В 1956 году Ивашутин становится уже первым заместителем председателя Комитета, а Серова в 1958 году направляют в армию — начальником ГРУ Генштаба. Председателем КГБ на заседании Президиума ЦК КПСС в декабре 1958 года назначается в прошлом комсомольский работник Александр Николаевич Шелепин. Говорят ветераны, что он не хотел идти на должность руководителя КГБ, всячески отказывался от такого «чекистского доверия». Кстати, с началом Великой Отечественной войны он занимался отбором комсомольцев для заброски в немецкий тыл. В их числе была легендарная Зоя Космодемьянская — Таня.

Серов прослужил в ГРУ до 1963 года, когда был отстранен от должности в связи с разоблачением шпиона Пеньковского. После своего смещения он находился некоторое время в тени. Его имя выпало из обоймы упоминаемых в советской печати руководителей отраслевых ведомств. Итак, бывшего шефа Ивашутина в КГБ генерала армии И. А. Серова не только сняли 2 февраля 1963 года с должности, но и понизили в воинском звании. Генерал-майором он стал уже через несколько дней — 7 марта. А 12 марта его лишили всех государственных наград, в том числе и Золотой Звезды Героя Советского Союза по стандартной в такой ситуации тех дней формулировке «…за притупление политической бдительности».

Пострадали и другие должностные лица, отвечавшие за работу с кадрами. Уволены были первый заместитель начальника ГРУ генерал А. Рогов и начальник управления кадров генерал А. Смоликов, которые являлись исполнителями изъятия компрометирующих материалов из личного дела Пеньковского.

Из Москвы Серову тоже пришлось выехать, — он был назначен на должность помощника командующего Туркестанским военным округом по учебным заведениям. Через два года опальный генерал был уволен из Вооруженных сил по состоянию здоровья.

Кроме этого, выяснилось, что именно Серов оказал содействие Пеньковскому вторично устроиться на службу в военную разведку. Более того, жена и дочь Серова при их посещении английской столицы постоянно находились под опекой уже шпиона Пеньковского и пользовались его услугами и… услугами английской разведки. Некоторые суммы денег на подарки, приобретаемые в магазинах Лондона, и угощения шефа и его семейства шпиону выдавала все та же английская разведка.

Такого пассажа с руководителем советских органов госбезопасности еще не было. Именно этим объясняется жесткая реакция на эту не придуманную историю в отношении Серова главы государства, отправившего генерала в Туркестанский военный округ. Провал с Пеньковским был ударом не только по ГРУ, но и по престижу самого Первого секретаря ЦК КПСС.

Вопрос об отношении к сталинской модели внутренней политики и судьбе ее жертв встал перед наследниками вождя сразу после его кончины. Восхваление Сталина, начиная с лета 1953 года, пошло постепенно на убыль, но все-таки инерция была.

Однако была еще одна проблема для нового старого руководства, — что делать с сотнями тысяч репрессированных в сталинские годы и содержавшихся в лагерях ГУЛАГа. Всем было понятно, в том числе и новым руководителям, что эти люди в большинстве случаев невиновны.

Но отпускать такую массу сразу было страшновато — могли всплыть неприятные вопросы. Кто ответственен за эти репрессии? Один только Сталин? А куда смотрело правительство? Какая вина самих членов «коллективного руководства»?

Более того, существовали опасность и угроза подрыва веры народа в партию и социализм. Поэтому вплоть до 1956 года процесс реабилитации был весьма незначительный. Освобождали лишь тех, кто был явно незаконно осужденным.

С 14 по 25 февраля 1956 года проходил XX съезд партии. В выступлениях Хрущева и других политических деятелей констатировалась виновность в нарушениях социалистической законности — репрессии, «дело врачей», «Ленинградское дело», «дело еврейского антифашистского комитета» и других делах — «банды Берии и его сообщников», а также бывшего министра госбезопасности Абакумова.

Утверждалось, что «банда Берия — Абакумова» втерлась в доверие к Сталину, клеветала на честных коммунистов и будто ни Сталин, ни члены Политбюро не представляли масштабов происходивших нарушений социалистической законности.

Но этого Хрущеву показалось мало, он желал снискать лавры «освободителя» и в ночь с 24 на 25 февраля 1956 года после официального закрытия съезда выступил с секретным докладом «О культе личности и его последствиях».

В докладе обвинил Сталина в принятии единоличных решений. Они, мол, не имели понятия, что делается наверху, а в результате пострадали Коммунистическая партия и руководство РККА. Оценки Хрущева были пристрастны, факты часто не проверены, и все же доклад отличался неожиданностью открытий всякого рода потрясений.