Для переваривания пищи толстая кишка имеет весьма небольшое значение, т.к. пиша почти полностью переваривается и всасывается уже в тонкой кишке, за исключением растительной клетчатки. В толстых кишках находится микрофлора, вызывающая сбраживание углеводов и гниение белков. В результате микробного брожения происходящего в толстых кишках, расщепляется растительная клетчатка, которая в тонких кишках не переваривается и в неизмененном виде поступает в толстые кишки.

Под влиянием вызывающих гниение бактерий в толстых кишках происходит разрушение невсосавшихся аминокислот и других продуктов переваривания белка. При этом образуется ряд ядовитых для организма соединений: индол, скатол, фенол и др. Эти ядовитые вещества, всасываясь в кровь, циркулируют с кровью по организму и вызывают отравление организма. Эти ядовитые вещества обезвреживаются в печени.

В норме в толстом кишечнике слабокислая среда, которая наиболее благоприятна для существования нормальной микрофлоры. Эта микрофлора синтезирует (образует) витамины, необходимые для нашего организма (биотин, витамин К, фолиевая кислота, витамин В 6).

При зашлакованности кишечника, когда в больших количествах образуется индол, скатол, фенол и др., среда в кишечнике из слабокислой становится щелочной. В такой среде нормальная микрофлора существовать уже не может. Нормальная микрофлора погибает, и её место занимают вредные для организма микробы. Возникает дисбактериоз кишечника. И пока не будет очищен кишечник от гниющих пищевых остатков, бесполезно пытаться избавиться от дисбактериоза, вводя в рацион полезные готовые бактерии (бифидумбактерин и др.).

В желудочно-кишечном тракте участки, имеющие щелочную или кислую реакцию, чередуются. Это видно на рисунке:

а) щелочная реакция от полости рта до желудка

б) кислая реакция (желудок)

в) щелочная реакция (тонкий кишечник)

г) кислая реакция (толстый кишечник)