Шеина обвинили в мешкотном переходе к Смоленску, что он потерял лучшую пору и позволил литовским людям укрепить крепость; был небрежен при нападениях неприятеля; государю всю правду не писал; приступы проводил не ночью, а днем; приказал стрелять в своих ратных людей (?); не слушал советы своих полковников; обесчестил имя государя тем, что клал перед королем царские знамена. Припомнили Шеину, что утаил от царя, как 15 лет назад, в плену, целовал крест королю не воевать против Литвы. Обвинили, что выдал врагу литовских перебежчиков. Сходные обвинения выдвинули против Арсения Измайлова. Сын его, Василий, «больше всех воровал» — на пиру с поляками говорил поносные слова: «Как может наше московское плюгавство воевать против такого монарха?» По зачтении обвинений всем троим отрубили головы.

Казнь Шеина в народе встретили по-разному. Многие помнили о его подвиге во время Смуты. Московский сын боярский рассказывал гетману литовскому Радзивиллу, что «на Москве Шеина и Измайлова казнили, и за это учинилась в людях рознь великая». Сын Михаила Борисовича, Иван, умер в ссылке, но остался внук, давший жизнь ещё одному знаменитому Шеину. Правнук казнённого воеводы, Алексей Семёнович Шеин, командующий сухопутными войсками во Втором азовском походе, в 1696 г. взял Азов. В том же году Пётр I присвоил ему звание генералиссимуса. А.С. Шеин стал первым генералиссимусом России.

Оборона Смоленска и М.Б. Шеин в литературе и истории. Во времена Смуты Смоленск служил моральным примером для московских людей. Стойкость смолян и неколебимость патриарха Гермогена соседствуют в грамотах, призывающих к борьбе с поляками. Из них наиболее художественно выразительна «Новая повесть о преславном Российском царстве и великом государстве Московском», написанная в начале 1611 г. Автор воспевает крепость града Смоленска и мужество «смольнян»: «Поревнуем и подивимся великому оному нашему граду Смоленьску, его же стояние к Западу, како в нем наша же братия... сидят, и великую всякую скорбь терпят, и ставят крепце за православную веру, и за святыя Божия церкви, и за свои души, и за всех нас, а общему нашему супостату и врагу, королю, не покорятся и не здадутся... А какое мужество показали и какую славу и похвалу снискали во всем нашем Российском государстве! Да и не только во всей нашей преславной земле, но и в иных землях... чают, что и до Рима... снискали ту же славу и похвалу». Для России Смоленск — «воистину великий град», который «все великое наше Российское государство держит».

Доблестному смоленскому дворянству посвящена «Повесть о победах Московского государства...», написанная во второй половине 1620-х годов. Автор — смоленский дворянин, участник войны с Болотниковым, похода Скопина-Шуйского и освобождения Москвы от поляков. Он хорошо осведомлен об обороне Смоленска, хотя сам не сидел в осаде. В повести с уважением упоминается Шеин, но не он является главным героем обороны Смоленска, а «смольняне». Здесь автор, отбросив дворянские симпатии, пишет обо всех горожанах и особо — о посадском человеке Иване Беляницыне, взорвавшем церковь, куда ворвались поляки, избивавшие укрывшихся там людей.

Несмотря на то что Смоленск надолго вошел в состав польско-литовского государства, в память народа чётко вошло, что Смоленск — щит России. В конце XVII в. была сложена историческая песня «Земский Собор», записанная в разных версиях на Русском Севере. Песня связана с событиями Русско-польской войны 1654—1667 гг., когда русские заняли Смоленск и Вильно, но потом поляки Вильно отвоевали. В песне царь Алексей Михайлович просит князей и бояр «думу думати» о наступлении короля Литовского на «город на Смоленец». Первым слово молвил боярин из больших бояр: «А Смоленец есть строенье не Московско, || А Смоленец есть строеньице Литовско; || Во Смоленце силы нету, казны не бывало: || Отдадим-ко мы город Смоленец». Боярин из «середних бояр» дает тот же совет. Третьим слово сказал боярин из младших бояр: «А Смоленец есть строеньице не Литовско; || А Смоленец есть строеньице Московско, || Во Смоленце силы сорок тысяч, || Казна есть бесчётна: || Нам надо постоять за Смоленец». Царь отправил его в Смоленск воеводой, а первых двух бояр приказал «сказнити».

