Бюрократический мир — мир особый. Мир, полный соблазна, чаяний и вожделений; мир производств, чинов и орденов. Он весь — под знаком карьеры. В результате — сознание собственного значения, чинопочитание, низкопоклонство».

В этой обстановке Костычев сумел остаться чистым, никогда он не низкопоклонничал: ни в одном из его сочинений мы не найдем никаких похвал самодержавию, «монарху», в своих публичных выступлениях он тоже никогда не курил фимиам сильным мира сего. Он не только не скрывал своего крестьянского происхождения, но гордился им.

— Я происхожу из податного сословия, — говорил Костычев, — ни у моих родителей, ни у меня не было имения — ни родового, ни благоприобретенного. Я — сын крестьянина, человека, за свой светлый ум и редкие качества души приобретшего почетную известность в своем околотке.

Костычев действительно имел все основания гордиться своим отцом и своим происхождением.

В департаменте все к нему относились с уважением, хотя наиболее крупные чиновники и не любили его. Но сам он держал себя не как чиновник, а как работник.

Однажды В. Р. Вильямс, только еще начинавший свою научную деятельность, приехал из Москвы в Петербург по делам и сразу с вокзала зашел в департамент земледелия. Это было утром, в приемной находился только швейцар, и приезжий обратился к нему с вопросом:

— Кто есть в департаменте?

— Костычев здесь, а господа чиновники еще не пришли, — услышал он в ответ.

Противопоставление Костычева «господам чиновникам» настолько запечатлелось в памяти Вильямса, что он, по воспоминаниям академика А. Н. Соколовского, очень любил рассказывать этот случай своим ученикам.

Дома у Костычевых все осталось по-старому, жили они в своей прежней квартире в Гусевом переулке. По пятницам здесь всегда собирались близкие друзья и знакомые: А. Ф. Рудзкий, X. Я. Гоби, И. П. Бородин, С. П. Боткин, брат знаменитого дарвиниста — Д. А. Тимирязев, известный скульптор Пармен Петрович Забелло. Никаких крупных чиновников и вельмож, да, кстати, и министра Ермолова, в доме Костычевых не бывало. Зато часто приезжал Н. Н. Ге и подолгу живал у Костычевых. Он сделал хороший портрет их дочери Ольги, а потом решил написать и самого Костычева. Этот портрет, ныне выставленный в Русском музее в Ленинграде, произвел очень большое впечатление на И. Е. Репина, который писал, что Ге «в последнее время стал серьезнее относиться к искусству; это выразилось в его последних портретах; из них особенна Костычева, который можно считать вполне художественною вещью». В Гусевом переулке Ге работал также над бюстом Льва Толстого. В своих письмах к его дочери Татьяне Львовне художник часто упоминает своих верных петербургских друзей.

Гости, собиравшиеся у Костычевых, как всегда, говорили о науке, искусстве. И Павел Андреевич и Авдотья Николаевна много читали и были прекрасно осведомлены о всех новых книгах; попрежнему оставались они большими любителями живописи, ходили на художественные выставки. Порой у них в квартире собиралось особенно много народа — это бывало в те дни, когда Ге читал здесь свои «лекции о художестве».

В эти годы Ге сильно изменился: он нередко впадал в крайнюю религиозность. Костычевым эти новые увлечения художника были совершенно чужды, и на этой почве у них происходили трения. В. В. Стасов, тоже бывавший у Костычевых, вспоминал: «Во все свои последние приезды в Петербург Ге жил у них, но споры иногда заходили так далеко, что он пропадал на несколько дней, и однакоже потом скоро возвращался, и снова был прежний, всегдашний, симпатичный, горячий, любезный и любящий Ге».

Совершенно не одобряли Костычевы и увлечения художника религиозными сюжетами, считали, что он напрасно растрачивает свой талант на такие картины, как «Распятие». Остались они во всем прежними Костычевыми, простыми, радушными, демократичными.

Так воспитывали и детей. Сергей уже в первый год своего поступления в университет был исключен оттуда за участие в студенческих беспорядках. Ольга, интересовавшаяся медициной, стала впоследствии фельдшерицей и работала в земской больнице в глухом захолустье Смоленской губернии.

Костычев считал, что, несмотря на большие успехи русской агрономии, очень многие важные вопросы сельского хозяйства еще не решены. Нужны глубокие научные исследования по удобрению почв, их обработке, подбору и выведению лучших сортов культурных растений. Все эти исследования, по мысли ученого, должны проводиться комплексно и в разных природных зонах России. Необходимо создать особую научную агрономию для русского севера, совсем другую — для черноземной полосы, не следует забывать и засушливого юго-востока, и субтропического Закавказья, и южного берега Крыма. А для этого один путь — создание опытных станций.

Начав свою работу в департаменте земледелия, ученый составляет широкий, обоснованный проект сети опытных станций и полей. Они должны, по его мысли, не только развивать дальше агрономическую науку, но и служить связующими звеньями между наукой и практикой, через них лежит «тот путь, по которому добытые наукой данные и истины могут проникнуть в обширную разнохарактерную область практики».

На первое время Костычев проектировал устройство на государственные средства восьми опытных станций: четырех в нечерноземной полосе (в губерниях Петербургской, Вятской, Московской и Смоленской) и четырех в черноземной полосе (в Тульской, Екатеринославской, Херсонской и Самарской губерниях). По намечавшемуся плану все эти станции должны были иметь хорошее оборудование, лаборатории, опытные поля. Предложение Костычева широко обсуждалось на заседаниях сельскохозяйственного совета, созданного при Министерстве земледелия, и в печати. Передовые ученые, мечтавшие о развитии опытного дела, — В. В. Докучаев, К. А. Тимирязев, видный метеоролог П. И. Броунов (1852–1927), профессор П. Ф. Бараков (1858–1919) и другие — горячо поддерживали костычевский проект. Они, с своей стороны, предлагали усилить на станциях чисто научные исследования почв, местного климата, условий питания растений. Костычев был очень доволен тем широким обсуждением, которому подвергся его проект.