В ходе прений ораторы поддерживали предложение Ежова. Однако Косарев потребовал также исключить Енукидзе из партии. В своем выступлении Енукидзе, признавая ряд ошибок в отношении сотрудников аппарата ЦИК, отвергал наиболее зловещие обвинения. Это было неумно, так как в ответ прозвучали новые, резкие выступления против него.

Первый секретарь Свердловского обкома И. Д. Кабаков предложил передать вопрос о Енукидзе «в судебные органы. Надо его осудить по существу его преступлений». Как отмечал Юрий Жуков, «пожалуй, самой агрессивной и нетерпимой оказалась речь Ягоды. И это понятно, ибо ему пришлось прежде всего защищать себя и свое ведомство. Защищать, пренебрегая тем, что слишком хорошо было известно участникам пленума о реальной практике подбора кадров». Жуков имел в виду, что все сотрудники Кремля проходили проверку в ОГПУ или НКВД.

Пытаясь снять вину с НКВД, Ягода уверял участников пленума, что «Енукидзе не только игнорировал наши сигналы, но завел в Кремле свое параллельное „ГПУ“, и, как только выявлял нашего агента, он немедленно выгонял его. Конечно, все это не снимает с меня ответственности. Я признаю здесь свою вину в том, что в свое время не взял Енукидзе за горло и не заставил его выгнать всю эту сволочь… Всё, что говорил здесь Енукидзе, это сплошная ложь… Вы здесь перед пленумом столько налгали, Авель, что нужно не только исключить вас из партии, нужно, по-моему, арестовать вас и исключить». С таким же предложением выступил и Косиор.

Снова выступил Ежов. Он заявил: «Вину НКВД, когда она есть, никто и никогда не замазывал». Он напомнил об ответственности Медведя и «других коммунистов, виновных в служебных упущениях, связанных с убийством тов. Кирова». Осудив же выступление Енукидзе, Ежов сказал: «Если тов. Енукидзе в своей речи по существу оправдывает всё случившееся, а из речи это вытекает, если он не рвет своей связи, не пересматривает своих отношений ко всей этой белогвардейской своре, с которой он был связан, то, видимо, он хочет и решил порвать с партией».

В ходе голосования большинство членов ЦК проголосовало за исключение Енукидзе из партии, а меньшинство — за арест и предание суду.

На другой день в газетах было опубликовано сообщение о пленуме ЦК и решение: «За политико-бытовое разложение бывшего секретаря ЦИК СССР А. Енукидзе вывести из состава ЦК ВКП(б) и исключить из рядов ВКП(б)».

С 13 июня по всей стране началось обсуждение решений июньского пленума ЦК. Как справедливо отмечал Ю. Жуков, по сути «Кремлевского дела» ничего не говорили, но зато постоянно звучали призывы к бдительности и разоблачению замаскировавшихся классовых врагов, которые занимаются вредительством. Выступая с докладом по итогам июньского пленума 1935 года, первый секретарь МК и МГК ВКП(б) Н. С. Хрущев говорил: «На предприятиях у нас были случаи порчи оборудования, в столовых — отравления пищи. Все это делают контрреволюционеры, кулаки, троцкисты, зиновьевцы, шпионы и всякая другая сволочь, которая объединилась теперь под единым лозунгом ненависти к нашей партии, ненависти к победоносному пролетариату. Злодейское убийство товарища Кирова в декабре прошлого года, дело Енукидзе должно заставить нас так организовать нашу работу, чтобы ни один мерзавец не смог творить своего подлого дела».

В своем докладе по итогам июньского пленума первый секретарь ЦК КП(б) Украины Косиор сообщал: «Из тех материалов, которые мы имели в связи с делом Енукидзе, для всех совершенно ясно, что и Зиновьев, и Каменев были не только вдохновителями тех, кто стрелял в Кирова. Они были прямыми организаторами этого убийства. Они действовали в полном согласии с контрреволюционером Троцким». Косиор призывал: «Ярость классового врага усиливается, он бесится, а это требует от нас все более ожесточенной борьбы с ним».

Представление о том, что вследствие потери бдительности в партию и на ответственные посты проникли классовые враги, было широко распространено. Главным персонажем выпущенного в прокат в 1935 году фильме «Партбилет» был бывший кулак и убийца коммуниста. Он устроился на завод, вступил в партию, а затем перешел на оборонное производство, чтобы поставлять секретные сведения иностранной разведке.

В 1935 году в ходе кампании по усилению политической бдительности была продолжена «чистка» в рядах партии, начавшаяся в 1933 году. Исключения из партии по причинам политической неблагонадежности умножились. Среди материалов Смоленского архива советологи обнаружили отчет об исключении из партии 23 % всех ее членов в парторганизациях Западной области в ходе проводившейся там «чистки». Отчет был подписан Н. И. Ежовым и Г. М. Маленковым (последний в 1935 году стал заместителем заведующего Отдела учраспреда ЦК).

Репрессии и партийная чистка сопровождались нагнетанием страхов перед тайным врагом и сведением личных счетов. 30 декабря 1935 года Н. С. Хрущев в своем выступлении на пленуме Московской партийной организации сообщал о разоблачении 10 тысяч троцкистов в Московской партийной организации. По данным американского историка Таубмэна, в ходе чистки в Московской парторганизации было исключено 7,5 % членов партии.

Тем временем Ягода стремился доказать свое рвение в разоблачении врагов советского строя и одновременно свою активность в борьбе с уголовными преступлениями. Поэтому число заключенных в стране стало быстро расти. По сведениям, приводимым исследователем деятельности ВЧК-ОГПУ-НКВД В. Некрасова, «в 1933 году в местах лишения свободы их было 334 тыс., в 1934 году — 510 тыс., в 1935 году — 991 тыс.». Таким образом, число заключенных в стране за два года утроилось. Руководимый Ягодой наркомат казался надежным защитником страны от антиобщественных элементов и контрреволюционеров. Несмотря на падение Енукидзе и срыв первоначального плана заговора, положение Ягоды казалось прочным.

Критические замечания в связи с убийством Кирова и делом Енукидзе, высказанные Ежовым, а также вынужденные признания Ягодой недостатков в работе НКВД на июньском пленуме ЦК свидетельствовали о неблагополучии в деятельности этой влиятельной организации. С начала 1935 года Сталин, не отстраняя Ягоду от руководства НКВД, принимал меры для того, чтобы поставить этот наркомат под строгий контроль ЦК. Н. И. Ежов, который с 1 февраля 1935 года стал секретарем ЦК, а затем и председателем Комиссии партийного контроля вместо Л. М. Кагановича, стал курировать НКВД, а затем все активнее вмешиваться в его деятельность.