Основной объём постройки конца XV века повторял план, а возможно, и габариты ранее существовавшего храма начала XV столетия. Отличие нового храма от предыдущего заключалось в том, что он был окружен со всех сторон галереями-папертями. К восточным столпам собора изначально примыкал иконостас, лишь незначительно ниже ныне существующего. Центральное пространство храма отличала подчеркнутая вертикальность пропорций. Движение по вертикали, к высокому барабану центральной главы словно усиливалось освещением: нижняя часть была затемнена, а сверху из окон барабана лился поток света. В западной части располагались широкие хоры, опиравшиеся на массивные низкие своды.

А для разросшейся государевой казны у восточной стороны храма соорудили специальное двухэтажное хранилище – Казенный двор. Кстати, Казенная палата мешала расположить окна в центральной апсиде привычно и поэтому вместо одного широкого было два узких окна.

В 1508 году была вызолочена центральная глава, а во второй половине XVI века все главы и крышу покрыли золочёной медью, из-за чего собор стали называть «златоверхим». Сын Ивана III, великий князь Василий III, в самом начале своего правления повелел благолепно украсить иконы Благовещенского собора золотыми и серебряными окладами и расписать его. И тогда-то в настенной росписи на паперти Благовещенского собора появились изображения древнегреческих языческих мудрецов, живших до Рождества Христова: Аристотеля, Фукидида, Птолемея, Зенона, Плутарха, Платона и Сократа со свитками в руках, содержащими философские изречения, близкие к истинам христианского учения. Уникальной росписи кремлевского Благовещенского собора неоднократно пытались найти объяснения в исторической литературе.

Собор серьёзно пострадал при пожаре 1547 года. К этому времени он уже стал частью великокняжеского дворца и соединялся ступенчатым переходом с его парадными и жилыми покоями. Обычное название Благовещенского собора в документах XVI–XVII веков – на «Государевом дворе», «на сенях», то есть при входе во дворец. После пожара 1547 года для иконостаса были подобраны два древних ряда – Деисусный и Праздничный, эпохи Феофана Грека и Андрея Рублева. Ведь изначальный иконостас собора содержал иконы, написанные этими выдающимися мастерами. В Благовещенском соборе хранились многие православные святыни.

Иван IV, приняв титул царя, вновь перестраивает Благовещенский собор. Во время перестройки трёхглавый храм был превращён в величественный девятиглавый.

Входы в собор с северной и западной галерей обрамлены белокаменными резными порталами итальянской работы XVI века. Тонкий и сложный итальянский орнамент напоминает декоративный узор порталов Грановитой палаты и Архангельского собора.

Двустворчатые двери обиты медными листами с библейскими сюжетами, выполненными в технике золотой наводки.

Северное крыльцо и северо-западная галерея с середины XVI века часто использовались для торжественных входов во дворец во время церемонии венчания на царство, встречи иностранных послов, шествий в праздник Входа в Иерусалим, в Великую Пятницу накануне Пасхи и т. д.

В 1572 году к собору было пристроено крыльцо, впоследствии получившее название Грозненского. Его возникновение связано с легендой о том, что якобы Ивану Грозному после четвёртого брака было запрещено находиться в храме. Тогда-то царь повелел пристроить к собору крыльцо, на котором стоял во время службы. На самом деле царю никто не запрещал посещать церковь. А крыльцо, как полагают некоторые исследователи, существовало до Ивана Грозного.

С Иваном Грозным предание связывает и появление существующего и сейчас уникального пола собора. Всё пространство пола выложено из плиток кремния разной величины и разных оттенков с вкраплениями агата и яшмы. Предание утверждает, что пол был привезён Грозным из Ростова Великого, куда он некогда попал из Византии.

Благовещенский собор сильно пострадал осенью 1917 года при артиллерийском обстреле Кремля. Снарядом было разрушено крыльцо, с которого Иван Грозный увидел комету. А после переезда большевистского правительства в Москву в марте 1918 года Благовещенский собор был закрыт, как и сам Кремль. Позднее Благовещенский собор стал музеем.

С 1993 года на престольный праздник Благовещения Пресвятой Богородицы 7 апреля (25 марта по старому стилю) в соборе совершает богослужение патриарх Московский и всея Руси.

Кто в Москве не бывал – красоты не видал. Рождение этой пословицы связано с этой удивительной постройкой – церковью-колокольней святого Иоанна Лествичника, больше известной как колокольня «Иван Великий». Она расположена восточной стороне Соборной площади Кремля.

Пословица появилась во второй половине XVIII века. Считается, что причиной и поводом для её возникновения послужили панорамы Москвы, ставшие популярными в XVIII веке. В первопрестольную приезжали специально посмотреть панораму с «Ивана Великого». « Вид на Москву, – говорил талантливый русский поэт последней трети XVIII века Михаил Никитич Муравьев, – имеет магическую облагораживающую силу: сколько возвышенных мыслей и благородных порывов родилось здесь при его созерцании!»