Капитан-лейтенант Ю. Ф. Лисянский закупил в Лондоне многое необходимое для дальнего плавания. Так, по словам И. Ф. Крузенштерна, им приобретены были лучшие противоцинготные средства, приготовляемые там: «похлебочный, солодовый и еловый экстракты, сушеные дрожжи и горчица; сверх того, лучшие лекарства, купленные по доставленной ему в Англию росписи, сделанной корабля моего доктором Еспенбергом» [3, с 49].

В январе 1803 г. И. Ф. Крузенштерн из Ревеля прибыл в столицу Петербург, чтобы лично руководить приготовлением экспедиции к убытию в плавание. Стало известно, что с экспедицией отправится посольство в Японию, которое возглавил действительный статский советник Николай Петрович Резанов, для организации торговых сношений России с Японией (тот самый Н. П. Резанов, который стал широко известен в нашей стране в последние десятилетия XX в. как романтический герой мюзикла «Юнона» и «Авось»). Но посещение японского порта Нагасаки (единственного порта в то время, куда японские власти допускали заход иностранных судов) и пребывание в нем во время переговоров задержит возвращение судов на целый год, через что торговые выгоды РАК, которая обладала монопольным правом на торговлю в тихоокеанском регионе, несколько пострадают. Поэтому император Александр, чтобы возместить компании убытки, принял один корабль на свое полное содержание с предоставлением притом компании права нагрузить это судно своими товарами.

Исходя из этого, суда должны были разлучиться на Гавайских островах, откуда «Надежда» должна была идти с посольством в Японию, а «Нева» — идти прямо к берегам Русской Америки. А затем оба судна должны были загрузиться товарами компании и идти в Кантон, а оттуда в Россию. Для императора Японии и его вельмож готовились богатые подарки. Для того чтобы более надеяться на хороший прием в Нагасаки, вызвали из Иркутска японцев, которые после кораблекрушения японского судна в 1793 г. у Алеутских островов были спасены и находились там с 1797 г. Причем вызвали только тех из них, кто не принял христианства и желал возвратиться на родину. Чтобы придать посольству больше блеска, позволили посланнику взять с собой несколько молодых особ в качестве кавалеров посольства.

Офицеров и матросов для экипажа «Надежды» Иван Федорович подбирал сам. Старшим офицером, или первым лейтенантом, он избрал Макара Ивановича Ратманова. Он служил в чине лейтенанта до этого 13 лет, из которых 10 лет сам был командиром небольшого военного корабля. В войне против французов за отличную храбрость и деятельность его наградили орденом Св. Анны 2-й степени, во время кругосветной экспедиции он был произведен в капитан-лейтенанты.

Затем в состав команды «Надежды» входили три лейтенанта: Федор Ромберг (служил в 1801 г. под начальством Крузенштерна на фрегате «Нарва»), Петр Головачев, Ермолай Левенштерн. Последний, служивший прежде 6 лет в Англии и Средиземном море под начальством адмиралов Ханыкова, Ушакова и Карпова, по окончании военных действий вышел в отставку и отправился во Францию для вступления там в службу. Услышав о планируемом в России кругосветном путешествии, поспешил туда обратно, и в Берлине нашел уже отправленное к нему Иваном Федоровичем приглашение.

Затем в состав команды был приглашен мичман Фаддей Беллинсгаузен, которого Крузенштерн избрал, так же, как и лейтенанта Головачева, по хорошим отзывам начальников. Во время экспедиции Беллинсгаузен был произведен в лейтенанты.

В состав команды вошли штурман Филипп Каменщиков и подштурман Василий Сполохов, артиллерии сержант Алексей Раевский (произведен во время путешествия в офицеры), кадеты сухопутного кадетского корпуса Отто и Мориц Коцебу. Их отец, известный писатель и дипломат, обратился к императору с просьбой разрешить обоим сыновьям участвовать в плавании на корабле, которым командовал Крузенштерн, чтобы они в дальнейшем стали отличными морскими офицерами. Об одном из них — Отто Евстафьевиче Коцебу, за свою жизнь трижды обогнувшем на русских кораблях земной шар, — будет рассказано более подробно позже.

