Время затвора — важнейший период, можно сказать, центр жизни преосвященного Феофана, ибо тогда по преимуществу явились во всей силе его великие труды и подвиги, и прежде всего подвиг молитвенный.

Жизнь святителя в это время была сокровенной, невидимой для людей, а ведомой одному лишь Богу. «Мы не посвящены в уединенную жизнь епископа–затворника, хотя и можем представить, как она трудна для человека. Приняв на себя тяжелый обет затворничества, владыка на целые десятки лет удалял себя от людей» [263, с. 205–206].

Что побудило святителя Феофана предаться полному затвору после немногих лет обычного пребывания на покое в Вышенской пустыни? Без сомнения, этому решению способствовало искреннее, сознательное, выработанное долговременным опытом жизни в иноческом чине желание полного, совершенного отрешения от мира и всего, что в мире. Ободряющим же к тому для него как епископа примерами могли служить такие высокие образцы из истории Церкви Вселенской, как пример святого Исаака Сирина, а из истории Русской Церкви — пример столь чтимого преосвященным Феофаном святителя Тихона Задонского.

Удалившись от мира и его суеты, порвав видимое, непосредственное общение с людьми, епископ Феофан сделал это не по недостатку любви к людям, а единственно из желания оградить себя от всего, что могло отвлекать его от молитвенного служения Христу. Святитель–затворник стремился совершенно забыть о мирской суете. «Я бы теперь, — говорил он, — уже и все окна и двери заложил и заколотил, лишь бы ничего не слышать и не видеть, что творится там вне» [232, с. 429].

Он глубоко сознавал высоту полного затвора. В его сознании понятие о затворе отождествлялось с мыслью о непрестанном молитвенном подвиге. «Ибо затвор что есть? — пишет он, — То, когда ум, заключившись в сердце, стоит пред Богом в благоговеинстве, и выходить из сердца или чем другим заниматься не хочет» [96, с. 299].

И на прежних поприщах его церковно–общественного служения жизнь его была поистине хождением пред Богом. «Надо добиваться того, чтобы непрестанно ходить пред Богом, со страхом и благоговеинством. Ибо Он везде есть и во всем Своем величии», — писал преосвященный Феофан [96, с. 433]. В своей собственной жизни он постоянно добивался этого, памятуя наставление одного из подвижников иноческой жизни — святителя Филарета (Амфитеатрова), митрополита Киевского, данное ему и другим молодым ученым инокам по пострижении их в монашество.

Но, не довольствуясь тем, что предоставляло ему для этого служение общественное с его разного рода отвлечениями от всецелого посвящения себя служению Богу, исканию «единого на потребу», «он сперва удалился добровольно от дел общественного служения и водворился в пустыни, чая Бога, спасающего его от малодушия и от бури, а затем, когда увидел, что при общежительных условиях иноческой жизни в пустыни Вышенской все же многое препятствовало ему всецело предаться Богу и уединенно беседовать с Ним Единым, перешел к полному затвору» [200, с. 185–186].

Живя в затворе в Вышенской пустыни, епископ Феофан чувствовал в своей жизни «бездну милосердия Божия» [144, с. 35–36], считал «Вышу — жилищем Божиим, где Божий небесный воздух» [161, с. 261]. Уединение для Владыки было «слаще меда» [139, с. 15], и поэтому он уже частично испытывал райское блаженство. «Правда, бывали минуты, когда и он сам допускал, и другие внушали ему мысль о возвращении к общественному служению в звании епархиального архиерея, ввиду полноты сил душевных и телесных, которыми он еще обладал. Но скоро мысль о высокой цели пустынничества — о том, что в пустынном уединении он несет особого рода службу Церкви, побеждала всякую мысль о возвращении в мир» [200, с. 186].

И в 1875 году, когда из Киева поступило предложение святителю опять вернуться на епархиальную службу, то в ответном письме уже слышится твердый тон решимости не оставлять затвора: «Ваше желание, чтоб и мне воротиться на старое, неудобоисполнимое. Ибо жизнь эта — рай» [133, с. 11].

В 1879 году святителя Феофана приглашал в Японию отец Николай Касаткин. «Владыка ваш [20] пишет Тамбовскому, — сообщил святитель–затворник своим почитателям, — что отец Николай Японский просит предложить Вышенскому, не согласится ли он потрудиться в Японии. Вышенский отписал Тамбовскому, что не хочет: поясница грызет. Слепому куда ехать? А потом отписал то же и Питерскому» [144, с. 118].

Во время пребывания в затворе в Вышенской пустыни епископ Феофан боролся с мыслями и желаниями о переселении в какуюнибудь другую обитель, считая это за искушение в духовной подвижнической жизни. В ответ на приглашение для жительства в Киево–Печерскую Лавру владыка писал: «У достопочтеннейшего отца Антипы прошу святых молитв о моей грешности. Речь его хорошая о том, чтобы в Лавре была архиерейская служба; но избранный ими архиереишка никуда негож, не только в святую Лавру. Желания быть покрываему и ограждаему лаврскою святынею нельзя не иметь; но на то дело я негож. Мне одно пригоже — сидеть, да если б прибавить к сему — плакать, чего окаменелое сердце мое никак не допускает» [133, с. 20].