С той поры икона и находилась в Богородицком монастыре в Казани. Поначалу она была чтима лишь как местная. Но в 1611 г., в Смутное время, ее список принесли из Казани в Москву вместе с казанским ополчением в стан князя Дмитрия Пожарского. А 22 октября 1612 г. этот список при сражении с поляками находился у Дмитрия Пожарского. Князь, как известно, одержал победу, и с тех пор по указу царя Михаила Федоровича Чудотворную икону чествуют дважды — 8 июля, в день ее обретения, и 22 октября, в день связанной с ней победы русского оружия.

Оригинал же иконы так и висел в казанском Богородицком монастыре, став на три века важнейшей святыней не только города, но и всей России. Еще при Иване Грозном икону одели в ризу червонного золота, а Екатерина II в 1767 г. при посещении Богородицкого монастыря одела на икону бриллиантовую корону. Вельможи и купцы соревновались в украшении иконы драгоценными камнями и жемчугами…

Но 29 июня 1904 г. икона пропала. С этого времени и начинается удивительная история ее поисков, неожиданных ее появлений в различных местах, мистификаций и загадок.

Дело о пропаже и поисках Казанской иконы Богоматери — одно из самых известных в российской дореволюционной криминалистике. Расследование с перерывами велось более десяти лет. Документы дела «О похищении в Казани из девичьего монастыря чудотворной иконы Казанской Божьей Матери», хранившиеся в архиве департамента полиции, составляют два обширных тома. Пропажа иконы взбудоражила всю страну и обсуждалась на самом высоком уровне, вплоть до императора Николая II. В томах дела масса писем и телеграмм от таких людей, как председатель Совета министров П. А. Столыпин, министр юстиции И. Г. Щегловитов, министр внутренних дел АН. Хвостов, директор департамента полиции С. Е. Виссарионов, московский генерал-губернатор С. К. Гершельман, князь В. А. Оболенский, начальник московской сыскной полиции А. Ф. Кошко, великая княгиня Елизавета Федоровна, церковные иерархи…

Пропажу святыни обнаружили ранним утром 29 июня 1904 г. Дверь в храм была взломана, церковный сторож Захаров — связан. Исчезли две иконы: Казанский образ Богоматери и Спас Нерукотворный.

На ноги тут же была поднята полиция, и по горячим следам похититель был быстро найден. Им оказался Варфоломей Чайкин (известный еще как Стоян), крестьянин двадцати восьми лет, рецидивист и специалист по церковным кражам. На его совести целый ряд краж из церквей Казани, Коврова, Рязани, Тулы и Ярославля в 1903–1904 гг. Причем самих образов он не крал, а лишь сдирал с них ризы. И на этот раз он утверждал, что драгоценности и оклад образа продал, а саму икону расколол и сжег в печи.

25 ноября 1904 г. начался судебный процесс. На нем было шесть подсудимых: сам Чайкин-Стоян и некто Комов — виновники кражи, церковный сторож Захаров, которого подозревали в соучастии, ювелир Максимов, обвинявшийся в содействии и скупке золота и жемчугов с икон, сожительница Чайкина Кучерова и ее мать Шиллинг, которых обвиняли в укрывательстве виновников кражи и похищенных ценностей.

Примечательно, что Чайкин на предварительном следствии отрицал уничтожение икон. Но сожительница, ее малолетняя дочь и мать показывали, что видели, как он разрубал иконы на щепки и сжег в печи. При обыске в печи были действительно найдены обгорелые жемчужины, загрунтовка с позолоты, проволоки, гвоздики, петли, которые, по показаниям монахини-свидетельницы, находились на бархатной обшивке иконы. По показаниям Шиллинг, пепел от икон был брошен в отхожее место, где и был найден полицией.

В итоге Чайкин был осужден на двенадцать лет каторги. Остальные подсудимые получили меньшие приговоры, а Захарова оправдали.

Однако поиски иконы и проработка других возможных версий продолжались. Уж больно высокую ценность для всех россиян имела знаменитая икона, не говоря уж о стоимости ее оклада, слишком уж мощный резонанс вызвало это похищение. Стоит также помнить, что похищены были две иконы, и пепел мог принадлежать лишь одной из них — менее ценному Спасу Нерукотворному. К тому же оклады обеих икон найдены так и не были.

Поэтому возникла версия, что Казанскую икону Богоматери Чайкин за огромную сумму перепродал старообрядцам — они действительно занимались широкой скупкой дониконовских икон, в частности брали их из старинных московских храмов во время разорения Москвы в нашествие Наполеона. В итоге 12 ноября 1909 г. в недрах полиции появился секретный доклад. В Казань был послан специальный чиновник, так как до министерства дошли «серьезные сведения о сохранности чудотворной иконы Казанской Божьей Матери». Товарищ министра внутренних дел П. Г. Курлов отстранил казанского губернатора и начальника Казанского жандармского управления от розыска, доверив его автору доклада М. В. Прогнаевскому. А А. Ф. Кошко направил в помощь ему двух самых опытных агентов. Один из них и доложил о продаже иконы старообрядцам.

К Чайкину, находившемуся в то время в тюрьме в Ярославле, подослали шпионов, через которых пытались узнать о местонахождении иконы. Но он лишь твердил о сожжении иконы, не о продаже. Однако слухи о возобновлении следствия разошлись уже по всей империи, причем не миновали и тюрем.

И тут неожиданно в саратовской тюрьме возник арестант Кораблев, который заявил, будто знает, где находится икона. Вступившему с ним в контакт епископу Саратовскому Гермогену Кораблев сообщил, что икона якобы действительно находится у старообрядцев, и обещал помочь ее вернуть, если ему смягчат участь и переведут в другую тюрьму, где он смог бы вступить в контакт с другими участниками «дела». Несмотря на то что у «версии» Кораблева нашлись влиятельные сторонники, опытный в делах сыска Прогнаевский вскоре убедился, что никаких данных у арестанта нет, а он просто хотел организовать побег.