В составе экипажа «Надежды» было 46 старшин, матросов и судовых специалистов (плотников, парусников, конопатчиков, бомбардиров, слесарей и др.) и двое денщиков, все добровольно пожелавшие идти в кругосветное плавание. Крузенштерну советовали включить в состав команды часть иностранных матросов, но он отказался от этого. Он вспоминал: «Я, зная преимущественные свойства российских [матросов], коих даже и английским предпочитаю, совету сему последовать не согласился» [3, с. 54].

Крузенштерн пригласил на «Надежду» в качестве судового врача доктора медицины Карла Еспенберга, помощником врача был Иван Сидгам. Свита посла камергера Н. П. Резанова, следовавшая с ним на «Надежде», состояла из свиты его императорского величества майора Ермолая Фридерици, гвардии поручика графа Федора Толстого, надворного советника Федора Фосса, живописца Степана Курляндцева, доктора медицины и ботаники Бринкина, приказчика РАК Федора Шемелина.

Экипаж «Невы» возглавил капитан-лейтенант Юрий Федорович Лисянский. Командный состав включал лейтенантов Павла Арбузова и Петра Повалишина, мичманов Федора Коведяева и Василия Берха, штурмана Даниила Калинина В качестве судового врача пригласили Морица Лабанда Команда состояла из 45 старшин, матросов и судовых специалистов. На «Неве» следовал второй приказчик РАК Коробицын.

Решено было взять в состав экспедиции несколько ученых, во-первых, астронома. Среди них выразил желание отправиться в экспедицию швейцарец Иоганн Каспар Горнер, рекомендованный знаменитым австрийским ученым Ф. К. Цахом. О таком же горячем желании участвовать в экспедиции заявили естествоиспытатель, ботаник, зоолог, врач, впоследствии член Петербургской Академии наук Вильгельм-Теофиль Тилезиус фон Тиленау и натуралист и этнограф, доктор медицины барон Георг-Генрих фон Аангсдорф. Академиками Петербургской Академии наук В. М. Севергиным, А. Ф. Севастьяновым и Т. А. Смоловским были составлены научная программа наблюдений «в трех царствах природы», т. е. инструкции по проведению в экспедиции наблюдений по геологии, ботанике, зоологии и физической географии, а академику П. Б. Иноходцеву еще ранее поручили стать наставником И. Ф. Крузенштерна в части «практической астрономии».

На обоих кораблях, кроме Горнера, Тилезиуса, Лангсдорфа и Лабанда, в кругосветном путешествии ни одного иностранца не было.

Подготовка экспедиции была проведена весьма тщательно. Корабли снабдили самыми современными астрономическими и навигационными приборами, в частности хронометрами и секстанами. Сравнительно незадолго до отправления кораблей в экспедицию был разработан способ определения долготы по угловым расстояниям Луны от Солнца (иначе — «способ лунных расстояний»). Это значительно облегчало определение широт и долгот в море. И, как убедимся в дальнейшем, и на «Надежде» и на «Неве» в плавании старались как можно чаще определять координаты местонахождения корабля, а также береговых объектов.

Принятая на корабли провизия была в основном самая лучшая. Приготовленные в Петербурге белые сухари не повредились через целых два года Солонина была взята петербургская и гамбургская. Первая оказалась отменной доброты, так что за время путешествия не повредилась нисколько. Это был первый опыт приготовления мяса к долговременному хранению, посолив его российской солью. Оно осталось неповрежденным через три года пребывания на корабле, в том числе и в тропиках. Иван Федорович специально отметил это в своем описании плавания: «Признательность требует, чтобы имя приготовлявшего оное было известно. Это был Обломков, санкт-петербургский купец третьей гильдии» [3, с 51].