Позже в пределах ордена возник еще класс так называемых донатов или конфратов; они вели благочестивый образ жизни, но оставались мирянами, хотя и приносили орденскую клятву. Они принадлежали к одному разряду со служащими братьями, заведовали убежищами ордена и, в отличие от настоящих братьев, носили крест без верхней перекладины.

Когда число желающих вступить в орден чрезмерно увеличивалось, членов пришлось разделить по национальности и по языку. Возникли национальные округи: Провансальский, Овернский, Французский, Итальянский, Арагонский, Английский, Немецкий. Позже (в 1464 г.) прибавился еще Кастильский округ.

Национальные округи были разделены на великие приораты, приораты и баллеи; приораты разделялись на комменды, а последние — на комменды правосудия, милости, рыцарства и духовенства.

Подобно тому как некогда Маккавеи сражались с врагами Господа Бога, так все орденские братья обязаны были сражаться с магометанами. Далее, они должны были оставаться всегда защитниками добродетели и справедливости, помогать вдовам и сиротам, с нежной заботливостью ухаживать за больными, принятыми на попечение ордена, вести благочестивый, трезвый, простой образ жизни. Они никогда не должны были снимать орденской одежды — черного плаща, на котором слева был прикреплен восьмиконечный крест из белого полотна. Восемь концов его означали восемь блаженств, к которым приобщаются братья, свято исполнившие свой долг. Желавший вступить в члены ордена не должен был иметь каких-либо телесных недостатков, и на жизни его не должно было лежать никакого пятна; он должен принадлежать к христианскому и дворянскому роду и уметь доказать свое дворянское происхождение в восьми поколениях.

Церемониал, которым сопровождался прием братьев в орден, вручение креста, выбор главы ордена, заседание главного капитула и посвящение в рыцари были весьма сложны. Так, например, новые члены должны были трижды поднять кверху меч, как бы угрожая неверующим; им надевали пояс, в знак целомудрия, а затем выдавали золотые шпоры не только как принадлежность рыцарского звания, но и как символ того, что они презирают суетные богатства мира и мечут золото к ногам своим и т. д.

Благодаря благочестивым дарам, приношениям и счастливым завоеваниям, орден очень рано приобрел обширные владения и привлек к себе многочисленных последователей. Так, госпиталь бедных братьев владел обширными доходными землям, орденскими зданиями, странноприимными убежищами и необходимыми хозяйственными постройками почти во всех более значительных местностях страны, располагал тысячами обязанных ленной службой дворян, горожан, занимавшихся промышленностью и торговлей, сирийских и франкских поселян, христиан и магометан.

Сочетание военных обязанностей и политической деятельности, имевшее серьезное значение, постепенно отвлекло орден от его первоначального назначения и погрузило в водоворот мирских интересов и дел. Это привлекло к постепенному отчуждению ордена от церкви. И уже в XIII в. часто раздавались жалобы на то, что деятельность иоаннитов в области призрения больных и бедных ничтожна в сравнении с их военным могуществом. Их обвинили даже в ереси. «Эти обвинения не были подтверждены ни в то время, ни позже, но они доказывают, что сияющий нимб, окружавший орден в глазах всего христианского мира, стал быстро блекнуть».

Ужасные потери, понесенные иоаннитами в 1289 г. во время защиты сирийского Триполиса, надломили их силы. И когда несколько лет спустя они принуждены были покинуть Святую землю, от ордена осталось едва ли не одно только воспоминание. Тем не менее это не умаляет его культурно — исторического значения ордена для более раннего времени. Среди присущего этому последнему самого грубого невежества, орден являлся благородным и добросовестным представителем той высшей культуры, гуманные, истинно христианские причины которой получили всеобщее признание лишь спустя несколько столетий. Так как внешние обстоятельства все более и более выдвигали на первый план светскую сторону двойственной задачи ордена, то иоанниты сделали первую попытку основать особое государство. Следуя их примеру, более молодой Тевтонский орден в Мериенбурге создал впоследствии подобное же государство на другой почве и в более грандиозном масштабе.

Один немец устроил в Иерусалиме прибежище для призрения больных и бедных немецких паломников. Благочестивые немцы поступали туда в качестве служащих братьев, а короли иерусалимские дарили дому призрения деньги и земли.

Завоевание Иерусалима в 1187 г. тяжело отозвалось также и на немецком убежище. Изгнанные из Иерусалима и лишенные своих владений, доходы с которых позволяли им выполнять свои благочестивые обязанности, уцелевшие члены братства спаслись в Аккуне. Там, несмотря на самые тяжелые условия, они возобновили свою деятельность среди немецких крестоносцев и заслужили их глубокую признательность. Особенное горячее участие проявил к ним герцог Фридрих Швабский. При содействии немецких князей, которые в 1197 г. прибыли в Сирию, братство, призревавшее больных, преобразовалось в духовный рыцарский орден.

Члены нового ордена давали три монашеских обета, им сообщались правила тамплиеров, и, как внешний знак самостоятельности их ордена, они получали особое одеяние: белый плащ с черным крестом.

Верховное руководство делами ордена принадлежало великому магистру. Каждый большой округ управлялся через ландмейстеров или ландкомтуров, а в каждом большом городе власть принадлежала комтуру. При великом магистре состоял совет из пяти верховных сановников, а кроме того, существовал генеральный капитул, собиравшийся раз в год и состоявший из этих же верховных сановников и из ландмейстеров. К пяти верховным сановникам принадлежали: великий комтур, хранивший казну ордена и в случае нужды занимавший место великого магистра; великий маршал, заведовавший вооружениями и военными силами; главный надзиратель, наблюдавший за орденским убежищем; кастелян, заботившийся о доставке одежды, и казначей, управлявший финансовыми делами.

Члены ордена делились на рыцарей и духовных. Наряду с ними мы находим здесь также служащих братьев. Для некоторых услуг при убежищах допускались женщины, в качестве сестер. Чтобы сделать вступление в члены ордена доступным для возможно большого числа людей, миряне также посвящались «в тайны ордена», не оставляя в то же время своих занятий. В знак своей принадлежности к ордену они носили полукрест.