Командуя батареей разномастных орудий (калибров 37, 47, 120 мм и старых корабельных пушек), Колчак педантично ведет и дневник, из которого видно, как с каждым днем ухудшается положение защитников крепости. Помимо боевых потерь, они страдают от болезней: «Цинга увеличивается, и больных ею масса; характерно заболевание куриной слепотой – признак крайнего утомления и истощения»; «люди постоянно простужаются, не имея теплого платья… едят одну брюкву и черствые сухари». Противник подходит все ближе и ближе к Порт-Артуру. Большинство остававшихся в гавани судов повреждены минными атаками и огнем артиллерии. «… Увидел лежащий в доке “Амур”; это какой-то кошмар: судно лежит на боку с трубами и мачтами на берегу», – с содроганием, должно быть, записывает Колчак 10 декабря. «Сильные сами по себе позиции малопригодны в то время, когда не могут быть долговременно укрепленными [6] , – размышляет он 19-го, – тем более что окопы и ходы сообщения не окончены, прикрытий от шрапнели и блиндажей нет, высидеть долго под японским артиллерийским огнем, которым они только и берут позиции, нельзя». А 20-го наступает трагическая развязка…

«Всю ночь продолжались громовые раскаты взрывов в порту – все уничтожалось – подрывались орудия, машины, корпуса судов…

После полудня мертвая тишина – первый раз за время осады Артура…»

Так описывал лейтенант Колчак день, когда командование вело переговоры с осаждающими о капитуляции крепости. 21 декабря в Порт-Артуре уже появились японские части, а русские офицеры, солдаты и матросы становились военнопленными.

«Слабая вооружением, – писал через полвека адмирал Б.П.Дудоров, в 1904 году служивший в Порт-Артуре на штабных должностях, – незаконченная постройкой, с недостаточным гарнизоном, совершенно отрезанная и с суши, и с моря от подвоза подкреплений, боевых припасов и продовольствия, крепость Порт-Артур в течение девяти месяцев выдерживала натиск в три раза сильнейшего врага, не щадившего никаких усилий, чтобы ее взять…

Сам враг признал героизм гарнизона, приняв условие выхода его из крепости с оружием в руках и сохранения холодного оружия офицерским составом.

А государь повелел все время осады считать участникам ее в службу из расчета месяц за год, подобно славным защитникам Севастополя».

Путь отца – севастопольца в какой-то мере повторил сын – порт-артурец: от героической обороны в тягостный, но не позорный плен. «Да исцелит Господь ваши раны и немощи и да дарует вам силу и доготерпение перенесть новое тяжкое постигшее вас испытание», – обращался 1 января 1905 года к защитникам крепости Император Николай II. Не менее тяжкие испытания ожидали и всю Россию – лихолетье, которое было в известной степени следствием неудачной войны, но в гораздо большей – само повлекло ее печальный финал («Петербург “устал” от войны более, чем армия», – считал генерал А.И.Деникин). Наверное, это отразилось и в надписи на медали «в память войны с Японией» – «Да вознесет вас Господь в свое время», – надписи, вызывавшей и вызывающей до сих пор пошлое зубоскальство («что это за свое время?») и в действительности представляющей собою цитату из I Соборного послания Апостола Петра, весьма многозначительную, если вспомнить об ее контексте: «Итак смиритесь под крепкую руку Божию, да вознесет вас в свое время; все заботы ваши возложите на Него, ибо Он печется о вас. Трезвитесь, бодрствуйте, потому что противник ваш диавол ходит, как рыкающий лев, ища кого поглотить; противостойте ему твердою верою, зная, что такие же страдания случаются и с братьями вашими в мире. Бог же всякой благодати, призвавший нас в вечную славу Свою во Христе Иисусе, Сам, по кратковременном страдании вашем, да совершит вас, да утвердит, да укрепит, да соделает непоколебимыми. Ему слава и держава во веки веков. Аминь» (I Пет. 5: 6–11). Крестный путь России в XX столетии, как будто предсказанный этой цитатой, только начинался…

Возвращаясь к Колчаку, следует, впрочем, признать, что события первой Смуты нового века практически не затронули его. «После падения [Порт-Артура], – рассказывает адмирал через пятнадцать лет, – будучи болен суставным ревматизмом, лежал в госпитале в Порт-Артуре в качестве уже военнопленного; это продолжалось до апреля 1905 года, затем в середине апреля воспользовался предоставленным Японией правом отправиться на родину и поехал через Америку в Петроград, куда и прибыл в конце мая 1905 г.; там по освидетельствовании был признан инвалидом и получил четырехмесячный отпуск для лечения на водах. До осени 1905 [года] я пробыл на водах, а затем был опять причислен к Академии наук, занимаясь кабинетной научной работой…»