Героизм смолян и Шеина прославляет Н.М. Карамзин в «Истории государства Российского»: «Шеин, воины его и граждане оказали более нежели храбрость: истинное геройство, безбоязненность неизменную, хладнокровную, нечувствительность к ужасу и страданию, решительность терпеть до конца, умереть, а не сдаться». Когда враги ворвались в город и устремились к храму Богоматери, где заперлись многие из граждан с семействами, то «россияне зажгли порох и взлетели на воздух с детьми, имением — и славою!... не Польша, но Россия могла торжествовать сей день, великий в её летописях». Последним, как пишет историк, сложил оружие Шеин: «Ещё один воин стоял на высокой башне с мечем окровавленным и противился Ляхам: доблий Шеин. Он хотел смерти; но пред ним плакали жена, юная дочь, сын малолетний: тронутый их слезами, Шеин объявил, что сдается Вождю Ляхов — и сдался Потоцкому».

Под влиянием «Истории» Карамзина популярный драматург начала XIX в. князь А.А. Шаховской пишет пьесу «Смольяне в 1611 году. Драматическая хроника в 5 действиях» (1829). В 1830 г. автор читал «Смольян» у Жуковского; литераторы пьесу одобрили, а Пушкин предложил опубликовать отрывок в «Литературной газете». Отрывок из пьесы был напечатан в «Театральном альманахе» (1830), но поставили её в Петербурге и Москве только в 1834 г., уже в четырех актах. В обеих столицах пьеса удержалась на сцене всего два спектакля. В пьесе Шаховского выражен трагический момент — в борьбе с врагом гибнут все русские герои. Шеина от верной смерти спасает рыцарь Новодворский — положительный образ поляка. Характерно, что Шаховской не возносит воеводу над простыми смолянами, а показывает народное единство. В ответ на слова посланника, ведущего с ним переговоры о сдаче Смоленска: « Король твой ум глубокий уважает || И видит всех граждан в тебе одном», — Шеин отвечает, — «Нет, я один ничто; но вместе с ними || Я всё: они со мной одна душа, || И ваш Король нас разлучить не в силах. || Так говори им всем или иди!»

Об обороне Смоленска и судьбе Шеина писали С.М. Соловьёв и Н.И. Костомаров. Оба историка рассказывают о героизме смолян во время осады города, хотя не столь эмоционально, как Карамзин, и оба не считают Шеина виновным в измене во время смоленской войны 1632—1634 гг., хотя допускают, что он оказался не на высоте как полководец, ведущий наступательные действия. С.Ф. Платонов, описывая падение Смоленска, называет воеводу Шеина «одним из самых светлых русских деятелей того времени», и его же отступление от Смоленска в 1634 г. называет «бесславным». Последующий советский период не внёс ничего принципиально нового в оценку обороны Смоленска и деятельности Б.М. Шеина. Исключение составляет прекрасно написанная научно-популярная книга Ф.Ф. Нестерова «Связь времен» (1980). Глава из книги Нестерова, посвященная подвигу смолян в 1611 г. и судьбе МБ. Шеина, почти целиком приведена (со ссылкой и похвалой) в книге Ю.И. Мухина «Если бы не генералы!» (2006). Действительно, глава читается на одном дыхании, но есть два «но», о которых следует сказать особо. Приведу отрывок, где Сигизмунд отпускает жителей Смоленска и об их дальнейшей судьбе: