавлял Московское представительство компании Runicom S.A. (Швейцария).

В 1995 году, в канун новых выборов президента России, Березовский подсказал Ельцину, где взять дополнительные деньги для предвыборной кампании – из «черного золота» Сибири. 24 августа 1995 года вышел указ президента о «создании АООТ “Сибирская нефтяная компания”». Она возникла в обход утвержденной государством структуры нефтяной отрасли. Контроль за «Сибнефтью» был отдан в руки Абрамовича. В июне 1996 года он вошел в состав совета директоров АО «Ноябрьскнефтегаз» (одна из компаний, входящих в «Сибнефть»), а также стал главой московского представительства «Сибнефти».

Поставив себе целью завладеть всей компанией, Абрамович и его компаньоны использовали испытанный способ «залогового аукциона». Три конкурса по продаже акций «Сибнефти» были проведены с нарушением действующего законодательства. Члены конкурсной комиссии, представлявшие интересы государства, явно действовали в пользу участников конкурса – фирм, контролируемых Абрамовичем, Березовским и Смоленским.

Приватизация «Сибнефти» была признана Счетной палатой неэффективной (государство при продаже акций потеряло 18,6 трлн рублей) и нецелесообразной, поскольку доходы от продажи всего в 1,7 раза превышали прибыль головной компании ОАО «Сибнефть». Иными словами, компания досталась новым хозяевам в 25 раз дешевле, чем она стоила. Но никто наказания не понес, и никаких решений по поводу пересмотра итогов приватизации после проверки принято не было.

Как мы помним, в 1993 году Абрамович стал руководителем московского филиала швейцарской фирмы Runicom S.A. Через нее в 1997–1998 годах он увел из государства почти 20 млн долларов российских налогов. В этой же авантюре принял активное участие Леонид Дьяченко, зять Бориса Ельцина, ведь мошенническая транспортировка нефти шла через его компании «Белка Трейдинг» и «Ист-Ост Петролеум Компани». По мнению экспертов, в том числе и участников слушаний Конгресса США по делу о «Бэнк оф Нью-Йорк», два банковских счета Дьяченко на сумму 2 млн 700 тыс. долларов в филиале этого банка на Каймановых островах пополнялись именно за счет махинаций с российской нефтью через «Сибнефть».

Как видно из вышесказанного, в ходе своей коммерческой деятельности Абрамович неоднократно шел на нарушение закона и попадал в поле зрения правоохранительных органов, но ему все сходило с рук. Не зря же к наиболее узкому кругу общения Романа причисляли дочь Бориса Ельцина Татьяну Дьяченко и бывшего руководителя администрации президента России Валентина Юмашева. В связи с «семьей» имя Абрамовича часто упоминали наряду с другим теневым финансистом Кремля Александром Мамутом.

Об этой «тайной» жизни нефтяного магната стало широко известно после скандальной отставки главного президентского охранника Коржакова. Последний, в частности, признал тот факт, что Абрамович является казначеем семьи Ельциных и, соответственно, самым главным олигархом России. Из источников, близких к Коржакову, стало известно, что практически вся документация о противоправной деятельности Романа Аркадьевича по указанию Ельцина была изъята из Счетной палаты, ФСБ, МВД и прокуратуры, а накануне увольнения Коржакова была им своевременно вывезена из Кремля и надежно спрятана. Комментируя эти слухи, Абрамович ответил: «Это не так, я лично не знаю Бориса Николаевича и вообще не уверен, что он знает о моем существовании».

По сведениям вездесущих журналистов, Роман влиял на расстановку людей в российском правительстве. Например, именно с подачи Абрамовича и Березовского пост первого вице-премьера занял бывший министр путей сообщения Н. Аксененко. Примечательно, что Абрамович и Аксененко были уже давно партнерами, дружба их началась с махинаций и злоупотреблений при организации железнодорожных перевозок продукции «Сибнефти».

19 декабря 1999 года Роман Аркадьевич был избран депутатом Госдумы РФ третьего созыва по Чукотскому одномандатному избирательному округу № 223 и приобрел депутатскую неприкосновенность. Спустя год, 24 декабря 2000 года, он стал губернатором Чукотского автономного округа.