Наряду с теоретическим, труды и выводы Колчака, основанные на результатах Русской Полярной Экспедиции, имели и некоторое прикладное значение: если самая известная его печатная работа «Лед Карского и Сибирского морей» (издана в 1909 году в Петербурге, в «Записках Императорской Академии Наук») рассматривала принципиальные вопросы образования морского льда в различных условиях и его циркуляции в океане, то ряд выпущенных карт Карского моря, составленных по съемкам участников экспедиции, в том числе и Колчака, безусловно был необходим для решения текущих практических задач плавания в этих водах. Тою же проблемой занималась и созданная по распоряжению морского министра «Комиссия по исследованию Северного Ледовитого океана», в состав которой был включен и лейтенант Колчак; ей предстояло оценить возможность мореплавания «Северным проходом» и наметить программу исследований, которым предстояло бы «осветить раз и навсегда вопрос об утилитарном значении для нас этих владений вообще и о проходе этим путем к Тихому океану в частности».

В рамках этих исследований состоялся и новый поход, порученный ветеранам экспедиции Толля – Колчаку и Матисену, которые сначала наблюдали за постройкой судов, а затем и приняли командование над ними (транспортами «Вайгач» и «Таймыр» соответственно). В 1909 году оба корабля через Средиземное море и Индийский океан ушли на Дальний Восток и навигацию 1910 года провели в гидрографических исследованиях. «Экспедиция, для достижения указанных целей, и установление постоянных сообщений с прилегающими к Северному Ледовитому океану частями Иркутского генерал-губернаторства потребуют посылки транспортов к Берингову проливу к началу навигации в Северном Ледовитом океане, – отмечал Колчак в записке „О производстве гидрографического исследования Северного Ледовитого океана от Берингова пролива до устья реки Лены“. – Эти транспорты, приняв полный запас угля со специально посланного для этой цели судна, используют навигационный период на гидрографические работы в районе от Берингова пролива до устья реки Лены и ко времени прекращения плавания в Ледовитом океане уйдут во Владивосток, с тем чтобы в следующем году продолжать дальнейшие работы по исследованию Северного Ледовитого океана». Однако выполнить эту программу Александру Васильевичу не было суждено – в августе 1910 года его отзывают в Петербург. Новое назначение относилось к совсем иной области приложения талантов и сил Колчака, области, о которой он – воин отнюдь не в меньшей степени, чем ученый, – никогда и не забывал.

Потеря Порт-Артура и значительной части морских сил Тихого океана, цусимская катастрофа, которая постигла эскадру, пришедшую с Балтики, и оставила тем самым столицу Империи едва ли не беззащитной от нападения с моря, – были, разумеется, тяжелейшим ударом для офицеров флота. Горечь усугублялась буйством «общественности», которая, пользуясь дарованными Высочайшим манифестом 17 октября 1905 года свободами, не упускала случая побольнее уязвить морское ведомство, не различая правого и виноватого, да по вопиющей своей некомпетентности и не умея этого делать. В то же время налицо были и бесспорные просчеты в управлении флотом, о которых Колчак писал в 1912 году: «Если высказанный афоризм, что “военная сила, проигравшая войну, проиграла ее до начала военных действий”, и может возбудить некоторое сомнение в смысле общего значения, то справедливость применения его к минувшей войне не составляет вопроса.

Война была проиграна прежде всего потому, что о ней никто не думал и никто не готовился».

Осознание подлинных ошибок и борьба с ними, так же как и с обвинениями в ошибках мнимых, горячее желание восстановить репутацию русского флота и России как морской державы, стремление не просто «возродить» погибший с честью флот, но возродить его на современном уровне, – такие чувства владели тогда многими морскими офицерами, и, очевидно, именно они не давали Колчаку замкнуться в тиши «кабинетной научной работы». «Чувство горькой обиды и желание работать для возрождения флота ярко пробудилось в личном составе, – вспоминает настроения офицерства адмирал Смирнов. – В различных портах образовались кружки морских офицеров, поставивших себе задачей разрабатывать военно-морские вопросы в связи с реформами морского дела и воссозданием флота. Это движение встретило покровительство высшего морского начальства, и уставы кружков были утверждены. Морские офицеры были воспитаны в традициях преданности и верности Престолу и Отечеству, и они отнюдь не занимались вопросами внутренней политики, а разрабатывали исключительно вопросы стратегии, тактики, организации и техники». Из участников «частного, но полуофициального, пользовавшегося содействием морского министерства» петербургского кружка Колчак называл в качестве «наиболее видных» В.К.Пилкина, М.М.Римского-Корсакова 3-го (председателя кружка, чьим помощником был сам Александр Васильевич) и А.Н.Щеглова, с именем которого неразрывно связано создание в России Морского Генерального Штаба.