Свои основные усилия Пейн сосредоточивает на критике Библии. Среди множества сочинений, авторы которых критиковали Библию скрыто и косвенно или прямо и откровенно, вооруженные аргументами логическими или взятыми из реальной жизни, или из истории человечества, или из естественной истории, или из самой Библии, что свидетельствует о ее противоречивости, труду Пейна принадлежит особое место. Мыслители прошлых веков, начиная от Цельса (II в. н. э.) и вольнодумцев средних веков вплоть до философов нового времени — Гоббса, Спинозы и французских материалистов, нанесли сильные удары по авторитету Священного писания и подорвали его влияние среди верующих. И все же огромные массы людей продолжали верить в библейские сказания, Ветхий и Новый завет, представлявшие собой важнейшую опору христианского, а Ветхий завет — иудейского вероучения. Книга Пейна нанесла по ним новый удар. Он оказался особенно чувствительным в Соединенных Штатах, где процветали протестантские секты, а их вероучения покоились на Библии. В годы, предшествовавшие революции, малейшие сомнения в истинности Библии рассматривались как тяжелое преступление, а сомневавшихся жестоко преследовали и наказывали. В насаждении культа Библии усердствовали не только сектанты, но и власти. В ходе войны за независимость конгресс заокеанской республики принял специальные решения об издании Библии и ввозе ее из Европы.

«Век разума» был написан ярким и образным, доступным простому читателю языком. В США эта книга Пейна и другие его антирелигиозные работы по существу явились первыми такого рода сочинениями, нашедшими широкий круг читателей. Книга была написана на их родном английском языке, и притом человеком, имя которого было неразрывно связано с созданием независимости американской республики. Пейн, герой американской революции, теперь выступил против Священного писания. Он писал так смело, убежденно, остроумно и язвительно, как до него не писал никто из американских вольнодумцев— ни Франклин, ни Джефферсон, ни многие другие. Единственным исключением была вышедшая в США за десять лет до книги Пейна книга Итэна Аллена, тоже героя войны за независимость, «Разум — единственный оракул человека».

Испытав влияние английского деиста Блоунта, Аллен решительно отвергал как неразумные библейские поучения об «откровении», о мироздании, о троице и т. п. Судьба книги Аллена оказалась трагической. В типографии, где она печаталась, от удара молнии вспыхнул пожар, и почти весь готовый тираж сгорел. Уцелело лишь около двух десятков экземпляров, о которых узнали немногие в Вермонте, родном штате Аллена, и в соседних штатах. Пейн скорее всего не знал о книге, но он, возможно, знал о ее идеях и основном содержании, так как в 1776 г. встречался с революционером Томасом Янгом, который до революции совместно с Итэном Алленом писал антибиблейский трактат. Этот последний и лег в основу книги «Разум — единственный оракул человека», которая по существу осталась неизвестной американским читателям. Деизм стал достоянием народных масс, а не только лишь «респектабельных кругов» именно благодаря «Веку разума» Пейна.

В критике Библии Пейн выступает во всеоружии различного рода доводов, взятых из арсенала научной критики Библии, имевшей ко времени Пейна многовековую историю. Основной же метод его — это использование Библии в качестве доказательства противоречий, содержащихся в ней: «…я не выйду за пределы Библии в поисках свидетельств против мнимой подлинности Библии. Ложное свидетельство всегда хорошо говорит против себя самого» (18, стр. 311). Среди авторитетов, на которые опирается Пейн, — средневековые философы-богословы Ибн Эзра и Маймонид, мыслители нового времени Спиноза и Гроций, английские деисты и французские атеисты, например Н. Буланже. Пейн популяризирует достижения своих предшественников на опасном поприще критики Библии, продолжает ее критику и высказывает самостоятельные предположения.

Согласно своим деистическим взглядам, Пейн начинает критику с доказательства того, что Библия не является «словом божьим». Рационалист Пейн отвергает божественное откровение, якобы проявившееся в Библии, на следующих основаниях: «Откровение — сообщение о чем-то, чего лицо, которому сделано откровение, прежде не знало. Ибо, если я сделал какую-либо вещь или видел, как она была сделана, мне не нужно откровения, говорящего мне о том, что я ее сделал или видел, как не нужно его и для того, чтобы я мог о ней рассказать или написать.

Откровение поэтому не может быть приложено к чему-либо, происшедшему на земле, участником или очевидцем чего был сам человек. Значит, все исторические и повествовательные части Библии, которые занимают почти всю ее, не подходят под значение слова „откровение“, почему и не являются словом божьим» (18, стр. 255).

Но это касается не только христианства. Пейн выступает против всякого «откровения», важнейшего компонента традиционных религий: «Каждая из… церквей показывает книги, называемые откровением или словом божьим… Каждая из этих церквей обвиняет другие в безверии; что же касается меня, то я не верю им всем» (18, стр. 248).

Затем Пейн приступает к терпеливой, по выражению прогрессивного немецкого историка Шенфельдера, хирургической операции книг Ветхого и Нового заветов, составляющих Библию. Задача мыслителя доказать, что Библия написана людьми и поэтому священность ее вымышленная, что библейские книги написаны не в те времена, к которым их относит духовенство, и не теми лицами, которых церковь считает авторами, что противоречивое содержание этих книг, хотя иногда и отражает реальные или возможные исторические события, в основном противно разуму, противоестественно и вымышленно.

Путеводителем Пейна в его нелегком деле в немалой степени служит «Богословско-политический трактат», автора которого, Спинозу, Пейн неоднократно упоминает и в «Веке разума», и в своих других сочинениях. Пейн популяризирует и развивает мысли Спинозы, снискавшего себе заслуженную славу родоначальника научной критики Библии.

Пейн начинает с анализа Пятикнижия и доказывает, что автором его не мог быть Моисей, так как об этом свидетельствует различная грамматическая структура частей, составляющих Пятикнижие. Так, книги Исход, Левит и Числа написаны в третьем лице. Во Второзаконии смена лиц, ведущих повествование, происходит четырежды: то анонимный автор говорит о Моисее, то сам Моисей выступает в роли говорящего и т. д.