В январе 1596 года, после семинедельного морского путешествия, Цермено и его люди достигли поселения Навидад в Мексике. Плавание прошло достаточно успешно, хотя испанцы испытывали сильный голод, поскольку единственным средством пропитания служили коренья и плоды, собранные на берегу. Даже собаку, спасенную с корабля, пришлось убить и съесть, чтобы поддержать свои силы. Никто из испанских моряков не погиб в пути, хотя все были сильно истощены.

По-видимому, испанцы впоследствии не пытались, как они обычно делали, спасти затонувший груз галеона, а то, что не поглотило море, стало добычей местных индейцев. В 1941 и 1952 годах археологи из университета Калифорнии вскрыли индейские могилы, в которых обнаружили железные пруты и более 50 гвоздей, характерных для испанских галеонов. Они также обнаружили 125 черепков восточного фарфора.

После того как «Сан Августин» был выброшен на отмель, вероятнее всего, часть груза была с него снята, но так как испанцы не имели возможности забрать весь груз, он остался на судне, которое с течением времени ушло под воду. Ценность погибшего галеона, таким образом, огромна. Это привлекло внимание известного подводного исследователя Роберта Маркса, который в конце 80-х годов XX века начал поиски места крушения. Одновременно проявила интерес к нему и Национальная служба парков США, поскольку район предполагаемой гибели судна находится в пределах одного из природных парков Калифорнии.

После нескольких лет безуспешных работ Маркс уступил право на подводные работы Службе парков и более не возвращался к этому проекту. В результате 15-летних поисков достоверное место гибели «Сан Августина» так и не было обнаружено.

Полуостров Пойнт Рейс до сих пор представляет собой опасность для мореплавания. С момента гибели «Сан Августина» в этом районе затонуло около 50 кораблей, что существенно осложняет задачу подводных исследователей.

Как и в Перу, значительная часть серебра добывалась на копях в Чили, и ежегодно испанские корабли переправляли добытое в Панаму. Одним из них был «Буэно Иисуо.

Ещё в 1598 году голландцы отправили в Тихий океан пиратскую экспедицию под командованием адмирала Оливера Норта. В мае 1600 года эскадра Норта приблизилась к Вальпараисо, где она встретила только одно небольшое испанское судно — «Буэно Иисус», которое перевозило золото, серебро, и различные колониальные грузы. Голландцы немедленно напали на слабо защищенный корабль. Однако испанский капитан Франциско де Ибарра был настроен на схватку до последней возможности. Понимая, что сопротивление будет недолгим, Ибарра решил сделать всё, чтобы перевозимые им ценности не попали в руки врага. Поставив корабль так, чтобы пираты атаковали судно только с одного борта, он приказал команде спешно выбросить с другой стороны весь перевозившийся ими груз золота и серебра в монетах и слитках.

Когда испанцы были вынуждены сдаться на милость врагу, голландские моряки обнаружили, что в трюмах находится только зерно. «Буэно Иисус» голландцы затопили. Только впоследствии Норт узнал о судьбе выброшенных испанцами ценностей, однако было поздно.

Помимо сокровищ «Буэно Иисуса» на дне у Вальпараисо лежат ещё несколько кораблей с ценностями. В том лее 1600 году галеон «Сан Хуан Батиста» был застигнут штормом, когда стоял на якоре в гавани. В отличие от истории «Буэно Иисуса», испанцы немедленно предприняли спасательную экспедицию и подняли большую часть ценностей.

После катастрофы 1554 года испанцы сделали всё для того, чтобы сократить количество кораблей, потерянных во время штормов и бурь. Но иногда даже большие предосторожности оказывались бесполезными перед мощью стихии. Так произошло в 1605 году, когда в Карибском море погиб Флот Материка.

К тому времени система флотов работала бесперебойно уже не один десяток лет. Испанские лоцманы точно знали, когда в Карибском море начинается сезон ураганов, поэтому потери галеонов носили случайный и единичный характер.

В январе 1605 года семь галеонов оставили Картахену, чтобы успеть достичь Гаваны до наступления сезона ураганов. Лоцманы были совершенно уверены, что опасаться ухудшения погоды не стоит. Однако они ошиблись. Как только флот достиг банки Серранилла, которая располагалась между Ямайкой и Юкатаном, флот неожиданно попал в шторм. Только одно судно повернуло обратно и смогло достичь гавани Картахены, хотя оно едва держалось на воде. Ещё два корабля в не менее плачевном состоянии смогли с трудом доплыть до Ямайки, но четырём галеонам — «Нуэстра Сеньора де Бетона», «Санто-Доминго», «Сан Амбросио» и «Сан Роке», которые в целом перевозили восемь миллионов песо в золоте, серебре и изумрудах, не удалось вырваться из шторма. Они затонули на банке. Вся команда и пассажиры — приблизительно 1300 человек — погибли.

Как только известие достигло Картахены, испанские власти немедленно начали экспедицию по спасению пропавшего груза. Однако без свидетелей, которые могли бы указать точное место гибели галеонов, набитых сокровищами, эта экспедиция была обречена на провал.

Позднее, в семнадцатом столетии ходили слухи, что местные ныряльщики-рабы нашли на дне остовы некоторых из затонувших кораблей и подняли определённую часть ценностей. Однако учитывая скорость роста кораллов в Карибском море, это было возможно лишь в первые несколько десятилетий после гибели галеонов. Никаких точных сведений о том, что подобная экспедиция предпринималась, не существует.