Пассажиры, солдаты и моряки спали на палубе вперемешку, прямо на досках, ничем не защищенные от непогоды. В большинстве случаев люди не переодевались и не мылись в течение всего плавания, что не могло не сказаться на их внешнем облике.

Обычный день во время океанского перехода начинался с коллективной молитвы, где все места были расписаны в соответствии с положением человека в обществе. Дальнейшее времяпрепровождение зависело от материального положения человека. Самым обычным развлечением, несмотря на всю его греховность, были кости и петушиные бои. При этом зрители бились об заклад и делали самые невероятные ставки.

Большой проблемой для капитана судна были женщины на борту. По правилам, их требовалось изолировать от команды и пассажиров, но долгое путешествие приводило к тому, что главными нарушителями этого правила были сами офицеры судна, которые устраивали настоящие оргии. Нередко они заканчивались трагедиями.

Но опасение умереть на дуэли было не самым страшным. В условиях тропической жары запасы провианта, принимавшегося на борт, очень быстро портились, вода протухала в деревянных бочках. Абсолютная антисанитария, отсутствие свежих продуктов и скученность людей усугубляли дело. Это немедленно вызывало различные болезни, начиная от цинги и дизентерии и заканчивая оспой и чумой. Неудивительно, что из эскадры испанского адмирала Пизарро, отправившейся в Америку в 1740 году в составе пяти линейных кораблей, назад вернулось только одно судно с командой в 100 человек; 2500 моряков стали жертвами болезней, голода и кораблекрушений.

Случалось, что все находившиеся на борту успевали погибнуть от эпидемии ранее, чем судно достигало Европы, и тогда эти призрачные корабли, с разлагающимися трупами на борту, блуждали в океане, вызывая суеверный ужас, пока не тонули, изъеденные червями.

Те из пассажиров, кто умирал в пути, немедленно хоронились прямо в море, после соответствующего обряда, и его место тут же занимали те, кто ещё был жив.

Говоря об испанских галеонах, нельзя не упомянуть о такой важной части этой истории, как пиратство, которое являлось одной из самых больших опасностей для испанского мореплавания в XVI—XVIII веках.

Нападения на испанские корабли и поселения в это время стали обычным делом. Местные ополчения, собиравшиеся в случае появления пиратов, не могли им противостоять, что ещё больше поощряло морских разбойников на новые рейды. Слухи о немыслимых богатствах, доставляемых морем, подстегнули бурное развитие пиратского промысла. Уже Колумб, возвращаясь из своего третьего плавания, был вынужден укрыться на Мадейре, завидев на горизонте французское судно. Достоверно известно, что в 1522 году корсары французского адмирала Жана Анго захватили на траверзе мыса Сан-Винсент три каравеллы, шедшие из Америки в Севилью.

На следующий год капитан Жан Флери, имевший под своим началом девять кораблей из эскадры Анго, взял в плен ещё три каравеллы. Кроме экзотических животных, которых везли в подарок к испанскому двору, французам достались огромные сокровища из хранилищ правителя ацтеков Монтесумы. Среди золотых и серебряных блюд корсары получили огромной величины изумруд в форме пирамиды, основание которого было величиной с ладонь. Во многом, именно это заставило испанского короля издать указ о пересечении океана только в составе торговых конвоев, под охраной военных кораблей.

Не удовольствовавшись только нападениями на испанские корабли, пираты уже в XVI веке стали нападать на колониальные города. В июле 1555 года французский пират Жак Сор захватил Гавану, а через два месяца то же сделал другой пират — Гийом Мерми. Следующей жертвой стал Сантьяго, который подвергся разграблению в 1558 году.

В 1573 году Френсис Дрейк перехватил на Панамском перешейке караван и захватил 80 тысяч песо. Эта авантюра только подогрела его стремление к наживе, поэтому он задумал нанести удар там, где испанцы менее всего ожидали — со стороны Тихого океана.

В 1577 году он собрал эскадру из пяти кораблей, и, хотя после свирепого шторма в его распоряжении осталась лишь «Золотая лань», он смог захватить гавани Вальпараисо, Кальяо, Акапулько, Санту, Трухильо и Манту. Помимо всего прочего, он взял на абордаж галеон «Какафуэго», на котором оказалось золото и серебро на огромную по тем временам сумму — 363 тысячи песо. Только серебра Дрейк привёз 32 488 фунтов и 12 3/4 унции, что соответствует 14 625 кг.

Революция в Нидерландах также крайне отрицательно сказалась на морских перевозках Испании. Мало того, что Испания лишилась помощи искусных кораблестроителей и мореплавателей, каковыми являлись в то время голландцы, они также присоединились к грабежу колоний.

В 1628 году флот адмирала Пита Хейна, финансируемый голландской Вест-Индийской компанией, захватил в бухте Матансас на Кубе Серебряный флот из пятидесяти кораблей. Половина из них была сожжена, а вторая половина была включена в состав молодого голландского флота. Только золота и серебра, шелков и других товаров голландцы захватили не менее чем на 4,5 миллиона песо. Филипп IV перенёс после этого нервное потрясение и 5 дней не появлялся на людях. В 1634 году голландцы захватили Кюрасао, создав базу для дальнейших нападений на испанцев в самом сердце их колониальной империи.