Короля Иакова ныне помнят прежде всего по Библии его имени, иначе авторизованной версии, впервые напечатанной в 1611 году. При этом Иаков, будучи католиком, преследовал пресвитериан, которых в стране становилось все больше. Его сын Карл конфисковал в пользу короны всю церковную собственность и намеревался объединить все конгрегации страны в единое целое, по англиканской модели. В 1637 году увидела свет «Книга общей молитвы» — требник, по которому отныне надлежало молиться единообразно. В Шотландии вспыхнули беспорядки, которые обернулись принятием Национального ковенанта, под которым поставили подписи многие сановники, представители духовенства и богатые горожане. Позднее ковенант разошелся по всей стране и был подписан едва ли не в каждой деревне.

Вскоре в Англии началась гражданская война, а в Шотландии лорд Монтроз подавлял восстание ковенантеров. События тех лет подробно и красочно описаны в таких романах «Певца Шотландии» Вальтера Скотта, как «Легенда о Монтрозе», «Пуритане» и «Эдинбургская темница».

В 1649 году короля Карла обезглавили в Лондоне по решению парламента. При всей нелюбви шотландцев к Карлу это событие возмутило страну: английский парламент принял решение самостоятельно, даже не известив своих шотландских коллег, а ведь Карл был королем не только Англии, но и Шотландии. Именно это возмущение в скором времени обернулось восстанием якобитов.

Карлу как королю Шотландии наследовал его сын Карл И. При этом на несколько лет в Шотландии установилось правление Оливера Кромвеля, лорда-протектора Англии, причем признать его были вынуждены даже хайлендеры, а Карл оставался королем в изгнании. В 1653 году Шотландия и Ирландия вместе с Англией официально вошли в состав Содружества. Семь лет спустя Карл вернул себе трон; пресвитерианство оказалось под запретом, как и гэльский язык, а ковенантеров разрешили убивать без суда и следствия. В 1685 году, после смерти Карла, королем стал Иаков II, он же Джеймс VII.

Новый король безжалостно подавил восстания Монмута в Англии и лорда Аргайла в Шотландии, а также, будучи ревностным католиком, намеревался назначить на все сколько-нибудь значимые должности в королевстве людей неангликанского вероисповедания и установить абсолютную католическую монархию. Достаточно долго это терпели, рассчитывая, что после смерти Иакова на трон взойдет его дочь, верная протестантизму, но когда у короля родился сын, был устроен заговор, и Иакову пришлось бежать во Францию, а опустевший престол занял приглашенный из Голландии принц Вильгельм Оранский, муж дочери свергнутого короля.

И вновь шотландцы ощутили себя оскорбленными, поскольку англичане снова лишили их короля. В Шотландии оказалось немало сторонников свергнутого монарха, которых стали называть якобитами. Воодушевленные письмами бывшего короля к народу, они сплотились вокруг виконта Данди, возглавившего армию, почти целиком состоявшую из горцев. В 1689 году при деревне Килликрэнки горцы сошлись в битве с правительственными войсками. Данди погиб от случайной пули (существует версия, что он был застрелен своими же солдатами, отомстившими ему таким образом за гонения на ковенантеров), и его отряды рассеялись.

В 1707 году между Англией и Шотландией была подписана уния, по которой шотландский парламент распускался; отныне все решения принимал парламент Соединенного Королевства. Тем временем сын Иакова II Джеймс Фрэнсис Стюарт, рождение которого привело к заговору против его отца, укрывался во Франции, причем Франция, Испания и папский престол в пику Англии признавали его законным наследником трона. Старший Претендент (такое прозвище он получил позднее) при поддержке французов в 1708 году отплыл к берегам Шотландии с крупным флотом, но из-за погодных условий был вынужден вернуться обратно, а смерть короля Франции Людовика XV лишила его помощи французского двора. Тем не менее в 1715 году в самой Шотландии вспыхнуло восстание за возвращение «Джеймса VIII»; якобиты сразились с силами правительства при Шериффмуре, и ни одной из сторон не удалось одержать победу. В скором времени в Шотландию приплыл сам Старший Претендент, однако ему быстро стало ясно, что дело проиграно, и он поспешно бежал обратно на континент. (Следует упомянуть, что к якобитам примкнул и знаменитый Роб Рой Макгрегор, которого еще называют «шотландским Робин Гудом».)

Черту под якобитским движением подвело восстание 1745 года. Знаменем этого восстания был сын Старшего Претендента Чарльз Эдуард Стюарт, известный также как Молодой (или Младший) Претендент и Красавец принц Чарли, а на трон собиравшийся взойти под именем Карла III. В июле 1745 года он высадился в Шотландии, сумел заручиться поддержкой кланов и повел горцев на Эдинбург. После взятия столицы армия принца разгромила правительственные войска при Престонпэнсе — необходимо отметить, что значительную часть этих войск составляли жители Лоуленда и Пограничья, то есть не англичане воевали с шотландцами, а шотландцы бились между собой — и двинулась к Лондону. Когда же до Лондона оставался всего один переход, вожди кланов заявили, что устали воевать и хотят вернуться в горы; тем временем с континента возвратилась английская армия, принимавшая участие в войне за австрийское наследство, и «стратегическое отступление» превратилось в повальное бегство. В апреле 1746 года горцы были сметены огнем артиллерии на Куллоденском поле, и принц, посчитав, что его предали, бежал — сначала на остров Скай, а затем в Рим. Битва при Куллодене, последнее сражение на территории острова Великобритания, завершилась полным фиаско.

После победы правительство приступило к «зачистке» Хайленда, этого постоянного источника недовольства и смут. В результате карательных операций горцев разоружили, кланы оказались под запретом, вне закона объявили как ношение традиционного костюма, так и употребление гэльского языка. Хайлендеров изгоняли из родовых гнезд и вынуждали переселяться на равнины. К концу XVIII столетия Хайленд опустел, а Шотландия вступила в новый этап своей истории — уже как неотъемлемая и «цивилизованная» часть Соединенного Королевства.