Секретная сделка между Москвой и Вашингтоном не решила, однако, всех проблем, связанных с операцией «Анадырь». 5 ноября директор ЦРУ ознакомил АНБ США с полученным из Москвы сообщением. Советы заявляли, что отправили на Кубу сорок две ракеты, американцы, в свою очередь, насчитали сорок восемь таких ракет, тридцать три из которых они наблюдали визуально. Советы согласились предоставить всю информацию по транспортировке ракет, чтобы США могли вести их подсчет, и директор ЦРУ остался доволен.

Оставался нерешенным вопрос о других советских вооружениях, доставленных на карибский театр в рамках операции «Анадырь». Президент Кеннеди хотел получить гарантии того, что на Кубе не будет построена база советских подводных лодок. Он также хотел, чтобы носители ядерного оружия самолеты Ил-28 покинули остров. Приблизительно в это же время маршал Малиновский разговаривал по телеграфу с генералом Плиевым и советовался с ним относительно дальнейшей судьбы советского оружия. Малиновский предложил в течение 8—10 месяцев передать кубинцам зенитные ракеты и ракеты обороны побережья, ракетные катера класса «Комар» и остальные корабли и самолеты. Потом Малиновский добавил: «Что касается боеголовок для ракет обороны побережья «Луна» и бомбардировщиков Ил-28, то вывод этих вооружений пока не обсуждался. Они остаются на Кубе под вашим командованием». Получается так, что Советы собирались оставить на острове свои тактические ракеты и ядерные боеголовки. Маловероятно, чтобы Соединенные Штаты их обнаружили, потому что госсекретарь Д. Раек, в силу политических причин, успешно противодействовал увеличению количества разведывательных полетов над островом, возложив тем самым на надводные силы американского флота большую долю работы по сверке количества ракет, вывозимых с Кубы, путем наблюдения за торговыми судами и перехвата радиосообщений.

К концу ноября, с возобновлением разведывательных полетов, стали поступать доклады с самолетов морской авиации берегового и корабельного базирования о демонтаже советских береговых ракетных батарей и о наличии ракетных пусковых установок, погруженных на советские суда, покидающие кубинские порты. Для Соединенных Штатов, не подозревавших об остающихся на Кубе тактических ядерных ракетах, основной заботой оставались бомбардировщики Ил-28. Вашингтон еще не был готов к выполнению обязательства не вторгаться на Кубу.

На встрече президента с членами объединенного комитета начальников штабов вооруженных сил США военные критиковали вариант отмены карантина в обмен на вывод Ил-28. Если отмена карантина не приведет к выводу этих средних бомбардировщиков, то военные предложили «уничтожить их ударом с воздуха». Военные также высказали озабоченность наличием больших запасов современной военной техники, которая может быть использована против американской базы Гуантанамо «или любой другой попытки вторжения». Последнее ясно свидетельствовало о том, что названный вариант действий оставался открытым, несмотря на данное Москве обещание.

Для Москвы основная головная боль заключалась в другом. 22 ноября советский посол в Гаване направил срочную телеграмму А.И. Микояну, главному кремлевскому переговорщику, находившемуся в это время в США:

«Директива кубинского МИД Лечуге, своему представителю в Нью-Йорке, содержит следующую фразу: «У нас есть тактическое оружие, которое мы должны сохранить». Советуем нашим кубинским друзьям срочно скорректировать эту часть директивы Лечуге, и четко сказать ему, что у кубинцев нет ядерного оружия. Важно немедленно дать такое указание Лечуге, чтобы он не сделал какого-нибудь заявления в несерьезном разговоре, который кто-нибудь может услышать».

Американская разведка, безусловно, была в неведении относительно этого дополнительного тактического ядерного оружия. Советский Союз, в конце концов, согласился убрать все бомбардировщики Ил-28, а Кеннеди выполнил свое обещание не вторгаться на Кубу. И это можно считать самым долгосрочным успехом операции «Анадырь» — как с точки зрения СССР, так и Кубы.

14.12.1960 г. директор АНБ (Агентство национальной безопасности) вице-адмирал Л.Х. Фрост ввел состояние боеготовности «Браво» (предшествует высшей степени боевой готовности) всем американским станциям радиоперехвата на Дальнем Востоке. Повышенная готовность, введенная Вашингтоном, была вызвана обнаружением американскими средствами радиоразведки воздушного моста, организованного Советами для поддержки коммунистических групп в Лаосе. В последующем администрация Кеннеди даже направила дипломатический протест в Москву. Вашингтон действительно опасался, что возможное вмешательство Советов или китайских коммунистов, или и тех и других в конфликт в Лаосе подтвердит на практике «теорию домино» бывшего президента Д. Эйзенхауэра. Если Лаос рассматривался стратегическим ключом к Юго-Восточной Азии, то проникновение коммунистов в Южный Вьетнам, которое проводилось под руководством лидера Северного Вьетнама Хо Ши Мина, вскоре тоже стало предметом озабоченности президента Кеннеди. Прошло совсем немного времени, и северные вьетнамцы стали использовать в своей стратегии и морские просторы.

Проникновение морем в Южный Вьетнам началось в 1963 г. Тогда под руководством северовьетнамского контр-адмирала Тран Ван Зяна была создана воинская часть для выполнения задачи инфильтрации по морю, которая получила наименование «Группа 759». 603-й отдельный батальон этой группы, базировавшийся на Хайфон, имел своей боевой задачей переброску личного состава и материальных средств на юг страны морским путем вдоль побережья. Второй организацией, занимавшейся подобными вопросами, была секция связи исследовательского управления Партии трудящихся Вьетнама (ПТВ), доставлявшая партийных агентов на юг по морю вдоль береговой линии протяженностью 1200 миль; для маскировки своих действий секция успешно использовала присутствие многочисленных рыбацких суденышек, традиционно занимавшихся промыслом в этих районах. Американская радиоразведка вскоре пришла к выводу, что отслеживать северовьетнамские лодки-нарушители практически невозможно. С другой стороны, сочетание радиоразведки с источниками агентурной разведки, преимущественно с захваченными экипажами и документами противника, также не было эффективным противодействием потоку северовьетнамских агентов на юг.