В августе 1608 г. Скопин был отправлен царем в Новгород для переговоров со шведами. Царь Василий просил короля Карла IX прислать войско для борьбы с поляками Лжедмитрия. В Новгороде Скопин обнаружил, что народ настроен против Шуйского. Вдобавок Псков, Ивангород, Старая Русса присягнули самозванцу. Князь Михаил решил остаться в Новгороде, а к шведам отправил окольничего Семёна Головина. Скоро Скопину поступил донос на новгородского воеводу Михаила Татищева, того самого, кто убил Басманова в день свержения «Дмитрия». Скопин недолго думая выдал его новгородцам, обвинив в измене. Толпа растерзала воеводу.

В феврале 1609 г. в Выборге был заключен договор о военной помощи. Карл IX потребовал уступить ему за помощь город Корелу. Скопину пришлось принять условия. Шведский король быстро набрал наёмников из «фрянцузгаков, аглинцев, немец цысаревы области, свияс и иных многих земель» — умелых вояк, но склонных к бунту при задержке оплаты. Во главе войска был поставлен граф Якоб Делагарди, прославившийся в сражениях в Нидерландах. В марте 1609 г. войско Делагарди достигло села Тесово в 50 верстах от Новгорода. Разместив солдат, граф с небольшим отрядом прибыл в город. В честь шведов палили из пушек, стреляли из ружей. Приветствуя Делагарди, Скопин из уважения поклонился низко, коснувшись рукой земли. 22-летний Скопин и 26-летний Делагарди понравились друг другу.

Весь апрель они готовились к походу, но не всё шло гладко — наёмники требовали денег, а им выплатили всего треть. Михаил их успокаивал, рассылал грамоты в северные города с просьбой прислать деньги. Были и споры: Делагарди хотел сначала захватить пограничные крепости, а Скопин настаивал на походе на Москву, считая, что в случае успеха, города сами признают законного царя. Первое дело русско-шведского войска было под селом Каменкой, где они столкнулись с поляками. Поляки были разбиты и бежали. Сразу после победы Торопец, Невель, Холм, Великие Луки и Ржев отступили от самозванца. Стратегия Скопина себя оправдала. В мае 1609 г. неприятель был разбит под Торжком. Неудача заставила тушинцев собрать силы. 11 июля под Тверью Зборовский нанес поражение шведам. Через день Скопин внезапно напал на поляков и разгромил их. Но тут в рядах наёмников вспыхнул мятеж — они требовали денег. Денег не было, и ландскнехты двинулись к границе, часть покинула Россию, остальных Делагарди уговорил дожидаться оплаты в Торжке.

Со Скопиным остался Кристер Зомме (Христиерн Соме) с 1000 наёмников. Михаил отошел к Калязину. Воинов Скопина духовно укрепил старец Борисоглебского монастыря Иринарх Затворник; он благословил войско, а князю Михаилу послал свой медный крест [68] .

Из Калязина Скопин рассылал гонцов с просьбой прислать денег и ратных людей. Главное же, чем он занимался, было создание армии. Ополченцы в его войске не знали европейского строя и тактики боя. Михаил поручил их обучение Зомме. От него русские усвоили строй мушкетёров и пикинёров, научились управлять 5-метровыми копьями и рыть полевые укрепления. Скопин понимал, что дворянская конница и пехота не устоят в поле против крылатых гусар, и использовал опыт Морица Оранского, который побеждал испанцев, укрывшись за земляными укреплениями. Он решил строить деревянные «острожки» в виде засек и насыпей с частоколом. Новую тактику испытали на себе гусары Сапеги под Калягиным. 18 августа они пытались прорвать линию русских войск, но все атаки отбивала пехота, укрытая за частоколом, а потом из-за частокола ударила конница, часть поляков загнала в болото, а остальных преследовала 15 верст.

Наконец, собрали деньги для шведов, и Делагарди присоединился к Скопину. Дело пошло споро: были взяты Переславль и Александрова слобода. Попытка тушинцев отбить Александрову слободу закончилась их поражением. Начала сказываться тактика Скопина вытеснения поляков острожками. Наступил черед и Троицы — князь Михаил направил туда подкрепления. Усилившись, осажденные сделали вылазку и серьезно потрепали сапежинцев. 12 января 1610 г. Сапега снял осаду монастыря, длившуюся 16 месяцев, и ушел в Дмитров. Воеводы Скопина преследовали его и под Дмитровом вновь разбили. Сапега вместе с Мариной Мнишек заперся в крепости. Дмитров был бы взят, если бы не мужество Марины, пристыдившей смутившихся поляков. После битвы Марина уехала к самозванцу в Калугу, а Сапега отошел к Волоку.

Пятимесячная стоянка Скопина в Александровой слободе вконец испортила отношение к нему братьев Шуйских. Царь Василий требовал скорейшего его прихода в Москву (от Александрова до Москвы 120 км), Михаил же исходил из военного резона. Прежде чем идти к Москве, следовало выбить врага из Троицы, Дмитрова и Суздаля. Стояла снежная зима, и Скопин поставил ратников на лыжи. Очистив земли к северу от Москвы, он подумывал о выручке осажденного Смоленска, но царь ему запретил. Тут произошло событие, имевшее последствия. Скопину привезли письмо Прокопия Ляпунова, в котором рязанский воевода князя Михаила «здороваша на царство, а царя же Василья укорными словесы писаша». Михаил, разорвал письмо, посланцев велел схватить, но, вняв мольбам, отпустил и царю ничего не сообщил. Об этом позаботились доносчики. Василий, всю жизнь проведший в интригах, в искренность Скопина поверить не мог.

12 марта 1610 г. русские и шведские полки вступили в столицу. Люди при виде князя Михаила падали на колени и благодарили за «очищение Московского государства». Царь Василий обнял племянника с радостными слезами. Брат его, Дмитрий, неприязнь выразил открыто, сказав: «Вот идет мой соперник». Он видел, что гибнет его шанс стать царем после бездетного Василия. Нет сомнений, и Василия пугала любовь москвичей к молодому князю. Братья понимали, что Скопин, происходящий от старшей ветви Шуйских, имеет все права на престол. Состоялась откровенная беседа царя со Скопиным и вроде бы Василий поверил, что племянник не собирается сводить его с царства. Поэтому, когда к нему пришел Дмитрий с очередным наветом на Скопина, царь стал его защищать и даже замахнулся на брата палкой. Но это слухи, а ненависть к Скопину среди приближенных Шуйских была явью. Друг его Делагарди «говорил беспрестани», «чтоб он шел с Москвы, видя на него на Москве ненависть».

9 апреля князь Михаил был приглашен на крестины сына князя Воротынского. На пиру ему стало плохо. Скопин еле дошел до соседнего монастыря. Монахи помочь не смогли — у князя шла кровь из носа и рта. Отступились и «дохтуры немецкие». Две недели Михаил мучился от страшных болей; 23 апреля 1610 г. он умер в возрасте 23 лет на руках матери и жены. Осталось неясным, был ли Скопин отравлен. Авраамий Палицын пишет осторожно: «Но не вемы убо, како рещи: Божий ли суд на нь постиже, или злых человек умышление совершися. Един Создавый нас се весть». В «Новом летописце» тоже заметны сомнения: «Мнози же на Москве говоряху то, что испортила его тетка его, княгиня Катерина, князь Дмитриева Шуйскова, а подлинно, то единому Богу». У Ивана Тимофеева, ненавистника Василия, виновником смерти князя Михаила назван царь.