17 июня 1565 года Драгут, как обычно, обходил батареи у форта Сан-Анжело, когда ядро, выпущенное из крепости, смертельно ранило его. Агония знаменитого пирата продолжалась несколько дней. Только 23 июня 1565 года он испустил дух, получив перед этим известие о том, что форт св. Эльма захвачен. Тело Драгута было отправлено Улудж-Али в Триполи и здесь предано земле.

Дальнейшее сражение за Мальту проходило уже без участия Драгута Известие о его смерти вызвало смешанные чувства в турецкой армии. Для простых солдат Драгут был знаменем, вокруг которого объединялись ради единой цели, поэтому его гибель была воспринята как мрачное предзнаменование.

Действительно, несмотря на то что форт св. Эльма, контролировавший Большую гавань, был захвачен, это стоило туркам почти шести тысяч солдат, в том числе половины всех янычар. Подобные потери были катастрофическими для турецкой армии, поэтому дальнейшая осада укреплений была поставлена под вопрос.

Чтобы сломить сопротивление мальтийских рыцарей, Мустафа приказал прибить к деревянным крестам обезглавленные тела христиан и отправить через гавань в сторону мальтийцев. В ответ магистр Ордена Жан де ла Валетт приказал обезглавить всех турецких пленников и выстрелить их головы из пушки в сторону турецкого лагеря. Для обеих сторон это означало, что отныне традиционные правила ведения войны уже не действуют и это будет сражение, в котором пленных брать не будут.

15 июля Мустафа во главе янычар начал штурм Сан-Сан-Анжело то время как алжирские и триполитанские пираты устремились на штурм форта св. Михаила Благодаря мужеству и упорству защитников крепости штурм провалился. Следующая попытка была предпринята 7 августа, но и она закончилась провалом. После этого Мустафа посылал свои войска на штурм с обречённым постоянством. В конечном итоге даже янычары разуверились в возможности захвата мальтийских укреплений и лишь понукаемые угрозами шли на штурм. Попытки осуществить подкоп под крепость и взорвать стены не увенчались успехом — крепость стояла на скале, и турецкие инженеры не смогли пробиться сквозь толщу скальной породы.

Чем дольше турецкая армия находилась на Мальте, тем быстрее приближался период штормов. Мустафа был готов провести зиму на острове, надеясь взять осаждённых измором, но против этого выступил Пиали-паша Он заявил, что флот не может находиться в ненадёжных гаванях острова, а самая удобная бухта острова простреливается рыцарями из крепости. Таким образом, перед главнокомандующим встал выбор — или остаться на острове на свой страх и риск, без поддержки флота, или эвакуироваться.

Последний штурм Мустафа назначил на 7 сентября. К тому времени защитники крепости были настолько истощены бесконечными штурмами, что могли и не выдержать решительного натиска турок Однако 5 сентября стало известно, что им на помощь спешит девятитысячная армия вице-короля Сицилии. Защитники крепости внезапно воспряли духом и готовились с новой силой бороться с врагом.

Несмотря на то что турецкая армия всё равно была больше испанской, одного известия о приближении к осаждённым свежих подкреплений было достаточно, чтобы посеять панику среди турецких солдат. В конечном итоге Мустафа отдал приказ возвращаться домой, и турецкая армия, погрузившись на корабли, отплыла с острова.

Великая осада Мальты дорого обошлась туркам — четверть турецкой армии полегла на поле битвы. Однако и для Мальтийского ордена это было великое испытание: 250 рыцарей — цвет европейского дворянства — пали под турецкими ятаганами, от многих укреплений остались только развалины. Но главная цель была достигнута — турецкой армии был дан хороший урок Череда бесконечных побед была закончена, и отныне турки были вынуждены перейти к обороне, ограничиваясь, как прежде, лишь разбойными набегами на христианские владения.

Гибель Драгута при осаде Мальты привела к очередным перестановкам в североафриканских владениях Османской империи. Когда в 1568 году, после смерти сына Хайреддина Хасана, освободилась должность бейлербея Алжира, Пиали-паша предложил султану кандидатуру Улуджа-Али. К тому времени этот бывший протеже Драгута уже был достаточно известен среди мусульманских пиратов. Итальянец по происхождению, настоящее имя которого Джованни Диониги Галени, должен был стать священником, однако в 1536 году попал в плен к Али-Ахмеду, одному из капитанов Хайреддина Благоразумный юноша после нескольких лет на галерах осознал, что смена религии даст ему свободу, поэтому сменил католицизм на ислам, а заодно и получил новое имя Улудж-Али. Занявшись морским разбоем среди алжирских пиратов, он быстро продвигался по карьерной лестнице, пока не стал капитаном собственной галеры и одним из самых безжалостных капитанов алжирского флота После смерти Хайреддина он перешёл под командование Драгута, участвуя в его рейдах на итальянское и испанское побережье. В 1565 году он получил титул бейлербея Александрии и участвовал в осаде Мальты. Именно ему выпала честь доставить тело своего командира в Триполи и предать его земле. Поскольку титул триполитанского паши оказался вакантен, Улудж-Али с позволения султана занял его и в течение нескольких лет руководил набегами пиратов на побережье Сицилии, Калабрии и Неаполя.

Обширный послужной список и множество побед сделали Улуджу-Али преемником Хайреддина и Драгута, поэтому султан Селим II недолго колебался при выборе нового правителя Алжира Чтобы оправдать выбор своей кандидатуры, новый бейлербей решил по примеру своих предшественников попытать счастья при захвате Туниса Правивший там Хамид не был любим народом за то, что признавал себя испанским вассалом. Улудж-Али решил воспользоваться этим и с пятитысячной армией вторгся в Тунис Хамид не смог организовать сопротивление и сбежал в Испанию, в поисках поддержки у Филиппа II.

Летом 1570 года султан призвал Улуджа-Али в Константинополь для участия в совместной экспедиции против испанцев. Выполняя волю повелителя, алжирский бейлербей собрал свою эскадру и направился в столицу. По пути, возле мыса Пассаро, он встретил четыре мальтийских галеры под командованием Франциско де Сент-Климента, капитан-генерала Мальтийского ордена Они перевозили большую денежную казну и стали настоящим подарком для пиратов.

Силы двух сторон были неравны, и три галеры стали добычей Улуджа. Шестьдесят рыцарей попали в плен, что стало настоящей катастрофой для сил Ордена Сам Сент-Климент избежал плена и на оставшейся галере благополучно вернулся на Мальту. Слухи о поражении вызвали гаев толпы, и Сент-Клименту с трудом удалось спастись от линчевания. Однако магистр был вынужден передать его суду. За малодушие и предательство он был приговорён к смертной казни. Его тайно задушили в камере, тело зашили в кожаный мешок и бросили в море.