Вечером 7 марта 1945 г. около 1200 британских бомбардировщиков атаковало различные цели на территории Германии. Главными из них были Дессау и нефтеперерабатывающие заводы в районе Гамбурга и в городке Хеммингштедт, в 28 км севернее Брунсбюттеля. Англичане потеряли 41 бомбардировщик, при этом большинство самолетов сбили ночные истребители.

На счету Шнауфера были три «Ланкастера» из группы, бомбившей Дессау: два – в районе Дюссельдорф – Кассель, а третий – в районе Магдебурга. Он преодолел рубеж в 120 ночных побед, и, как потом оказалось, это был его последний успех в ходе войны.

Войска союзников продвигались вперед, и NJG4 покинула Гютерсло. 30 марта Шнауфер на Bf110G4 «3C+BA» в 02.29 перелетел на аэродром Вунсторф. Через несколько дней эскадра перебазировалась в Фассберг, в 74 км южнее Гамбурга, а затем 11 апреля – дальше на север Германии, на аэродром Эггебек, расположенный в 16 км северо-западнее г. Шлезвиг.

В этот период Шнауфер совершил несколько боевых вылетов, но все они оказались безуспешными. Так, в ночь на 9 апреля, когда британские бомбардировщики совершили налет на Киль, он поднялся в воздух, но так и не смог вступить в контакт с противником. 19 апреля в 23.10 Шнауфер снова поднялся в ночное небо, и опять никакого успеха. Единственными бомбардировщиками, действовавшими той ночью, были 122 «Москито», летавшие на недоступной для Bf110G высоте. Пробыв в воздухе 55 минут, пилот вернулся обратно в Эггебек. Свой же последний вылет Шнауфер совершил 21 апреля.

8 мая 1945 г. Третий рейх капитулировал, и командир NJG4 издал последний приказ. В нем, в частности, говорилось:

«Солдаты моей эскадры! Враг в нашей стране, наши самолеты на земле, Германия оккупирована и окончательно капитулировала.

Товарищи, эти тяжелые факты вызывают у нас на глазах слезы. Наше будущее туманно, и оно может принести нам только боль и страдания. Однако имеется кое-что, что останется с нами навсегда – это традиции нашей эскадры и наша слава. Они дадут нам необходимую силу духа, будут нам опорой и дадут возможность смотреть в неопределенное будущее ясно и гордо…

Там, где мы поднимались в ночное небо, земля Франции и Южной Германии покрыта маленькими шрамами, следами от сбитых нами тяжелых бомбардировщиков. В тяжелых боях и при любой погоде пилоты NJG4 сбили 579 бомбардировщиков – три полные дивизии бомбардировщиков. Наши успешные атаки на автоколонны и железные дороги стоили противнику сотен автомобилей и локомотивов…

Эта борьбы потребовала от нас тяжелых жертв. 102 экипажа из 400 офицеров и унтер-офицеров не вернулись обратно. Пятьдесят человек из летного и наземного персонала погибли на земле при отражении вражеских налетов. Они отдали для Германии и нашей эскадры все, и они имеют право требовать от нас в это мгновение, чтобы мы оставались настоящими людьми.

С болью, но и с гордостью я прощаюсь с вами. Спасибо вам за доверие, которое вы оказывали мне в эти тяжелые дни. Пусть у вас сохранится уверенность, что вы сделали для победы все, что только было в человеческих силах».

После капитуляции Третьего рейха Шнауфер вместе с остатками NJG4 попал в плен к англичанам.

В мае на аэродром Эггебек приехала группа из двенадцати офицеров департамента авиа-технической разведки министерства авиации Великобритании. Ее возглавлял один из наиболее успешных ночных асов RAF коммодор Родерик Чисхольм (Roderick Chisholm). В своей книге «Cover of Darkness», опубликованной в 1953 г. в Лондоне, он писал:

«Во время нашей инспекции аэродрома мы натолкнулись на ночной истребитель „Мессершмитт-110“, руль которого был покрыт отметками об уничтожении британских бомбардировщиков, каждая из них представляла крошечную эмблему RAF и силуэт самолета в плане. Имелась 121 отметка, и на каждой небольшими буквами были тщательно написаны тип самолета и дата. Когда появились немцы, мы спросили относительно этого самолета. Они сказали, что это самолет, на котором летал командир эскадры майор Шнауффер [фамилия была написана именно так]. Он был здесь, ас Шнауффер, и ожидал, когда мы его допросим.

В полдень мы начали допрашивать экипажи, начиная с грозного майора Шнауффера. Он вошел, четко отдал честь и попросил разрешения сесть. Это был красивый человек, внешне выглядевший довольно нежным, на его шее висел высший орден Железного Креста с красивым бантом, усеянным бриллиантами. На следующий день ношение наград должно было быть запрещено, и я почувствовал, что сочувствую ему.

Он добился больших успехов для своей страны и был поднят на пьедестал публичного признания, теперь же был сброшен вниз и лишен возможности носить свои награды.

Я задавался вопросом, что с ним будет после освобождения из плена? Это было неизбежное сентиментальное направление моих мыслей, и чтобы сохранять равновесие, необходимо было вспомнить неописуемые условия, в которых содержались русские пленные в лагере, находившемся на территории этого аэродрома, и что за этот аэродром экс-командир был ответственным. Мы были победители, а они побежденные, и все они были частично ответственны за эти ужасы и теперь должны были оправдываться кто как мог. Так что мои чувства снова затвердели, и я слушал то, что майор Шнауффер говорил.