Ко всему прочему, измена уже второго гетмана позволило полякам в начале 1661 года перехватить инициативу и перенести военные действия на Левобережье, где ими было предпринято наступление в направлении Нежина.

Сложившаяся ситуация не позволяла царскому окружению безоглядно доверяться и левобережным казакам, убеждавшим Москву в своей верности. Ни для кого не было секретом, что и Сомко, и Золотаренко находятся в родственной связи с Юрием Хмельницким, а Брюховецкий в свое время был слугой старого гетмана и одним из доверенных лиц Юрия, оказавшим ему немалую помощь при избрании на гетманский пост. Кроме того, было известно, что Полтавский, Миргородский и Прилуцкий полки не хотят подчиняться Москве и тяготеют к Хмельницкому.

Поэтому, по выражению С.М. Соловьева «чтоб разузнать, в каком действительно состоянии находятся дела в Малороссии, кто верен, а кто нет, кто кому дядя и кто кому зять, и как это родство мешает верности», 29 декабря 1660 года в Нежин прибыл стрелецкий голова Иван Полтев. Он встретился здесь с воеводой князем Семеном Шаховским и нежинским полковником Василием Золотаренко. После ознакомления с обстановкой у Полтева сложилось в целом правильное представление о реальном положении дел в крае и он намеревался собрать раду с участием Сомко, Золотаренко и примкнувших к ним казаков. Но рада не состоялась, так как в это время поляки во главе с Чарнецким и Хмельницким при помощи татар попытались захватить Нежин. В ходе ожесточенных боев, продолжавшихся весь январь и февраль, Золотаренко, Сомко и царским воеводам, удалось очистить Заднепровье от противника. К концу марта на сторону Москвы перешли Полтавский, Прилуцкий и Миргородский полки, лишь Остер продолжал оказывать сопротивление. В Приднепровье также поляков практически не осталось, все ушли в коронные города. В Москве, где реально опасались, что после победы над Шереметевым польские полководцы вторгнутся в московские пределы, вначале не могли понять, что заставило их уйти из Малороссии. Некоторые даже думали, что шведы вновь вступили с Польшей в войну. Однако все объяснялось проще – у Речи Посполитой не оказалось денег для выплаты жалованья солдатам, которые в связи с этим отказались продолжать воевать.

Однако, если польская казна оказалась пустой, то и в Московском государстве состояние финансов выглядело не лучшим образом. Денег на нужды войска катастрофически не хватало, тем более, что, если на юге Москва получила временную передышку, то на границах с Литвой война была в полном разгаре. Тем временем, началась смута и в Заднепровье. В апреле под Нежином все-таки состоялась рада, на которой часть казаков хотели избрать гетманом Сомко, а другая половина выступала за Золотаренко. Запорожцы и Серко, также находившийся за днепровскими порогами, сохраняли нейтралитет, полагаясь на решение царя.

Между тем, в Москве колебались с окончательным решением кому отдать предпочтение, так как возникла реальная возможность снова без кровопролития подчинить себе и западную сторону Днепра. Дело в том, что у Юрия Хмельницкого практически не осталось войска – не было чем платить жалованья казакам. Сам он находился в Чигирине только с генеральным писарем Тетерей и судьей Григорием Лесницким. Король, которому самому нечем было платить войску, помощи ему не оказал. Татары также оставили его и ушли в Крым.

В это время произошли изменения и в киевской митрополии. Дионисий Балабан примкнул к Выговскому и должность киевского митрополита оставалась вакантной. Избрать же нового не позволяла политическая ситуация в Малороссии. Временным местоблюстителем митрополии Киевской являлся Лазарь Баранович, но он не пользовался доверием Москвы. В конце концов, летом 1661 года на его место решили поставить упоминавшегося выше протопопа Максима Филимонова, который в срочном порядке был произведен в епископы мстиславские и оршанские под именем Мефодия.

Покинутый своими союзниками Юрий Хмельницкий обратился к царю с посланием, в котором оправдывался в своей измене, тем, что вынужден был поступить так по принуждению полковников, а лично сам он готов и впредь верно служить великому государю. В Москву и ранее доходили сведения, будто он посылал к константинопольскому патриарху монаха Шафранского с просьбой освободить его от присяги королю. Было известно, что Юрий также договаривался с Брюховецким и Сомко, чтобы они напали на него и тогда, он, как будто поневоле, сдался бы им. Эти слухи были широко распространены в Польше, где также поговаривали, что Хмельницкий хочет остаться гетманом, но под покровительством Турции.

Как бы то ни было, но не воспользоваться шансом снова объединить Малороссию, в царском окружении не могли. В конце июня в Переяславль был направлен посланник Протасьев, через которого царь Алексей Михайлович предложил наказному гетману Сомко обратиться к племяннику и убедить его возвратиться в московское подданство, обещая, что ему будет пожалован город Гадяч, как прежде его отцу, а все вины его будут прощены.

Сомко согласился с этим, однако реально ничего предпринять не успел, так как в октябре к Хмельницкому прибыл хан с татарами и гетман вынужден был идти вместе с ним за Днепр, где они осадили Переяславль.

Тем не менее, до конца 1661 года обстановка в Малороссии оставалась стабильной. Золотаренко и Сомко, хотя и враждовали между собой, однако их преданность Москве сомнения не вызывала. Запорожье, ставшее после подавления восстания Пушкаря приютом для бедных казаков и поспольства, усиливало свое влияние среди простого народа Малороссии. Кошевой гетман Брюховецкий рассылал по всему краю своих агентов, которые распространяли слухи, что он стоит за простой народ и, если его изберут гетманом Войска Запорожского, то все станут казаками.